生物信息学分析与临床样本验证
分析SENP家族在乳腺癌中的表达及预后价值,并验证SENP5在临床样本中的表达。
使用TCGA数据库分析SENP家族表达及预后,GSEA分析SENP5相关通路;免疫组化染色检测乳腺癌组织与癌旁组织中SENP5表达。
SENP5 drives breast cancer progression through deSUMOYlation of CDK1.
研究包含TCGA数据库分析、体外细胞实验(增殖、迁移、侵袭、细胞周期)、机制验证(Co-IP、泛素化检测)及体内异种移植模型,多层级验证SENP5/CDK1轴功能。
乳腺癌细胞系MCF-7、MDA-MB-231、Hs 578T HEK293T细胞 MDA-MB-231异种移植小鼠模型 乳腺癌患者组织样本
SENP5抗体及CDK1抗体的特异性和来源(表S3) SENP5-siRNA序列及转染效率(表S1) 细胞系MDA-MB-231、MCF-7、Hs 578T的SENP5表达水平 Ro-3306 CDK1抑制剂的给药剂量和时间(4 mg/kg,每三天一次,腹腔注射) 异种移植实验中肿瘤体积计算公式(0.5×最长径×最短径²)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析SENP家族在乳腺癌中的表达及预后价值,并验证SENP5在临床样本中的表达。
使用TCGA数据库分析SENP家族表达及预后,GSEA分析SENP5相关通路;免疫组化染色检测乳腺癌组织与癌旁组织中SENP5表达。
评估SENP5敲低对乳腺癌细胞增殖、迁移、侵袭及细胞周期的影响。
在MCF-7、MDA-MB-231和Hs 578T细胞中转染siRNA敲低SENP5,进行CCK8、集落形成、EdU、划痕、Transwell及流式细胞周期分析。
验证SENP5与CDK1的相互作用及SENP5对CDK1的SUMO化和泛素化修饰的影响。
通过免疫共沉淀、荧光共定位、蛋白质合成抑制实验、蛋白酶体抑制实验及泛素化检测。
验证CDK1是SENP5促进乳腺癌细胞增殖的关键下游介质。
在SENP5过表达的乳腺癌细胞中敲低CDK1,检测细胞增殖和细胞周期变化。
评估SENP5敲低及联合CDK1抑制在乳腺癌生长中的作用。
使用MDA-MB-231细胞皮下移植建立异种移植瘤模型,分组处理,监测肿瘤体积和重量,IHC检测Ki67、SENP5、CDK1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875093 | |
| DMEM/F12培养基 | Gibco | 12634010 | |
| 胎牛血清 | Excell | FSP500 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Biosharp | BL505A | |
| 支原体检测试剂盒 | Beyotime | C0298M | |
| 基因转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 稳定细胞株筛选 | 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026CN |
| 逆转录PCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR037A |
| RT-qPCR | TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A |
| 细胞活力检测 | CCK8试剂 | Beyotime | C0038 |
| EdU实验 | EdU检测试剂盒 | Servicebio | G1640 |
| 细胞染色 | DAPI染色液 | Beyotime | C1006 |
| 集落形成实验 | 结晶紫溶液 | Beyotime | C0121 |
| Transwell实验 | Transwell小室(孔径8微米) | Corning | TCS003012 |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| 细胞周期检测 | 细胞周期检测试剂盒 | Servicebio | G1700-50T |
| BD FACSVerse流式细胞仪 | BD Bioscience | -- | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC和PI溶液 | Servicebio | G1510-50T |
| BD FACS Celesta流式细胞仪 | BD Bioscience | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P013B |
| 蛋白酶抑制剂 | Beyotime | P1005 | |
| Western blot | 化学发光检测试剂盒 | Biosharp | BL523B |
| 免疫荧光 | Triton-X100 | Beyotime | P0096 |
| DAPI | Biosharp | BL105A | |
| 激光扫描共聚焦显微镜(A1 HD25) | Nikon | -- | |
| 动物实验药物处理 | Ro-3306 | Selleck Chemicals | S7747 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 乳腺癌组织及癌旁组织的来源与伦理审批号 阅读提示:Methods: Patients and samples |
| 细胞培养条件 | 细胞系来源和培养基类型(如DMEM、RPMI-1640、DMEM/F12),FBS浓度,青霉素-链霉素 阅读提示:Methods: Cell culture |
| SENP5敲低 | siRNA序列(表S1),转染试剂Lipofectamine 3000,转染时间48小时,稳定敲低用慢病毒和嘌呤霉素(1 µg/mL) 阅读提示:Methods: Gene transfection and virus infection |
| 细胞增殖检测 | CCK8、EdU、集落形成实验的细胞密度(1000细胞/孔)、培养时间(集落形成14天)、EdU浓度(50 µM)和处理时间(2小时) 阅读提示:Methods: Cell viability assay, EdU assay, Colony formation assay |
| 迁移/侵袭实验 | 划痕实验的丝裂霉素C浓度(5 µg/mL)和处理时间(2小时),迁移率计算公式;Transwell小室孔径(8 µm)、基质胶浓度(250 µg/mL)、细胞密度(2×10^4)和处理时间(48小时) 阅读提示:Methods: Wound healing assay, Transwell migration and invasion assay |
| 细胞周期检测 | 细胞密度(2.5×10^5/孔),检测试剂盒(G1700-50T) 阅读提示:Methods: Cell cycle assay |
| 蛋白互作与修饰 | Co-IP抗体(抗SENP5、抗CDK1),免疫荧光染色条件,SUMO化检测(共转染Myc-SUMO1/2/3和HA-CDK1),CHX和MG132浓度未明确 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation, Immunofluorescence, Results(Fig. 4) |
| 动物模型 | 小鼠品系(5周龄雌性裸鼠),细胞注射量(5×10^6),分组(4组),每组6只,Ro-3306剂量(4 mg/kg)和给药频率(每三天一次,腹腔注射),肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods: Xenograft mouse models |