筛选糖酵解相关的tsRNA
鉴定与结直肠癌化疗耐药相关的糖酵解相关tsRNA。
利用TCGA数据库的RNA-seq数据和药物IC50数据,筛选糖酵解相关且与奥沙利铂耐药相关的基因;利用GEO数据库的GSE140327数据进行差异tsRNA分析,并结合靶基因预测筛选出tsRNA-08614。
tsRNA-08614 inhibits glycolysis and histone lactylation by ALDH1A3 to confer oxaliplatin sensitivity in colorectal cancer.
包含体外细胞实验(功能、机制)、体内小鼠模型及临床样本验证,且通过双荧光素酶、ChIP-seq、RNA-seq等多层次验证。
HT-29人结肠癌细胞系 SW480人结直肠癌细胞系 BALB/C裸鼠皮下移植瘤模型 结直肠癌患者肿瘤组织
tsRNA-08614在HT-29和SW480中的过表达效率(RT-qPCR) tsRNA-08614与ALDH1A3 3'UTR的直接结合(双荧光素酶报告实验) tsRNA-08614敲低后H3K18la和pan-Kla水平变化(免疫荧光和WB) 体内实验中tsRNA-08614 antagomir敲低后肿瘤生长和H3K18la水平变化(小鼠模型)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与结直肠癌化疗耐药相关的糖酵解相关tsRNA。
利用TCGA数据库的RNA-seq数据和药物IC50数据,筛选糖酵解相关且与奥沙利铂耐药相关的基因;利用GEO数据库的GSE140327数据进行差异tsRNA分析,并结合靶基因预测筛选出tsRNA-08614。
验证tsRNA-08614是否影响结直肠癌细胞对奥沙利铂的敏感性。
在HT-29和SW480细胞中过表达或敲低tsRNA-08614,通过流式细胞术检测凋亡,通过克隆形成实验检测增殖。
验证tsRNA-08614是否通过靶向ALDH1A3抑制糖酵解。
通过双荧光素酶报告实验验证tsRNA-08614与ALDH1A3 3'UTR的直接结合;检测ALDH1A3表达、乳酸和ATP水平。
确定tsRNA-08614是否通过抑制糖酵解减少组蛋白乳酸化。
敲低tsRNA-08614并用乳酸抑制剂oxamate处理,通过免疫荧光和WB检测H3K18la和pan-Kla水平。
鉴定受tsRNA-08614调控的组蛋白乳酸化修饰的基因。
在tsRNA-08614过表达的HT-29细胞中进行H3K18la ChIP-seq,分析差异修饰峰,并通过ChIP-PCR验证候选基因的乳酸化水平。
揭示EFHD2促进奥沙利铂耐药的机制。
在HT-29细胞中过表达EFHD2并进行RNA-seq,鉴定差异表达基因和通路;通过RT-qPCR、WB、克隆形成、JC-1染色验证CMPK2和线粒体功能。
在体内验证tsRNA-08614通过抑制组蛋白乳酸化增强奥沙利铂敏感性。
建立BALB/C裸鼠皮下移植瘤模型,注射tsRNA-08614 antagomir并给予奥沙利铂和oxamate治疗,测量肿瘤体积和重量,通过免疫荧光检测H3K18la水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Corning | 10-040-CV |
| Leibovitz's L-15培养基 | Procell | PM151010 | |
| 胎牛血清 | Sangon | E607011 | |
| 青霉素-链霉素 | Sangon | E607011 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | Thermo | K1622 |
| 2×预混液试剂盒 | Roche | -- | |
| 实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems Inc | ABI | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 166019 |
| OPTI-MEM培养基 | CORNING | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| ALDH1A3抗体 | Proteintech | 25167-1-AP | |
| 组蛋白H3抗体 | Proteintech | 17168-1-AP | |
| H3K18la抗体 | Jingjie PTM Biolab | PTM-1406RM | |
| 泛乳酸化抗体 | Jingjie PTM Biolab | PTM-1401RM | |
| EFHD2抗体 | Abcam | ab24368 | |
| γ-H2A.X抗体 | Abcam | ab81299 | |
| 山羊抗兔IgG H&L (HRP) | Beyotime | A0208 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG (H+L) | Proteintech | SA00001-1 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG (H+L) | Proteintech | SA00001-2 | |
| ECL化学发光底物 | Thermo | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC细胞凋亡检测试剂盒 | Sangon Biotech | E606336-0100 |
| 奥沙利铂 | MCE | HY-17371X | |
| FACSVerse流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 克隆形成实验 | 胰蛋白酶 | Invitrogen | 1668-500 |
| 台盼蓝 | -- | -- | |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 荧光素酶报告实验 | psiCHECK-2报告载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告检测系统试剂盒 | Promega | -- | |
| 乳酸含量检测 | 乳酸含量检测试剂盒 | Sangon Biotech | D799099-0100 |
| 酶标仪 | Thermo Fisher | FC | |
| ATP含量检测 | ATP检测试剂盒 | Shanghai Tongwei | TW30551 |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Sangon Biotech | A600198 |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| DAPI | Beyotime Biotech Inc | C1006 | |
| 山羊抗兔IgG H&L (Alexa Fluor 488) | Abcam | ab150077 | |
| 正常山羊血清 | EBIOGO | B010 | |
| 山羊抗兔IgG | EBIOGO | B029 | |
| ChIP-seq | H3K18la抗体 | Jingjie PTM Biolab | PTM-1427RM |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 线粒体膜电位检测 | 线粒体膜电位检测试剂盒(JC-1) | Beyotime | C2006 |
| 动物实验 | BALB/C裸鼠 | SPF Biotech | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HT-29和SW480细胞系来源(Pricella)、培养基(RPMI-1640、L-15)、FBS浓度(10%)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 细胞转染 | 转染试剂(Lipofectamine 2000)、细胞密度(3×10^5/孔)、转染片段浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Methods - Cell transfection |
| 奥沙利铂处理 | 奥沙利铂浓度(10 µM,约为IC50的一半)、处理时间(24小时) 阅读提示:Results - Screening of tsRNAs... (Figure S1C) |
| 糖酵解检测 | 乳酸含量检测试剂盒(Sangon)、ATP检测试剂盒(Shanghai Tongwei)、细胞数量(5×10^6) 阅读提示:Methods - Detection of lactate content, Detection of ATP content |
| 组蛋白乳酸化检测 | tsRNA-08614 inhibitor敲低、oxamate浓度(10 mM)处理时间(4小时) 阅读提示:Results - tsRNA-08614 promotes CRC oxaliplatin sensitivity by inhibiting histone lactylation modification |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/C裸鼠)、细胞接种量(2×10^6)、药物剂量(奥沙利铂10 mg/kg,oxamate 750 mg/kg)、治疗周期(3周) 阅读提示:Methods - Tumor xenograft model |