生物信息学分析
分析ZIC5在LUAD中的表达及其与预后和糖酵解基因的相关性。
从TCGA数据库获取LUAD转录组数据,使用edgeR进行差异表达分析,Kaplan-Meier生存分析和Cox回归评估预后,相关性热图显示ZIC5与糖酵解基因的相关性。
Silencing ZIC5 suppresses glycolysis and promotes disulfidptosis in lung adenocarcinoma cells.
包含体外细胞实验(增殖、代谢、死亡检测)及生物信息学分析,但缺少动物模型等独立证据层级。
A549细胞系 H1299细胞系 TCGA-LUAD队列
siRNA沉默ZIC5的序列及转染条件 葡萄糖剥夺与补充条件 Z-VAD、Ferrostatin-1、TCEP处理浓度及时间 细胞死亡检测方法(CCK-8、流式)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析ZIC5在LUAD中的表达及其与预后和糖酵解基因的相关性。
从TCGA数据库获取LUAD转录组数据,使用edgeR进行差异表达分析,Kaplan-Meier生存分析和Cox回归评估预后,相关性热图显示ZIC5与糖酵解基因的相关性。
在LUAD细胞系中沉默ZIC5基因。
培养A549和H1299细胞,使用si-ZIC5和NC-si转染细胞,通过qRT-PCR和Western blot验证沉默效率。
评估沉默ZIC5对LUAD细胞增殖的影响。
使用CCK-8和EdU实验检测细胞增殖能力。
评估沉默ZIC5对糖酵解和线粒体呼吸的影响。
测量葡萄糖摄取、乳酸产生、ATP含量,并使用Seahorse XF分析ECAR和OCR。
评估沉默ZIC5对二硫化物死亡的影响。
测量NADP+/NADPH比值、GSH含量、GSSG/GSH比值,使用免疫荧光染色观察CD44和肌动蛋白,并通过CCK-8和流式细胞术检测细胞死亡率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F-12K培养基 | Gibco | 21127-022 |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875-093 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 26140-079 | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25200-056 | |
| 细胞培养箱 | Thermo Fisher Scientific | 3111 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 31985-070 | |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Tiangen | -- |
| 氯仿 | Fuzhou Guangbo Adhesive Industry | -- | |
| 异丙醇 | Sinopharm Chemical Reagent Co., Ltd. | -- | |
| DEPC处理水 | Sigma | 40718 | |
| Oligo(dT)引物 | Quanshijin | -- | |
| 脱氧核苷三磷酸 | Thermo | GD1102 | |
| RevertAid逆转录酶 | Thermo | EP0441 | |
| RNA酶抑制剂 | Thermo | E00381 | |
| SYBR Green I混合物 | Quanshijin | AQ601-04 | |
| 实时荧光定量PCR仪 | ABI | Q1 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白测定试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | IPVH00010 | |
| ZIC5一抗 | Thermo Fisher | PA5-142027 | |
| GAPDH一抗 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| HRP偶联的山羊抗兔IgG | KPL | 074-1506 | |
| HRP偶联的山羊抗小鼠IgG | KPL | 074-1807 | |
| ECL化学发光试剂 | Beyotime | P0018S | |
| 化学发光成像系统 | Shanghai Qinchang | ClinxChemiScope 6000 | |
| 细胞增殖 | DMEM培养基 | Hyclone | SH30022.01 |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| CCK-8试剂 | Quanshijin | FC101-03 | |
| 细胞死亡检测 | 二甲基亚砜 | Sigma | D2650 |
| Z-VAD | Sigma | 627610 | |
| Ferrostatin-1 | Sigma | SML0583 | |
| 三(2-羧乙基)膦 | Sigma | C4706 | |
| EdU实验 | Click-iT EdU细胞增殖试剂盒 | Invitrogen | C10337 |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Sigma | D9542 | |
| 能量代谢检测 | Amplex Red葡萄糖/葡萄糖氧化酶测定试剂盒 | Invitrogen | MP 22189 |
| 乳酸测定试剂盒 | Abcam | ab65330 | |
| ATP测定试剂盒 | Beyotime | S0026 | |
| Seahorse XF糖酵解压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103020-100 | |
| 2-脱氧-D-葡萄糖 | Sigma | D8375 | |
| 鱼藤酮 | Sigma | R8875 | |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103015-100 | |
| 寡霉素 | Sigma | O4876 | |
| 氧化还原检测 | NADP+/NADPH定量试剂盒 | Sigma | MAK038 |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC | BD Biosciences | 556419 |
| 碘化丙啶 | BD Biosciences | 556463 | |
| 免疫荧光染色 | Triton X-100 | Sigma | T8787 |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | A2153 | |
| CD44一抗 | Cell Signaling Technology | 3570S | |
| 肌动蛋白一抗 | Sigma | A2066 | |
| Alexa Fluor 488偶联二抗 | Invitrogen | A-11008 | |
| Alexa Fluor 594偶联二抗 | Invitrogen | A-11012 | |
| 荧光显微镜 | 荧光显微镜 | Nikon | Ti2 |
| 多功能酶标仪 | 酶标仪 | BioTek | ELx800 |
| 发光检测仪 | BioTek | Synergy H1 | |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | BD Biosciences | FACSCanto II |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA-LUAD数据集的版本、样本量及分组标准 阅读提示:Methods - Bioinformatics analysis |
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养基、siRNA序列及转染试剂 阅读提示:Methods - Cell culture, Vector construction and transfection |
| 基因表达检测 | qRT-PCR引物序列、Western blot抗体及稀释比例 阅读提示:Methods - qRT-PCR, Western blot |
| 细胞增殖检测 | CCK-8检测时间点、EdU浓度及孵育时间 阅读提示:Methods - CCK-8, EdU |
| 能量代谢检测 | 试剂盒品牌货号、Seahorse XF分析药物浓度及注射顺序 阅读提示:Methods - Measurement of 24 h glucose uptake, lactate production, and ATP content, Measurement of cellular ECAR and OCR |
| 氧化还原与二硫化物死亡检测 | NADP+/NADPH比值、GSH含量、GSSG/GSH比值的检测试剂盒及步骤 阅读提示:Methods - Measurement of cellular NADP+/NADPH ratio, GSH content, and GSSG/GSH ratio |
| 细胞死亡检测 | 处理药物及浓度(DMSO, Z-VAD, Ferrostatin-1, TCEP)、流式细胞术染液 阅读提示:Methods - Flow cytometry analysis, Immunofluorescence staining |