鉴定SLC7A11AR在LUAD中高表达及临床相关性
验证SLC7A11AR在LUAD中的表达及其与临床预后的关系。
利用GEO数据集分析lncRNA表达,Real-time RT-PCR检测临床组织样本和细胞系中SLC7A11AR表达,生存曲线和ROC分析评估预后价值。
LncRNA SLC7A11AR promotes lung adenocarcinoma progression by inhibiting ferroptosis via promoting SLC7A11 expression.
包含细胞功能实验、双荧光素酶报告、ChIP、异种移植模型、肺转移模型及ASO治疗实验,并进行了机制验证。
肺腺癌细胞系(H1299、H1975、SPC-A1) 正常支气管上皮细胞系BEAS-2B 雄性裸鼠异种移植瘤模型 肺转移模型(尾静脉注射)
SLC7A11AR表达调控(NFKB1结合位点) miR-150-5p与SLC7A11AR及SLC7A11的靶向结合 ASO及ferroptosis inducer IKE的体内给药方案 细胞增殖、迁移、铁死亡指标检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SLC7A11AR在LUAD中的表达及其与临床预后的关系。
利用GEO数据集分析lncRNA表达,Real-time RT-PCR检测临床组织样本和细胞系中SLC7A11AR表达,生存曲线和ROC分析评估预后价值。
确认SLC7A11AR作为非编码RNA发挥功能。
构建Myc标记的编码质粒,通过免疫印迹和免疫沉淀检测蛋白表达;RNA-FISH和核质分离实验确定亚细胞定位。
验证SLC7A11AR对LUAD细胞恶性表型及体内肿瘤生长的作用。
通过shRNA敲低和过表达SLC7A11AR,进行生长曲线、克隆形成、BrdU、伤口愈合、Transwell迁移实验;皮下异种移植和尾静脉转移模型评估体内作用。
阐明SLC7A11AR促进SLC7A11表达的分子机制。
RNA-seq分析铁死亡通路;预测并验证miR-150-5p与SLC7A11AR及SLC7A11的靶向结合;双荧光素酶报告实验和ChIP验证NFKB1调控SLC7A11AR。
确定SLC7A11AR敲低是否诱导铁死亡及其特征。
使用透射电镜观察线粒体形态,流式细胞术检测脂质过氧化和ROS,试剂盒检测GSH、MDA和Fe2+水平,免疫印迹检测铁死亡相关蛋白。
评估ASO单独或联合铁死亡激动剂IKE的抗肿瘤效果。
设计靶向SLC7A11AR的ASO,在体外和异种移植模型中检测其抑制肿瘤生长的作用,并检测肝毒性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞转染 | 脂质体2000 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖 | 12孔板 | NEST | 712001 |
| 自动细胞计数仪 | Countstar (Shanghai Ruiyu Biotechnology Co., Ltd.) | IC1000 | |
| 克隆形成 | 6孔板 | NEST | 703001 |
| 细胞迁移 | Transwell板 | Corning Life Sciences | 3422 |
| 细胞周期 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| 流式细胞仪 | BD | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 反转录 | 反转录试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | R323-01 |
| 反转录试剂盒 | TIANGEN Biotech | KR211-02 | |
| qPCR | SYBR Green预混液 | Vazyme Biotech | Q511-02 |
| SYBR Green预混液 | TIANGEN Biotech | FP411-02 | |
| ABI 7500荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 双荧光素酶报告 | 双荧光素酶试剂盒 | Promega | -- |
| CHIP | SimpleChIP® Plus酶法染色质IP试剂盒 | CST | 9005 |
| 兔正常IgG抗体 | CST | 2729 | |
| 抗NFKB1(p50)抗体 | CST | 13586 | |
| IHC | 显微镜 | Olympus | BX43F |
| 铁死亡检测 | BODIPY 581/591 C11脂质氧化探针 | Invitrogen | D3861 |
| CM-H2DCFDA荧光探针 | Invitrogen | C6827 | |
| 还原型谷胱甘肽比色法试剂盒 | Elabscience | E-BC-K030-M | |
| 丙二醛比色法试剂盒 | Elabscience | E-BC-K028-M | |
| 细胞亚铁离子比色法试剂盒 | Elabscience | E-BC-K881-M | |
| 肝毒性检测 | ALT活性检测试剂盒 | Solarbio | BC1550 |
| AST活性检测试剂盒 | Solarbio | BC1560 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型(RPMI-1640、DMEM)、血清浓度、青霉素/链霉素浓度 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture, constructs, transfection and lentiviral infection |
| 细胞增殖和迁移 | 接种密度(6×10^3细胞/12孔)、克隆形成(400细胞/6孔)、迁移(2×10^4细胞/Transwell)、时间点 阅读提示:Materials and Methods: Cell proliferation, colony formation, cell migration and cell flow cytometry assays |
| SLC7A11AR敲低/过表达 | shRNA序列、质粒载体(pLKO.1)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、筛选(puromycin) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture, constructs, transfection and lentiviral infection |
| 铁死亡检测 | 探针浓度(5μM)、孵育时间(30分钟)、GSH/MDA/Fe2+试剂盒型号 阅读提示:Materials and Methods: Ferroptosis signaling pathway examination |
| 动物实验 | 小鼠品系、性别、年龄、细胞接种量(1×10^6)、给药剂量(5nmol)、给药频率(每周两次、隔天)、肿瘤体积测量公式 阅读提示:Materials and Methods: Animal experiments |