临床样本和数据库分析
鉴定结直肠癌中差异表达的小核仁RNA。
收集CRC肿瘤组织和配对癌旁组织,进行小RNA芯片分析;结合TCGA数据库COAD和READ数据筛选上调的snoRNA。
SNORA13 antisense oligonucleotides enhances the therapeutical effects of 5-fluorouracil in colon adenocarcinoma.
包含体外细胞增殖和集落形成实验、体内异种移植瘤模型、多组学分析及动物治疗实验,涵盖功能验证和机制验证。
HT29结肠腺癌细胞系 HCT116、RKO细胞系 NCM460正常肠上皮细胞系 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
细胞系HT29、HCT116、RKO和NCM460的来源及培养条件 ASO转染浓度(50 nM)和转染试剂Lipofectamine 3000 CRISPR-Cas9敲除SNORA13的sgRNA序列及筛选方法 动物实验中细胞接种数量(1×10^6或2×10^6)及分组处理(5-FU剂量20 mg/kg,ASO剂量5 nmol) 实验重复数(每个实验三次生物学重复,动物每组n=5)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定结直肠癌中差异表达的小核仁RNA。
收集CRC肿瘤组织和配对癌旁组织,进行小RNA芯片分析;结合TCGA数据库COAD和READ数据筛选上调的snoRNA。
探究SNORA13缺失对结直肠癌细胞增殖和集落形成的影响。
使用ASO转染和CRISPR-Cas9敲除HT29细胞系中的SNORA13,进行CCK-8增殖和集落形成实验;同时进行SNORA13过表达实验观察克隆形成。
验证SNORA13缺失对肿瘤生长的影响以及SNORA13 ASO单独或联合5-FU的治疗效果。
皮下注射HT29 KO或NC细胞建立异种移植瘤模型;治疗实验使用HT29野生型细胞,待肿瘤形成后分为五组,分别给予生理盐水、NC ASO、5-FU、SNORA13 ASO、SNORA13 ASO+5-FU处理。
探究SNORA13敲低影响肿瘤增殖的分子机制。
对HT29 NC和KO细胞进行RNA-seq、Ribo-seq和4D标记定量蛋白质组学分析,鉴定差异表达基因和翻译效率变化。
验证多组学分析中发现的NNMT下调。
使用RT-qPCR和Western blot验证HT29 NC和KO细胞中NNMT的mRNA和蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | Procell | PM150710 |
| MEM培养基 | Procell | PM150411 | |
| RPMI 1640培养基 | Procell | PM150110 | |
| 胎牛血清 | Yeasen | 40130ES76 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| 嘌呤霉素掺入实验 | 嘌呤霉素 | Gibco | A1113803 |
| 流式分析 | 抗嘌呤霉素抗体克隆12D10 | Millipore | MAEBE343-AF488 |
| CRISPR-Cas9敲除 | 聚凝胺 | Yeasen | 40804ES76 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596026 |
| 逆转录 | ReverTra Ace qPCR逆转录预混液 | Toyobo | FSQ-301 |
| qPCR | PerfectStart Green qPCR SuperMix | Transgen | AQ601 |
| 细胞增殖检测 | TransDetect细胞计数试剂盒 | TransGen | FC101 |
| 动物实验 | 基底膜基质胶 | MCE | HY-K6001 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| Bradford蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0006C | |
| 5×上样缓冲液 | Beyotime | P0285 | |
| Omni-Easy一步法PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Epizyme | PG222 | |
| 硝酸纤维素膜 | Absin | abs959 | |
| NNMT抗体 | Proteintech | 15123-1-AP | |
| β-肌动蛋白抗体 | CST | 8H10D10 | |
| 兔二抗 | SeraCare | 5220-0336 | |
| 鼠二抗 | SeraCare | 5220-0341 | |
| iBright750成像系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 样本制备 | NanoDrop ND-1000分光光度计 | -- | -- |
| Bioanalyzer 2100分析仪 | Agilent | -- | |
| 小RNA芯片 | Arraystar人小RNA芯片(8×15K) | Arraystar | -- |
| Agilent扫描仪G2505C | Agilent | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本来源、样本量、配对情况、小RNA芯片平台和数据分析方法 阅读提示:Materials and methods: Clinical specimens, Samples preparation and small RNA array; Results: 第一段 |
| 细胞培养与转染 | 细胞系及其来源、培养基和血清、ASO序列和转染浓度(50 nM)、转染试剂 阅读提示:Materials and methods: Cell culture, Transfections of antisense oligonucleotides; Supplementary Table S4 |
| CRISPR-Cas9敲除 | sgRNA序列、Cas9和sgRNA的递送方式、筛选步骤 阅读提示:Materials and methods: CRISPR-Cas9 genome editing and SNORA13 knockout cell line screening; Supplementary Table S4 |
| 体外功能实验 | CCK-8检测的细胞密度和检测时间点,集落形成实验的细胞密度和培养时间 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assays and colony formation analysis; Figure 2 legend |
| 体内异种移植瘤实验 | 动物品系和周龄、细胞数量、处理分组和剂量(5-FU 20 mg/kg,ASO 5 nmol)、给药频率和周期、每组动物数(n=5) 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Figure 3 legend |
| 翻译效率检测 | 嘌呤霉素浓度(10 μg/mL)和孵育时间、RNA-seq和Ribo-seq的数据处理流程 阅读提示:Materials and methods: Puromycin-incorporation assay, RNA-sequencing, Ribo-seq and 4D label-free qualitative proteomics; Supplementary Figures S5 |
| 分子验证 | RT-qPCR引物、Western blot抗体浓度和品牌 阅读提示:Materials and methods: RNA extraction, reverse transcription, and quantitative real-time PCR, Western blot analyses; Supplementary Table S4 |