生物信息学分析RNF125表达
鉴定LUAD中差异表达的E3泛素连接酶,并评估RNF125的表达及临床意义
采用GEO数据集、TNMplot、TISIDB、PROGgeneV2等数据库分析RNF125表达、肿瘤分期、生存期及免疫浸润相关性;在21对LUAD组织进行IHC染色验证。
RNA‑binding protein MBNL1 regulates tumor growth, chemosensitivity and antitumor immunity in lung adenocarcinoma by controlling the expression of tumor suppressor RNF125.
包含临床样本IHC验证、体外细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭)、药物敏感性实验、免疫共培养实验及机制验证(RNA稳定性、RIP-PCR),多个独立证据层级。
肺腺癌细胞系NCI-H1395 肺腺癌细胞系HCC-827 患者肺腺癌组织及配对癌旁组织 Jurkat T细胞与NK-92细胞共培养模型
RNF125在LUAD中的表达下调及临床相关性(IHC、数据库分析) RNF125对LUAD细胞增殖、迁移、侵袭的功能影响(MTT、Transwell) RNF125对顺铂敏感性的影响(MTT、caspase-3活性、cleaved PARP) RNF125与PD-L1的相互作用及对PD-L1表达的影响(Co-IP、Western blot) MBNL1对RNF125 mRNA稳定性的调控(RNA稳定性分析、RIP-PCR)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定LUAD中差异表达的E3泛素连接酶,并评估RNF125的表达及临床意义
采用GEO数据集、TNMplot、TISIDB、PROGgeneV2等数据库分析RNF125表达、肿瘤分期、生存期及免疫浸润相关性;在21对LUAD组织进行IHC染色验证。
验证RNF125对LUAD细胞增殖、集落形成、迁移和侵袭的影响
在NCI-H1395和HCC-827细胞中构建RNF125敲低和过表达稳定细胞系,通过RT-qPCR和Western blot验证效率;采用MTT、集落形成、Transwell实验检测细胞功能。
评估RNF125对LUAD细胞顺铂敏感性的影响
用不同浓度顺铂处理细胞48h,检测细胞活力、caspase-3活性和cleaved PARP表达。
探究RNF125对PD-L1表达及抗肿瘤免疫的影响
通过Co-IP验证RNF125与PD-L1相互作用;Western blot检测PD-L1表达;与Jurkat T细胞和NK-92细胞共培养,检测IL-2分泌和细胞杀伤。
验证MBNL1是否是RNF125的上游调控因子
通过数据库预测和相关性分析筛选候选RBP,采用RT-qPCR和Western blot检测MBNL1和RNF125表达;RIP-PCR验证MBNL1与RNF125 mRNA结合;RNA稳定性分析检测mRNA降解。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- |
| MEM培养基 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| MEMα培养基 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | -- | |
| 胎牛血清 | Zhejiang Tianhang Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 马血清 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Biosharp Life Sciences | BL505A | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| RT-qPCR | TRIpure试剂 | BioTeke Corporation | -- |
| BeyoRT II M-MLV逆转录酶 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| SYBR Green荧光染料 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| 2X Taq PCR预混液 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | -- | |
| Western封闭液 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | SW3010 | |
| 抗RNF125抗体 | Affinity Biosciences | DF4024 | |
| 抗cleaved PARP抗体 | Affinity Biosciences | AF7023 | |
| 抗PD-L1抗体 | Affinity Biosciences | BF8035 | |
| 抗MBNL1抗体 | ABclonal Biotech, Co., Ltd. | A8054 | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech Group, Inc. | 66009-1-Ig | |
| 山羊抗兔IgG | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | SE134 | |
| 山羊抗小鼠IgG | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | SE131 | |
| ECL化学发光底物 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| 集落形成实验 | Wright-Giemsa复合染色试剂盒 | Nanjing Keygen Biotech, Co., Ltd. | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Beijing Landeco Technology Co., Ltd. | -- |
| 基质胶 | Corning, Inc. | -- | |
| 顺铂敏感性实验 | 顺铂 | Dalian Meilun Biology Technology Co., Ltd. | -- |
| MTT实验 | MTT染液 | Nanjing Keygen Biotech, Co., Ltd. | -- |
| 二甲基亚砜 | Nanjing Keygen Biotech, Co., Ltd. | -- | |
| Caspase-3活性检测 | Caspase-3活性检测试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | C1116 |
| Co-IP | Pierce免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 26149 |
| 抗PD-L1抗体 | Affinity Biosciences | BF8035 | |
| 阴性对照IgG | Beyotime | A7016 | |
| T细胞激活评估 | IL-2 ELISA试剂盒 | Hangzhou Lianke Biotechnology Co., Ltd. | EK102 |
| RNA免疫沉淀 | RIP裂解液 | MilliporeSigma | -- |
| 抗MBNL1抗体 | ABclonal Biotech Co., Ltd. | A8054 | |
| RNA免疫沉淀试剂盒 | MilliporeSigma | 17-701 | |
| 免疫组织化学 | 抗RNF125抗体 | Proteintech Group, Inc. | 13290-1-AP |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 31460 | |
| 牛血清白蛋白 | Sangon Biotech Co., Ltd. | -- | |
| RT-qPCR | NanoDrop2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 实时荧光定量PCR仪 | Bioneer Corporation | -- | |
| MTT实验 | 酶标仪 | BioTek; Agilent Technologies, Inc. | -- |
| 集落形成实验 | 倒置相差显微镜 | Olympus Corporation | -- |
| Transwell实验 | 倒置光学显微镜 | Olympus Corporation | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 数据集、阈值、数据库版本及分析参数 阅读提示:见Materials and methods中的Bioinformatics部分 |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、培养条件 阅读提示:见Materials and methods中的Cell culture部分 |
| 细胞转染 | 转染试剂、质粒/siRNA用量、转染时间 阅读提示:见Materials and methods中的Cell transfection部分 |
| RT-qPCR | RNA提取方法、逆转录条件、qPCR引物、循环参数、内参基因 阅读提示:见Materials and methods中的RT-qPCR部分 |
| Western blotting | 蛋白提取方法、抗体稀释比例、孵育条件、曝光方法 阅读提示:见Materials and methods中的Western blotting部分 |
| 增殖和集落形成实验 | 细胞接种密度、培养时间、染色方法 阅读提示:见Materials and methods中的Colony formation assay部分及MTT assay |
| 迁移和侵袭实验 | 细胞密度、基质胶、培养时间、固定和染色方法 阅读提示:见Materials and methods中的Transwell invasion and migration assays部分 |
| 顺铂敏感性实验 | 顺铂浓度梯度、处理时间、检测方法 阅读提示:见Materials and methods中的Cisplatin sensitivity assay部分 |
| 免疫调节实验 | 共培养比例、处理时间、检测指标 阅读提示:见Materials and methods中的Evaluation of Jurkat T cell activation和NK cell cytotoxicity assay部分 |
| RNA稳定性分析 | 放线菌素D浓度、处理时间、检测方法 阅读提示:见Materials and methods中的RNA stability analysis部分 |