家系临床表型评估与遗传分析
明确家系中成骨不全症的表型和遗传模式。
收集家系成员临床信息,绘制家系图,6名患者有反复骨折史,4名正常。
Splice‑site variant c.3531+1G>T in COL1A1 in a family with osteogenesis imperfecta.
包含WES、Sanger测序、RT-PCR和minigene剪接实验,验证了变异对剪接的影响,但缺乏蛋白水平验证和动物模型。
先证者及家系成员的外周血淋巴细胞系 293T细胞系
使用QIAamp Blood Mini Kit提取外周血DNA WES平均测序深度≥150X,目标区域>20X位点比例>95% RT-PCR使用两对引物(1F1R和2F2R)扩增COL1A1 cDNA minigene实验使用pSPL3b载体构建hCOL1A1-W和hCOL1A1-M质粒 293T细胞电转参数:1100V,20ms,2次脉冲
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确家系中成骨不全症的表型和遗传模式。
收集家系成员临床信息,绘制家系图,6名患者有反复骨折史,4名正常。
在先证者中鉴定致病变异。
提取先证者外周血DNA,进行全外显子组测序,经生物信息学分析筛选变异。
验证c.3531+1G>T变异在家系中的共分离情况。
对所有家系成员进行Sanger测序,确认变异与疾病表型共分离。
评估c.3531+1G>T变异对内含子47剪接的影响。
提取先证者和正常对照淋巴细胞系RNA,反转录后PCR扩增COL1A1 cDNA片段,凝胶电泳和Sanger测序分析。
验证c.3531+1G>T突变对剪接模式的影响。
构建野生型(hCOL1A1-W)和突变型(hCOL1A1-M)minigene质粒,转染293T细胞,48h后提取RNA,RT-PCR和克隆测序分析剪接产物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | QIAamp血液迷你试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNA定量 | Qubit dsDNA BR检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | Q32850 |
| DNA片段化 | 超声破碎仪LE220 | Covaris | LE220 |
| 文库制备 | SureSelectXT试剂盒 | Agilent Technologies | G9611B |
| Agilent V6探针 | Agilent Technologies | 5190-8863 | |
| Agencourt AMPure XP磁珠 | Beckman Coulter | A63881 | |
| 测序 | MGISEQ-200RS高通量测序试剂盒 | MGI Tech | 1000012555 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Invitrogen | -- |
| PCR扩增 | TaKaRa LA Taq酶及GC缓冲液 | Takara Biotechnology | RR02AG |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell Life Science & Technology | PM150210 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091148 | |
| 青霉素-链霉素 | HyClone | SV30010 | |
| 细胞转染 | Neon转染系统 | Thermo Fisher Scientific | MPK5000 |
| Neon转染系统移液器 | Thermo Fisher Scientific | MPP100 | |
| Neon转染系统100 µl试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | MPK10096 | |
| DNA消化 | RQ1 DNase | Promega | M6101 |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Vazyme Biotech | R323-01 |
| PCR扩增 | 2X Taq Master Mix(Dye Plus) | Vazyme Biotech | P112 |
| 克隆 | Ultra-Universal TOPO克隆试剂盒 | Vazyme Biotech | C603 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 全外显子组测序 | DNA提取方法(QIAamp Blood Mini Kit)、文库制备试剂盒(SureSelectXT Reagent Kit)、测序平台(MGISEQ-200RS)、平均测序深度 阅读提示:Materials and methods: WES |
| Sanger测序 | Sanger测序验证所有家系成员,确认六名患者携带变异,四名正常者不携带 阅读提示:Materials and methods: Sanger sequencing; Results: 图1 |
| RT-PCR分析 | 淋巴细胞系建立方法、RNA提取(TRIzol)、引物序列(1F1R/2F2R)、PCR条件(退火温度63°C)、凝胶电泳 阅读提示:Materials and methods: Sequence analysis of COL1A1 cDNA |
| Minigene剪接实验 | 质粒构建(pSPL3b载体)、293T细胞培养条件、电穿孔参数(1100V,20ms,2次)、转染后48h收样 阅读提示:Materials and methods: Minigene splicing assay |