建立膀胱癌小鼠模型并分离原发和转移细胞
鉴定与膀胱癌转移相关的差异表达基因,特别是PGC-1α。
将GFP标记的T24细胞原位注射至裸鼠膀胱,建立原位和转移模型;通过流式分选获得PBCCs和MBCCs,进行转录组测序。
Nanoparticle-mediated targeting of PGC-1α reveals critical metabolic pathways in bladder cancer metastasis.
研究包含体外细胞实验、动物模型、转录组、蛋白质组和代谢组等多层级证据,并进行了功能验证和机制验证。
T24人膀胱癌细胞系 MBCCs(转移性膀胱癌细胞) 原位膀胱癌小鼠模型 肺转移裸鼠模型
si-PGC-1α LNP的摄取效率约75.5%,浓度200 nM,孵育3小时 T24细胞培养条件:RPMI-1640培养基,10% FBS,37°C,5% CO2 体内实验中si-PGC-1α LNP的给药途径(原位模型膀胱内注射500 μL,每周一次共5周;肺转移模型尾静脉注射,每7天一次共5次),每组6只小鼠 代谢组学分析中每组4个样本,细胞与si-PGC-1α LNP共孵育8小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与膀胱癌转移相关的差异表达基因,特别是PGC-1α。
将GFP标记的T24细胞原位注射至裸鼠膀胱,建立原位和转移模型;通过流式分选获得PBCCs和MBCCs,进行转录组测序。
验证PGC-1α在转移细胞中的高表达及其与线粒体数量和呼吸功能的关系。
通过免疫染色、Western blot检测PGC-1α表达;测量线粒体DNA含量、ATP水平和耗氧率。
制备高效的siRNA递送系统并评估其物理性质和细胞摄取。
采用乙醇注入法和透析制备LNP;通过动态光散射测量粒径和zeta电位;用荧光显微镜和流式细胞术检测T24细胞摄取效率。
确定PGC-1α沉默对线粒体形态、功能及细胞代谢的影响。
检测PGC-1α蛋白水平、线粒体DNA含量、ATP水平;用电子显微镜观察线粒体形态;进行线粒体应激测试(OCR测量);通过代谢组学分析代谢物变化。
评估PGC-1α介导的线粒体功能和能量代谢对癌细胞侵袭性的影响。
通过划痕愈合实验、Transwell侵袭实验和胶原收缩实验检测T24细胞的迁移、侵袭和收缩能力。
鉴定si-PGC-1α LNP处理后差异表达的线粒体相关蛋白及其相互作用网络。
对LNP和si-PGC-1α LNP处理的T24细胞进行TMT标记定量蛋白质组学;进行GO/KEGG富集分析和PPI网络分析。
确定PGC-1α是否通过相互作用影响mRNA核输出。
分离核质RNA进行qRT-PCR;使用Cy3-dT FISH检测poly-A RNA分布;进行RIP、PLA和Co-IP实验验证PGC-1α与NXF1相互作用。
评估LNP递送系统在体内的分布、靶向性和对转移的抑制作用。
在皮下和原位肿瘤模型中通过尾静脉或膀胱内注射si-PGC-1α LNP,使用活体成像检测分布;测量原位肿瘤体积/重量和肺转移结节数量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Thermo Fisher | 11875093 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher | 15140122 | |
| T24细胞系 | Chinese Microbial Culture Collection | Bio-73168 | |
| LNP制备 | DLin-KC2-DMA | Shanghai Yuan Ye Biotech | S87825 |
| 二硬脂酰磷脂酰胆碱 | Shanghai Yuan Ye Biotech | S50960 | |
| 胆固醇 | Shanghai Yuan Ye Biotech | A10076 | |
| PEG-DMG | Shanghai Yuan Ye Biotech | S22698 | |
| 柠檬酸 | Aladdin | C434173-100g | |
| 氯化钠 | Aladdin | S433750-100g | |
| 磷酸氢二钠 | Aladdin | S118442-500g | |
| 磷酸二氢钾 | Aladdin | P113042-500g | |
| 0.05 μm孔径膜 | Membrane Solutions | FPB005A12 | |
| 0.22 μm过滤器 | Beyotime | FF372-10pcs | |
| LNP表征 | 马尔文Zetasizer NanoZS | Malvern | -- |
| JEOL 100CX II透射电镜 | JEOL | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012S | |
| PVDF膜 | Beyotime | FFP24 | |
| 抗PGC-1α抗体 | Beyotime | AF7736 | |
| 抗NRF1抗体 | Jiangsu Procell Biological Technology | AF5298 | |
| 抗TFAM抗体 | Jiangsu Procell Biological Technology | AF0531 | |
| 抗COX5A抗体 | Jiangsu Procell Biological Technology | DF3561 | |
| 抗COX10抗体 | Jiangsu Procell Biological Technology | DF8524 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Jiangsu Procell Biological Technology | AF7018 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG二抗 | Boster | BA1054 | |
| ECL反应液 | Boster | AR1172 | |
| ATP检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026 |
| TEM | Sorenson缓冲液 | Meiji Biological | MG5510 |
| 鞣酸 | Ruifeng | 1401-55-4 | |
| Embed-812树脂 | Hyde Enterprise | 14120 | |
| 醋酸铀酰 | Ruifeng | 71767-12-9 | |
| 柠檬酸铅 | Shanghai Guchen Biological | 512-26-5 | |
| OCR测量 | 寡霉素 | Mochaon Biotech | MZ8002-1MG |
| FCCP | Mochaon Biotech | MX3259-100UL | |
| 鱼藤酮 | Mochaon Biotech | MX7451-1G | |
| Atpenin A5 | MedChemExpress | HY-126653 | |
| 结晶紫 | Solarbio | G1064 | |
| 乙酸 | Aladdin | A298827-500ml | |
| 苹果酸 | Aladdin | M433327-100g | |
| 谷氨酸 | Aladdin | G103978-25g | |
| ADP | Yeasen | 60604ES03 | |
| 琥珀酸 | Aladdin | S431423-250g | |
| 代谢组学 | Waters ACQUITY UPLC HSS T3 C18色谱柱 | Waters | -- |
| Triple TOF-6600质谱仪 | AB Sciex | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Thermo Fisher | 16096020 |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR047A | |
| Fast SYBR Green PCR试剂盒 | Takara | RR820A | |
| FISH | Cy3标记寡聚(dT)探针 | Genelink | 26-4320-02 |
| Hoechst染料 | Aladdin | H412416-5mg | |
| RIP | 抗PGC-1α抗体 | Novus Biologicals | NBP1-04676 |
| PureZOL | Bio-Rad | 7326880 | |
| Co-IP | NP-40裂解液 | Beyotime | P0013F |
| 抗Flag磁珠 | Beyotime | P2181S | |
| 抗Myc磁珠 | Beyotime | P2183S | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Vitens Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | T24细胞系来源、培养基组成(RPMI-1640 + 10% FBS + 100 U/mL青霉素 + 100 mg/mL链霉素)、培养条件(37°C, 5% CO2)、si-PGC-1α LNP处理浓度(200 nM)和孵育时间(3小时或8小时) 阅读提示:见Methods中的‘Cell culturing’和‘Analysis of si-PGC-1α LNP uptake rate’ |
| LNP制备与表征 | 脂质成分及摩尔比(DLin-KC2-DMA:DSPC:cholesterol:PEG-DMG = 50:10:38.5:1.5)、乙醇注射和透析步骤、粒径(79.91±0.35 nm)和zeta电位(38 mV)测量方法 阅读提示:见Methods中的‘Preparation and characterization of si-PGC-1α lipid nanoparticle (LNP)’ |
| 线粒体功能检测 | mtDNA含量测量方法(mtCO1 vs beta-globin)、ATP含量测定试剂盒、OCR测量条件(Oligomycin、FCCP、Rotenone、Atpenin A5浓度) 阅读提示:见Methods中的‘Measurement of mitochondrial DNA content’、‘Measurement of adenosine triphosphate (ATP) content’和‘Determination of cellular oxygen consumption rate (OCR)’ |
| 代谢组学分析 | 样本制备(每组4个重复、孵育8小时)、LC-MS条件(色谱柱、流动相、梯度)、数据分析和统计方法(PCA、PLS-DA等) 阅读提示:见Methods中的‘Metabolome analysis’ |
| mRNA核质转运分析 | 核质分离方法(低渗裂解和差速离心)、qRT-PCR检测基因(NRF1、TFAM、COX10、COX5A、CAT)、FISH探针(Cy3-dT)、RIP交联条件(UV 0.3 J/cm² 或 1%甲醛) 阅读提示:见Methods中的‘Separation of nucleus and cytoplasm’、‘RT-qPCR’、‘FISH using Poly-dT’和‘RIP experiment’ |
| 体内实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠)、年龄(8周)和体重(24±3克);原位模型细胞数(1×10^6)、给药途径(膀胱内)、剂量(500 μL)、频率(每周一次,共5周);肺转移模型细胞数(5×10^6)、尾静脉注射、治疗频率(每7天一次,共5次);每组动物数(原位模型n=6,肺转移模型n=6) 阅读提示:见Methods中的‘In vivo antitumor activity in an orthotopic bladder cancer model’和‘In vivo anti-tumor activity in a lung metastasis model’ |