大脑中UGP2缺失导致严重癫痫性脑病,强调必需基因的双等位异构体特异性起始密码子缺失突变可导致遗传病

Loss of UGP2 in brain leads to a severe epileptic encephalopathy, emphasizing that bi-allelic isoform-specific start-loss mutations of essential genes can cause genetic diseases

作者信息Elena Perenthaler, Anita Nikoncuk, Soheil Yousefi, Woutje M Berdowski, Maysoon Alsagob, Ivan Capo, Herma C van der Linde, Paul van den Berg, Edwin H Jacobs, Darija Putar, Mehrnaz Ghazvini, Eleonora Aronica, Wilfred F J van IJcken, Walter G de Valk, Evita Medici-van den Herik, Marjon van Slegtenhorst, Lauren Brick, Mariya Kozenko, Jennefer N Kohler, Jonathan A Bernstein, Kristin G Monaghan, Amber Begtrup, Rebecca Torene, Amna Al Futaisi, Fathiya Al Murshedi, Renjith Mani, Faisal Al Azri, Erik-Jan Kamsteeg, Majid Mojarrad, Atieh Eslahi, Zaynab Khazaei, Fateme Massinaei Darmiyan, Mohammad Doosti, Ehsan Ghayoor Karimiani, Jana Vandrovcova, Faisal Zafar, Nuzhat Rana, Krishna K Kandaswamy, Jozef Hertecant, Peter Bauer, Mohammed A AlMuhaizea, Mustafa A Salih, Mazhor Aldosary, Rawan Almass, Laila Al-Quait, Wafa Qubbaj, Serdar Coskun, Khaled O Alahmadi, Muddathir H A Hamad, Salem Alwadaee, Khalid Awartani, Anas M Dababo, Futwan Almohanna, Dilek Colak, Mohammadreza Dehghani, Mohammad Yahya Vahidi Mehrjardi, Murat Gunel, A Gulhan Ercan-Sencicek, Gouri R
PMID31820119
发布时间2020-03
DOI10.1007/s00401-019-02109-6

实验完整度

包含患者队列遗传分析、细胞系(ESC/NSC/iPSC)功能与代谢验证、斑马鱼体内模型及全基因组同源搜索机制研究。

主要模型

H9人胚胎干细胞及其基因编辑衍生系(KI、KO、rescue) 患者来源诱导多能干细胞分化的神经干细胞 斑马鱼ugp2a/ugp2b双突变体 患者来源成纤维细胞及人类胎儿脑组织

重点核对

UGP2变异在22例个体中纯合,且与表型共分离。 短UGP2异构体在患者细胞和脑组织中缺失或显著减少。 在NSCs中,UGP2缺失导致UDP-葡萄糖产生减少、糖原合成受损、糖基化缺陷及UPR激活。 斑马鱼突变体表现出运动活性降低、自发眼动减少及4-AP刺激后高运动频率增加。

摘要

发育性和/或癫痫性脑病(DEEs)是一组破坏性的遗传性疾病,导致早发性、治疗抵抗性癫痫发作和发育迟缓。在此,我们报告了来自15个家庭的22例个体,表现为严重难治性癫痫、严重发育迟缓、进行性小头畸形、视觉障碍和类似的轻微畸形。全外显子组测序在所有先证者中鉴定出一个复发的纯合变异(chr2:64083454A>G),位于必需的UDP-葡萄糖焦磷酸化酶(UGP2)基因中。这种罕见变异导致较长的UGP2蛋白异构体发生可耐受的Met12Val错义改变,但导致在脑中占主导地位的较短异构体的起始密码子被破坏。我们表明,较短异构体的缺失导致神经干细胞中功能性UGP2酶减少,导致糖原代谢改变、未折叠蛋白反应上调和过早的神经元分化,如多能干细胞体外分化所模拟的那样。相比之下,所有UGP2异构体的完全缺失导致人类细胞中多个谱系的分化缺陷。在斑马鱼体内,Ugp2a/Ugp2b表达减少模拟了视觉障碍,突变动物表现出行为表型。我们的研究确定UGP2中一个复发的起始密码子突变是新型常染色体隐性DEE综合征的原因。重要的是,它还表明,导致必需蛋白的组织相关异构体表达缺失的异构体特异性起始密码子缺失突变可以引起遗传病,即使生物体范围的蛋白质缺失与生命不相容。我们提供了适用类似疾病机制的额外例子。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
UGP2基因的一个复发变异是否会导致严重的发育性和/或癫痫性脑病,其病理机制为何?
核心机制
UGP2短异构体的组织特异性缺失导致功能性酶减少,进而致UDP-葡萄糖合成下降,引发糖原代谢异常、蛋白质糖基化缺陷和内质网应激/未折叠蛋白反应激活,最终引起过早神经元分化和脑功能障碍。
主要证据
通过患者队列、体外ESC/NSC/iPSC分化模型、斑马鱼体内模型以及RNA-seq和代谢分析,证实了短异构体丢失导致的上述病理变化,且rescue实验可逆转部分表型。
研究意义
研究确立UGP2为新型常染色体隐性DEE的致病基因,并揭示一个普遍机制:必需基因的组织特异性异构体起病突变可导致出生后发病的遗传病,为类似基因的突变分析提供了新方向。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者识别与遗传学分析

鉴定导致严重DEE的潜在遗传病因。

对来自15个家庭的22例个体进行临床表型和WES分析,鉴定出纯合UGP2变异chr2:64083454A>G,并通过Sanger测序确认共分离。

2

UGP2异构体表达分析

探究UGP2长短异构体在不同细胞和组织中的表达差异。

通过Western blot、qRT-PCR和RNA-seq分析成纤维细胞、ESCs、NSCs及胎儿脑组织中的异构体表达,确认短异构体在脑相关细胞中优势表达。

3

体外疾病建模与功能验证

研究UGP2缺失对神经干细胞分化、代谢和应激反应的影响。

通过基因编辑产生KI和KO的H9 ESC系,分化为NSCs,进行RNA-seq、UDP-葡萄糖活性测定、PAS染色、LAMP2糖基化分析及UPR标记物检测。

4

体内斑马鱼模型验证

在体内评估ugp2缺失对脑功能和行为的影响。

利用CRISPR-Cas9生成ugp2a和ugp2b双突变斑马鱼,进行酶活、c-fos表达、运动活性、眼动观察及4-AP刺激实验。

5

全基因组同源搜索

寻找与UGP2类似、可能因异构体起始密码子突变导致疾病的必需基因。

通过计算同源搜索,筛选出具有相似异构体结构、必需性且未与疾病关联的候选基因,并分析其组织差异性表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Agilent SureSelect临床研究外显子组捕获试剂盒 (v2)Agilent--
SureSelect人全外显子V4 (50 Mb)Agilent--
IDT xGen外显子组研究捕获panel v1.0IDT--
Nextera快速捕获富集试剂盒Illumina--
Agilent SureSelect V5外显子组捕获试剂盒Agilent--
Illumina HiSeq 4000Illumina--
Illumina HiSeq3000Illumina--
Illumina HiSeq2500Illumina--
ProtonLife Technologies Inc.--
DMEM培养基----
mTeSR-1培养基STEMCELL technologies--
基质胶Corning--
KnockOut DMEMGibco--
KnockOut DMEM-F12Gibco--
StemPro神经补充剂Gibco--
碱性成纤维细胞生长因子Peprotech--
表皮生长因子Peprotech--
AccutaseSigma--
Lipofectamine 3000转染试剂Invitrogen--
ROCK抑制剂 (Y27632)Millipore--
CytoTune™-iPS 2.0仙台病毒重编程试剂盒Thermo ScientificA16517
STEMdiff造血分化试剂盒STEMCELL technologies05310
STEMdiff心肌细胞分化试剂盒STEMCELL technologies05010
TRI试剂Sigma--
RNeasy柱纯化Qiagen74204
iSCRIPT cDNA合成试剂盒Bio-Rad--
iTaq通用SYBR Green SupermixBio-Rad--
CFX96RTS热循环仪Bio-Rad--
Criterion TGX凝胶 (4-15%)Bio-Rad--
Trans-Blot Turbo转印系统Bio-Rad--
Odyssey CLX扫描系统Li-Cor--
Image Studio软件Li-Cor--
cOmplete蛋白酶抑制剂混合物Roche--
BCA蛋白定量试剂Pierce--
IRDye 800CW山羊抗小鼠二抗Li-Cor926-32210
IRDye 680驴抗山羊二抗Li-Cor926-32224
小鼠抗UGP2单克隆抗体 (C-6)Santa Cruz--
小鼠和兔特异性HRP/DAB (ABC)检测IHC试剂盒Abcam--
ProLong Gold抗淬灭封片剂含DAPIInvitrogen--
Cy3偶联二抗----
VisionTek®活体数字显微镜Sakura--
ZEISS Axio Imager M2正置荧光显微镜ZEISS--
希夫试剂Merck--
Olympus BX40显微镜Olympus--
高效液相色谱系统带紫外/可见检测器----
Supelcosil LC-18-S色谱柱Sigma-Aldrich--
Supelguard LC18S保护柱Sigma-Aldrich--
MilliPore Amicon离心过滤装置MilliPore--
Phusion高保真DNA聚合酶NEB--
pPyCAG-IRES-puro质粒----
Cas9蛋白IDT--
Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA/tracrRNAIDT--
三卡因----
DanioVision™观察箱Noldus--
EthoVision® XT软件Noldus--
Leica SP5活体成像系统Leica--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
患者遗传学分析
UGP2 chr2:64083454A>G纯合变异;患者临床表型(难治性癫痫、发育迟缓、小头畸形、视觉障碍);家系共分离
阅读提示:Methods: Patient recruitment, Next-generation sequencing of index patients; Results: 图1
UGP2异构体表达分析
UGP2长短异构体在成纤维细胞、ESCs、NSCs中的表达比例;胎儿脑组织中的异构体优势表达
阅读提示:Results: 图2, 图3; Methods: Western blotting, RNA-seq
体外细胞模型
H9 ESC基因编辑(KI、KO)克隆的鉴定;NSC分化条件;UGP2蛋白表达丰度验证
阅读提示:Methods: Genome engineering in human embryonic stem cells, Neural stem cell differentiation; Results: 图4, 图5
代谢与应激分析
UDP-葡萄糖酶活性测定条件;PAS染色时是否使用低氧条件;LAMP2糖基化分析;UPR标记基因(sXBP1, HSPA5, ATF4, EDEM)的表达
阅读提示:Methods: UGP2 enzymatic activity, PAS staining, Western blotting; Results: 图5
斑马鱼模型
ugp2a/ugp2b突变体品系(ugp2are08/re08, ugp2bre09/re09);行为学分析(运动、眼动);4-AP处理剂量和时长
阅读提示:Methods: Zebrafish disease modeling; Results: 图6