转录组变异性分析
评估血管平滑肌细胞在正常和转化条件下的转录组可塑性。
对人主动脉平滑肌细胞系(HASMC1、HASMC2)和公共数据进行了RNA-seq,并在胆固醇处理前后比较转录组,进行了PCA和相关分析。
Dynamic deployment of H2A.Z positive nucleosome mediated transcriptomic plasticity within vascular smooth muscle cell.
包含体外细胞模型(大鼠和人血管平滑肌细胞)、多种组学测序、功能敲低和机制验证。
大鼠血管平滑肌细胞RASMC1 人血管平滑肌细胞HASMC1、HASMC2 人主动脉中膜单细胞 人心肌细胞
CAR-downTSS的染色质特征(单核小体可及性、H3K27ac、H3K4me3、H2A.Z富集) H2az1和Srcap基因敲低效率及其对基因表达可调性的影响 胆固醇、PDGF、Pi处理诱导基因表达变化的条件 CAR-downTSS在大鼠和人血管SMC中的保守性和动态部署 单细胞ATAC-seq分析中的细胞聚类和基因可及性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估血管平滑肌细胞在正常和转化条件下的转录组可塑性。
对人主动脉平滑肌细胞系(HASMC1、HASMC2)和公共数据进行了RNA-seq,并在胆固醇处理前后比较转录组,进行了PCA和相关分析。
识别与转录可调性相关的启动子区域染色质特征。
对RASMC1进行ATAC-seq,进行k-means聚类分析启动子区域可及性模式,并关联基因表达和表达变化。
确定CAR-downTSS的核小体状态和组蛋白修饰特性。
通过ATAC-seq片段大小分析单核小体可及性,使用Cut&Tag检测H3K27ac、H3K4me3、H3K27me3、H3K9me3、H2a.z和Pol II的分布。
验证H2A.Z在CAR-downTSS功能和基因可调性中的作用。
使用shRNA敲低H2az1或Srcap,通过Western blot和免疫染色验证敲低效率,然后检测基因表达变化、组蛋白修饰和Pol II水平。
验证CAR-downTSS在人类血管平滑肌细胞中的保守性及其动态部署。
对HASMC1进行H2A.Z Cut&Tag和ATAC-seq,对HASMC2和pub h4进行ATAC-seq,对人心肌细胞进行ATAC-seq,比较CAR-downTSS的基因数量和重叠。
在单细胞水平验证CAR-downTSS对基因表达的调控作用。
对人主动脉中膜进行scATAC-seq,分析NAMPT和KCNJ2等基因的可及性,并通过RNA-seq检测基因表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞ATAC-seq文库构建 | Chromium Next GEM单细胞ATAC试剂盒v2 | 10x Genomics | 1000390 |
| ATAC-seq文库构建 | Hyperactive ATAC-Seq文库构建试剂盒(Illumina) | Vazyme | TD711 |
| Cut&Tag文库构建 | Hyperactive Universal Cut&Tag检测试剂盒(Illumina Pro) | Vazyme | TD904 |
| Cut&Tag | 抗H3K27ac抗体 | Abcam | ab4729 |
| 抗H3K4me3抗体 | Abcam | ab213224 | |
| 抗H3K27me3抗体 | Abcam | ab192985 | |
| 抗H3K9me3抗体 | Abcam | ab176916 | |
| 抗H2A.Z抗体 | Abcam | ab4174 | |
| 抗RNA聚合酶II抗体 | Abcam | ab238146 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | PM150210 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo | 15140122 | |
| 免疫染色 | 抗H2a.z一抗 | Abcam | ab4174 |
| Alexa Fluor 594偶联的抗兔二抗 | Invitrogen | A11012 | |
| 共聚焦显微镜 | Leica | Stellaris |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| ATAC-seq | 细胞数量(10,000)、建库试剂盒(Vazyme TD711)、测序数据量(6-9 Gb) 阅读提示:Methods: Bulk ATAC-Seq |
| Cut&Tag | 抗体克隆号(H3K27ac ab4729、H3K4me3 ab213224、H2A.Z ab4174等)、试剂盒(Vazyme TD904)、测序数据量(6 Gb) 阅读提示:Methods: Cut&Tag sequencing |
| RNA-seq | RNA提取方法(TRIzol)、测序数据量(6 Gb)、差异表达基因阈值(adjusted p<0.05,log2FC>1) 阅读提示:Methods: Bulk RNA-Seq |
| shRNA敲低 | shRNA靶向序列(H2az1、Srcap、H2AZ1)、载体(pLKO.1)、筛选(嘌呤霉素) 阅读提示:Methods: ShRNA knockdown |
| 免疫染色 | 细胞培养条件(DMEM+10%FBS+1%青霉素/链霉素,5%CO2)、抗体(ab4174和A11012)、成像设备(Leica Stellaris 5) 阅读提示:Methods: Immunostaining |