临床样本DNA甲基化分析
识别与血小板功能恢复(RT50)和出血风险相关的关键CpG位点。
使用850k甲基化芯片检测47例健康对照和93例CHD患者血液样本的DNA甲基化水平,并应用EWAS、SMR-HEIDI分析。
GPD2 inhibition impairs coagulation function via ROS/NF-κB/P2Y12 pathway.
整合临床样本EWAS、SMR-HEIDI分析、细胞系功能与机制验证(siRNA敲低、过表达、CRISPR-dCas9甲基化编辑、RNA-seq、ChIP)、动物模型(GPD2抑制剂)等多层级证据。
MEG-01细胞系(人巨核母细胞白血病细胞系) C57BL/6野生型小鼠(8周龄,~20g) 健康对照(47例)和CHD患者(93例)血液样本
GPD2基因cg03230175位点甲基化状态(经BSP验证) GPD2敲低或过表达后细胞功能变化(NAD+/NADH比值、ATP浓度、细胞活力) ROS水平(流式检测)及NF-κB通路激活(p65磷酸化、IκBα磷酸化) P2Y12基因表达及NF-κB结合(ChIP) 小鼠注射GPD2抑制剂KM04416剂量(20 mg/kg)及凝血时间测定
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与血小板功能恢复(RT50)和出血风险相关的关键CpG位点。
使用850k甲基化芯片检测47例健康对照和93例CHD患者血液样本的DNA甲基化水平,并应用EWAS、SMR-HEIDI分析。
验证GPD2表达对MEG-01细胞凝血相关指标和能量代谢的影响。
使用siRNA敲低和过表达质粒处理MEG-01细胞,检测凝血相关基因表达、NAD+/NADH比值、ATP浓度、葡萄糖消耗和细胞活力。
验证GPD2基因cg03230175位点特异性甲基化/去甲基化对细胞功能的影响。
使用CRISPR-dCas9-DNMT3A/Tet1CD-U6-sgRNA慢病毒系统处理MEG-01细胞,通过BSP验证甲基化状态,并检测凝血相关指标、能量代谢和细胞活力。
探究GPD2基因(cg03230175)甲基化影响凝血功能的信号通路。
对对照组和甲基化组的MEG-01细胞进行RNA-seq,并进行GO、KEGG、Reactome、DO和GSEA分析。
验证GPD2甲基化通过ROS调节NF-κB活化和P2Y12表达。
通过流式细胞术检测ROS水平,使用LPS和NAC干预验证ROS对NF-κB的影响,通过免疫印迹检测p65、p-P65、p-IκBα水平,通过ChIP分析NF-κB与P2Y12启动子的结合。
评估GPD2甲基化对线粒体结构、细胞凋亡及PLPs功能的影响。
利用透射电镜观察线粒体形态,流式细胞术检测凋亡,激光共聚焦显微镜和AlamarBlue检测PLPs数量和活性。
验证GPD2酶抑制对小鼠凝血功能的影响。
对C57BL/6小鼠注射GPD2抑制剂KM04416(20 mg/kg)或替格瑞洛(10 mg/kg),进行尾尖出血时间测定和活化凝血时间(ACT)测定。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA甲基化检测 | Infinium甲基化EPIC芯片 | Illumina | -- |
| DNA提取 | TGuide血液基因组DNA提取试剂盒 | -- | -- |
| TGuide M16自动核酸提取系统 | -- | -- | |
| DNA质量评估 | Nanodrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | -- | -- | |
| 细胞转染 | OPTI-MEM I减血清培养基 | -- | -- |
| Lipofectamine 3000 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA测序 | NovaSeq6000 | Illumina | -- |
| 免疫印迹 | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | DCFH-DA | -- | -- |
| 动物实验 | KM04416 | MCE | -- |
| 替格瑞洛 | -- | -- | |
| 二甲基亚砜 | -- | 67-68-5 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本DNA甲基化分析 | 健康对照和CHD患者的纳入排除标准,DNA甲基化芯片类型(EPIC 850k),EWAS分析的协变量(性别、年龄),SMR-HEIDI分析的数据集(meQTL、eQTL)及统计阈值。 阅读提示:Methods中'Study population'和'DNAm measurement'部分,以及补充方法。 |
| 细胞培养和基因操作 | MEG-01细胞来源(武汉普诺赛生物科技有限公司),培养条件(RPMI 1640+10% FBS+1% P/S,37°C,5% CO2),转染试剂和浓度,siRNA和质粒序列,CRISPR-dCas9系统结构与感染条件。 阅读提示:Methods中'Cell culture'、'Knockdown and overexpression of GPD2 gene'、'Methylation and demethylation of the GPD2 gene (cg03230175)'部分。 |
| 功能检测 | RT-qPCR引物序列,免疫印迹抗体信息,流式细胞术ROS检测条件(DCFH-DA浓度、孵育时间),凋亡检测试剂和方法,PLPs功能检测条件(ADP刺激浓度、AlamarBlue还原率)。 阅读提示:Methods中'Real-time polymerase chain reaction'、'Immunoblotting'、'Flow cytometry'、'Platelet-like particles functional studies'部分,以及图5、图6图注。 |
| 动物实验 | 小鼠品系、性别、年龄、体重,饲养环境(SPF),分组及给药剂量(KM04416 20mg/kg,替格瑞洛 10mg/kg),给药途径和周期,尾尖出血时间测定方法(剪尾长度、观察时间),ACT测定步骤。 阅读提示:Methods中'Animal studies'、'Tail-clip bleeding time assay'、'Activated clotting time (ACT) assay'部分。 |