结合适体传感器阵列、核酸外切酶III-DNA步行器和线性判别分析筛选降尿酸药物的新方法

A novel method for screening antihyperuricemic drugs by combining aptamer sensor array, exonuclease III-DNA walker and linear discriminant analysis.

作者信息Shiquan Zheng, Jiale Ke, Hanren Chen, Huaze Shao, Fengxin Zheng, Runhui Zhang, Zean Zhao, Jianxin Pang, Lihong Liu
PMID41631245
发布时间2026-01
DOI10.1016/j.jpha.2025.101345

实验完整度

包含体外传感器构建与优化、细胞水平URAT1抑制活性验证、与14C金标准方法对比、体内动物模型验证及分子对接分析等多个独立证据层级。

主要模型

hURAT1-HEK293细胞 HEK293细胞 小鼠肾小管上皮细胞(mTECs) 高尿酸血症小鼠模型

重点核对

检测体系:ASA–Exo III-DW,包含三种适体(Apt1-3)及Exo III浓度(0.5 U/mL)、反应时间(40 min)等 细胞模型:hURAT1-HEK293细胞和HEK293细胞,用于URAT1抑制活性评估 药物处理:lesinurad(1-20 μM)和benzbromarone(0.1-10 μM)处理 UA摄取实验:50 μM UA摄取,0.1 M NaOH裂解细胞 体内实验:KM小鼠,钾氧嗪酸诱导高尿酸血症,山奈酚5和10 mg/kg给药

摘要

缺乏基于细胞的筛选方法限制了降尿酸药物的开发。本研究开发了一种结合适体传感器阵列(ASA)、核酸外切酶III(Exo III)驱动的3D DNA步行器(DW)和线性判别分析(LDA)的新方法,用于检测细胞裂解液中的尿酸(UA),称为ASA–Exo III-DW–LDA。利用三种对UA及其结构类似物黄嘌呤(Xan)具有不同亲和力的适体(Apts)设计了ASA。ASA与Exo III-DW的结合实现了皮摩尔水平的UA检测,而LDA则用于从UA和Xan的混合信号中区分UA信号。重要的是,Pearson相关分析显示,我们的方法与14C放射性标记法在检测尿酸盐阴离子交换器1(URAT1)抑制剂方面具有很强的相关性,lesinurad的r = 0.9880,苯溴马隆的r = 0.9777。使用我们的方法,山奈酚被鉴定为有前景的URAT1抑制候选化合物,因为它具有较低的半抑制浓度(IC50)(18.96 μM),对小鼠肾小管上皮细胞(mTECs)的毒性低,并且在5 mg/kg剂量下对高尿酸血症小鼠具有显著的降尿酸作用。总之,该方法灵敏、经济、安全,为标准实验室常规降尿酸药物筛选提供了一种新策略。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
如何开发一种基于细胞的、灵敏且安全的降尿酸药物筛选方法,以替代放射性标记法并用于检测细胞裂解液中的尿酸?
核心机制
该方法通过适体识别UA,触发Exo III驱动的DNA步行器信号放大,结合LDA区分UA与结构类似物Xan,从而实现对细胞裂解液中UA的定量检测,并用于评估URAT1抑制剂的活性。
主要证据
在hURAT1-HEK293细胞中,该方法检测到的UA水平与14C放射性标记法高度相关(lesinurad r=0.9880,benzbromarone r=0.9777);山奈酚对URAT1的IC50为18.69 μM,且在高尿酸血症小鼠中5 mg/kg剂量下显著降低血清尿酸水平。
研究意义
该方法灵敏度高、成本低、安全,适用于标准实验室常规降尿酸药物筛选,具有广阔的市场前景。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

AuNPs和FAM-Sub@AuNPs的合成与表征

验证DNA功能化金纳米颗粒的成功制备,为DNA步行器提供轨道单元。

采用传统柠檬酸钠还原法合成13 nm AuNPs,并通过polyA冷冻标记法制备FAM-Sub@AuNPs;使用光谱、动态光散射、zeta电位和TEM表征。

2

方法优化

确定最佳实验条件以实现高灵敏度检测。

优化polyA长度、polyA与AuNPs摩尔比、FAM-Sub@AuNPs浓度、Exo III浓度和切割时间。

3

传感器阵列性能验证

验证传感器阵列的重复性、稳定性和特异性。

对30 pM UA进行重复检测,评估日内和日间变异;检测UA、Xan及干扰物质的荧光响应。

4

LDA区分UA和Xan的可行性验证

验证通过LDA能否从UA和Xan的混合信号中区分并定量UA。

使用不同浓度的UA和Xan(30-1800 pM)及不同摩尔比的混合物,通过LDA生成二维得分图。

5

构建定量模型并验证准确性

建立UA定量模型并验证其预测准确性。

扩展训练数据集,包含6种总浓度和7种比率,绘制LDA得分图;使用9个测试样本进行回收率实验。

6

体外URAT1抑制剂筛选

验证该方法用于体外筛选URAT1抑制剂的可行性。

用已知抑制剂lesinurad和benzbromarone处理hURAT1-HEK293细胞,检测细胞裂解液中UA水平,计算IC50并与14C方法比较。

7

方法应用性评估

评估该方法对大量化合物筛选的适用性,并验证山奈酚的URAT1抑制活性。

筛选17种植物化合物及阳性对照,评估URAT1抑制效果;对山奈酚进行浓度反应曲线分析。

8

山奈酚安全性评估

评估山奈酚对mTECs的毒性。

将mTECs与山奈酚、lesinurad和benzbromarone孵育48小时,通过CCK8测定细胞活力。

9

体内降尿酸效果验证

验证山奈酚在高尿酸血症小鼠中的降尿酸效果。

使用KM小鼠,通过钾氧嗪酸诱导高尿酸血症,给予不同剂量的山奈酚,检测血清尿酸水平。

10

分子对接分析

分析山奈酚与URAT1的相互作用模式。

使用分子对接软件预测山奈酚与URAT1结合构象,分析氢键和疏水相互作用。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
所有寡核苷酸Sangon Biotech Co., Ltd.--
四氯金酸Sinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.--
柠檬酸钠Sinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.--
尿酸Aladdin Co., Ltd.--
黄嘌呤Aladdin Co., Ltd.--
苯溴马隆Aladdin Co., Ltd.--
雷西纳德TargetMol Company--
核酸外切酶IIITakara Biotechnology Co., Ltd.--
氯化钠Macklin Biochemical Co., Ltd.--
氯化镁Macklin Biochemical Co., Ltd.--
14C-尿酸American Radiolabeled Chemicals, Inc.--
DMEM培养基ProCell Co., Ltd.--
胎牛血清Gibco Company--
CCK-8试剂盒Beyotime Biotechnology Co., Ltd.C0038
氧嗪酸钾Solarbio Biotech Co., Ltd.--
Milli-Q超纯水系统Millipore--
Zetasizer Nano ZS粒度仪Malvern--
Nanodrop 2000分光光度计Thermo Fisher Scientific--
透射电子显微镜Hitachi--
SPARK®多功能酶标仪Tecan--
TGL-16 G离心机Feige--
液体闪烁计数器PerkinElmer--
生化分析仪(BS-330E)Mindray--
人血清白蛋白Sichuan Weiqi Biological Technology Co., Ltd.--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
传感器构建
AuNPs粒径(13 nm)、polyA长度(20 nt)、polyA与AuNPs摩尔比(200:1)、FAM-Sub@AuNPs浓度(0.25 nM)、Exo III浓度(0.5 U/mL)、反应时间(40 min)
阅读提示:见2.3节和3.3节及图S3-S8
细胞培养
细胞系(hURAT1-HEK293、HEK293)、培养条件(DMEM、胎牛血清)、细胞数量(约10000 cells/孔)
阅读提示:见2.1节和3.8节
药物处理
药物浓度(lesinurad 1-20 μM,benzbromarone 0.1-10 μM)、孵育时间(文中未明确说明)、UA浓度(50 μM)
阅读提示:见3.8节及图3G和H
细胞裂解与UA检测
裂解液体积(约200 μL)、裂解方法(0.1 M NaOH)、检测体系(ASA–Exo III-DW–LDA)、荧光测量(激发470 nm,发射520 nm)
阅读提示:见2.4节和3.8节
体内实验
动物品系(KM小鼠)、高尿酸血症诱导方法(钾氧嗪酸)、给药剂量(5和10 mg/kg)、给药方式(文中未明确说明)、血清UA测定方法(生化分析仪)
阅读提示:见2.1节和3.9节及图4D和E