筛选低CD8+ T细胞浸润相关差异表达基因
鉴定与CD8+ T细胞浸润相关的基因,探索免疫抑制微环境的分子基础。
使用CIBERSORT评估TCGA、GSE197802和GSE140973数据集中COAD患者的免疫细胞浸润,根据CD8+ T细胞浸润中位数分组,利用limma筛选差异表达基因(|Log2FC|>1, p<0.05),并取交集得到134个上调基因。
High matrix metalloproteinase-2 expression predicts poor prognosis of colon adenocarcinoma and is associated with PD-L1 expression and lymphocyte infiltration.
结合生物信息学分析、体外细胞实验(siRNA和抑制剂)及临床相关性分析,但缺乏体内实验验证。
SW480结肠癌细胞系 Caco-2结肠癌细胞系 COAD患者转录组数据(TCGA、GSE197802、GSE140973)
MMP-2与CD274(PD-L1)表达正相关性(R>0.3, p<0.05) MMP2-siRNA转染SW480和Caco-2细胞后PD-L1蛋白水平降低 SB-3CT(25 μM)处理SW480细胞后PD-L1蛋白水平降低 MMP-2高表达组与低表达组间CD8+ T细胞浸润比例差异(p<0.001)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与CD8+ T细胞浸润相关的基因,探索免疫抑制微环境的分子基础。
使用CIBERSORT评估TCGA、GSE197802和GSE140973数据集中COAD患者的免疫细胞浸润,根据CD8+ T细胞浸润中位数分组,利用limma筛选差异表达基因(|Log2FC|>1, p<0.05),并取交集得到134个上调基因。
探究差异表达基因涉及的生物学通路和功能,揭示其与免疫抑制和肿瘤进展的关系。
对低CD8+ T细胞浸润相关DEGs进行GO和KEGG富集分析,并利用GSEA分析高低浸润组间的通路差异。
在低CD8+ T细胞浸润相关基因中寻找与免疫检查点PD-L1相关的关键基因,并评估其临床意义。
计算134个DEGs与CD274(PD-L1)表达的相关性,筛选出42个显著正相关枢纽基因,并用Kaplan-Meier分析其与总生存期的关系。
验证MMP-2是否调控PD-L1表达,探究其在免疫逃逸中的功能。
在SW480和Caco-2细胞中转染MMP2-siRNA或使用MMP-2抑制剂SB-3CT处理SW480细胞,通过Western blot检测MMP-2和PD-L1蛋白表达。
探究MMP-2对结肠癌细胞增殖和侵袭能力的影响,验证其在肿瘤进展中的作用。
对SW480细胞转染MMP2-siRNA后,使用CCK-8试剂盒检测细胞活力,并通过Transwell侵袭实验评估细胞侵袭能力。
探究MMP-2表达与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的关系,揭示其免疫调节作用。
基于TCGA等数据,使用CIBERSORT分析MMP-2高表达组和低表达组免疫细胞浸润差异,并计算MMP-2与CD8+ T细胞等的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | HyClone | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | -- |
| MMP-2抑制剂处理 | SB-3CT | Selleck | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Solarbio Science and Technology Co, Ltd | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗MMP-2抗体 | Servicebio | -- | |
| 抗PD-L1抗体 | Servicebio | -- | |
| 抗GAPDH抗体 | Servicebio | -- | |
| 辣根过氧化物酶标记的二抗 | Cell Signaling Technology | -- | |
| Chemi-Scope曝光机 | -- | -- | |
| ImageJ软件 | NIH | -- | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8(CCK-8)试剂盒 | Glpbio | -- |
| 细胞侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| Matrigel基质胶 | -- | -- | |
| 细胞培养 | SW480细胞系 | Procell Life Science & Technology | CL-0223 |
| Caco-2细胞系 | Procell Life Science & Technology | CL-0050 | |
| 细胞转染 | MMP2-siRNA | Tsingke Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 对照siRNA | Tsingke Biotechnology Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 数据集来源和样本量:TCGA (n=440), GSE197802 (n=33), GSE140973 (n=12);差异表达基因筛选阈值:|Log2FC|>1, p<0.05;CIBERSORT p<0.05。 阅读提示:参见材料与方法中的“Microarray data collection and preprocessing”和“Differentially expressed gene screening” |
| 细胞培养与转染 | 细胞系:SW480 (CL-0223) 和 Caco-2 (CL-0050);培养基:RPMI-1640(HyClone)含10% FBS、100 U/mL青霉素、100 μg/mL链霉素;转染试剂:Lipofectamine 2000;siRNA用量:100 pmol;转染时间:6 h后换液,48 h收获。 阅读提示:参见材料与方法中的“Cell culture and transfection” |
| MMP-2抑制剂处理 | SB-3CT浓度:25 μM,处理时间:24 h;细胞系:SW480。 阅读提示:参见材料与方法中的“Cell culture and transfection”及补充信息Supp.14 |
| Western blot | 一抗:anti-MMP-2 (Servicebio),anti-PD-L1 (Servicebio),anti-GAPDH (Servicebio),稀释1:1,000;二抗:HRP标记,稀释1:2,000;重复次数:n=3。 阅读提示:参见材料与方法中的“Western blot”及图5图注 |
| 细胞功能实验 | CCK-8实验:96孔板,24 h后检测,吸光度450 nm;侵袭实验:Transwell小室,Matrigel包被,上室无血清,下室15% FBS,培养24 h后计数;重复次数:未明确说明。 阅读提示:参见材料与方法中的“Cell viability assay”和“Cell invasion assay”及补充信息Supp.13 |