失巢凋亡相关基因的遗传变异分析
分析27个已知ARGs在HCC中的突变、拷贝数变异和表达改变及其与预后的关联
利用TCGA数据,分析ARGs的体细胞突变频率、染色体位置、CNV谱及其在肿瘤和正常组织中的差异表达,并基于GEO数据集评估其与患者OS的相关性
Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma.
包含生物信息学分析(聚类、WGCNA、LASSO)和体外细胞功能实验(CCK-8、Transwell等),但缺乏动物模型或患者样本的验证。
肝细胞癌细胞系Huh7和Hep3B TCGA-LIHC肝细胞癌患者队列 IMvigor210膀胱癌免疫治疗队列 GSE140228单细胞数据集
TTC26和TPX2的表达水平 TTC26敲除和过表达细胞模型的验证 细胞增殖、迁移、侵袭和克隆形成能力的检测 免疫细胞浸润和免疫检查点基因表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析27个已知ARGs在HCC中的突变、拷贝数变异和表达改变及其与预后的关联
利用TCGA数据,分析ARGs的体细胞突变频率、染色体位置、CNV谱及其在肿瘤和正常组织中的差异表达,并基于GEO数据集评估其与患者OS的相关性
基于ARGs表达谱对HCC患者进行分子分型,并比较亚型间的预后、干性和肿瘤微环境差异
采用无监督共识聚类将370例HCC患者分为C1和C2两种亚型,通过Kaplan-Meier分析、mRNAsi评分、ESTIMATE算法和ssGSEA评估亚型间预后、干性、基质/免疫评分和免疫细胞浸润差异,并通过GSVA分析富集通路
识别与临床特征相关的核心基因模块,并构建预后风险评分模型
利用limma筛选C1和C2亚型间的DEGs(|logFC|>1.0,FDR<0.05),对1755个基因进行WGCNA(软阈值β=14),确定与干性和TME评分最相关的模块,通过单变量Cox和LASSO回归筛选基因并建立风险评分模型,在训练和验证队列中验证其预后效能
评估风险模型对免疫治疗反应的预测价值
在IMvigor210队列中比较不同治疗反应组(CR/PR vs SD/PD)的风险评分,并分析高风险和低风险组患者接受ICI治疗后的OS差异
验证TTC26在HCC细胞中的功能作用
构建TTC26敲除和过表达的Huh7和Hep3B细胞模型,通过Western blot和qRT-PCR验证,并通过CCK-8、Transwell、克隆形成、EdU和划痕实验评估细胞增殖、侵袭、迁移和克隆形成能力
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Procell | 164210-500 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Gibco | 15140122 | |
| 三气培养箱 | Eppendorf | Galaxy 48 R | |
| RNA分析 | TRIzol试剂 | Vazyme | R401-01 |
| HiScript II Q Select RT SuperMix for qPCR (+gDNA wiper) | Vazyme | R233-01 | |
| RT-qPCR | Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix | Vazyme | Q712-02 |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白免疫印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| ECL底物 | Tanon | -- | |
| EdU实验 | BeyoClick™ EdU试剂盒 | Beyotime | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 基底胶 | -- | -- | |
| 细胞培养 | MycoBlue™支原体检测试剂盒 | Vazyme | D101-01 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA-LIHC数据下载版本、27个ARGs列表、GSEA数据库版本、无监督共识聚类参数、WGCNA软阈值(β=14)、LASSO Cox回归参数 阅读提示:Methods:Data collection、Unsupervised consensus clustering、WGCNA analysis、Prognostic risk model construction and validation;Results:Identification of anoikis subtypes、Construction and validation of risk scores |
| 细胞培养 | 细胞系(Huh7和Hep3B)的来源、培养基配方(高糖DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素)、培养条件(37°C,5%CO2)、缺氧条件(1%O2,5%CO2,94%N2)及培养时间 阅读提示:Methods:Cell culture |
| TTC26敲除和过表达 | TTC26的敲除和过表达载体、转染方法、验证方法(Western blot和qRT-PCR)的具体细节 阅读提示:Methods:Protein immunoblotting、RNA analysis and qPCR;Results:Figure 8A, 8B |
| 细胞功能实验 | CCK-8实验的细胞数量(2×10^3细胞/孔)和检测时间点(24-72h)、克隆形成实验的细胞数量(500细胞/孔)和培养时间(10-14天)、Transwell实验的细胞数量(5×10^4细胞)和迁移/侵袭时间(36h)、EdU实验的试剂盒和步骤、划痕实验的观察时间点(0/24/48h) 阅读提示:Methods:Proliferation and clonogenic evaluation、EdU and migration/invasion assays、Wound healing analysis;Results:Figure 8C-K |