人体样本采集与细菌检测
确认病理性瘢痕组织中存在细菌定植。
收集58例病理性瘢痕和23例正常皮肤样本,采用16S rRNA RT-qPCR定量细菌载量,16S rRNA FISH、免疫组化和免疫电镜检测细菌分布和定位。
Bacterial colonization contributes to pathological scar formation via the regulation of inflammatory response.
包含人体样本(瘢痕与正常皮肤)、16S测序、组织学、免疫电镜、细胞实验(THP-1和成纤维细胞共培养)及大鼠模型等多层级验证,并涉及机制研究(TGF-β/Smad通路)。
THP-1细胞 人皮肤成纤维细胞 SD大鼠细菌定植模型 人病理性瘢痕组织样本
样本来源:58例病理性瘢痕和23例正常皮肤,采集于2021年1月至12月 细菌检测方法:16S rRNA RT-qPCR、16S rRNA FISH、免疫组化(LPS/LTA) 细菌裂解液浓度:50 µg/mL用于THP-1细胞处理 动物模型:SD大鼠(200-250g,雄性),细菌注射量OD600=0.6,3ml/只 细胞共培养条件:THP-1细胞用100 ng/ml PMA处理48小时,24小时细菌裂解液处理,然后与成纤维细胞共培养48小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认病理性瘢痕组织中存在细菌定植。
收集58例病理性瘢痕和23例正常皮肤样本,采用16S rRNA RT-qPCR定量细菌载量,16S rRNA FISH、免疫组化和免疫电镜检测细菌分布和定位。
分析瘢痕组织中的细菌组成和多样性,并评估其与临床特征的相关性。
对细菌DNA进行5R 16S测序,使用PICRUSt2和BugBase预测功能通路和表型。
验证不同细菌在体内和体外对炎症因子表达的促进作用。
将四种细菌(P. acnes, P. aeruginosa, K. pneumoniae, S. aureus)注射到大鼠背部皮肤,检测不同时间点皮肤组织中IL-1和IL-6水平;同时将细菌裂解液加入大鼠成纤维细胞培养基,检测上清中IL-1和IL-6水平。
探究细菌裂解液通过巨噬细胞调节成纤维细胞功能的机制。
用四种细菌裂解液(50 µg/mL)处理THP-1细胞24小时,收集上清后与成纤维细胞共培养,检测成纤维细胞增殖、迁移、α-SMA表达和Col I/Col III比例。
验证细菌定植在体内促进瘢痕形成及相关信号通路激活。
向SD大鼠背部皮内注射四种细菌,观察28天,通过组织学染色、免疫组化和Western blot检测α-SMA、TGF-β1、TNF-α、Smad3等表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细菌DNA提取 | HiPure组织DNA小提试剂盒 | Magen | D3121-02 |
| RT-qPCR | SYBR Green预混液 | Thermo Scientific | 4472908 |
| 罗氏LightCycler96实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 组织学染色 | Mayer苏木素 | Beyotime | C0105S |
| 伊红 | Beyotime | C0105S | |
| Masson三色染色液 | Servicebio | G1006 | |
| 改良Van Gieson丽春红染色试剂盒 | Servicebio | G1046 | |
| 免疫组织化学 | DAB过氧化物酶底物试剂盒 | Vector Laboratories | -- |
| 尼康DS-U3自动切片扫描仪 | Nikon | DA-U3 | |
| 免疫电镜 | 抗LPS抗体(脂多糖核心,单克隆抗体WN1 222-5) | HycultBiotech | HM6011 |
| 10纳米金颗粒标记的山羊抗小鼠IgG | Sigma | G7777 | |
| 透射电子显微镜HT7800 | HITACHI | -- | |
| 16S rRNA FISH | 蛋白酶K | Servicebio | G1205 |
| 活菌标记 | HADA(蓝色荧光标记D-丙氨酸) | R&D Systems | -- |
| DRAQ5 | Abcam | ab108410 | |
| Pannoramic MIDI自动切片扫描仪 | 3D HISTECH | -- | |
| 微生物培养 | Luria肉汤(LB)培养基 | Aobox | 02-136 |
| 细胞培养 | THP-1专用培养基 | Procell | CM-0233 |
| DMEM完全培养基 | Procell | PM150210 | |
| Transwell小室(0.4微米孔径) | CORNING | -- | |
| PMA(佛波醇12-十四酸酯13-醋酸酯) | BioGems | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | -- |
| Western blot | 增强化学发光底物 | Millipore | -- |
| 细胞毒性检测 | CCK-8试剂盒 | Topscience | -- |
| ELISA | 人IL-1 ELISA试剂盒 | Mlbio | ml058034 |
| 人IL-6 ELISA试剂盒 | Mlbio | ml058097 | |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | Mlbio | ml077385 | |
| 人TGF-β1 ELISA试剂盒 | Mlbio | ml022522-2 | |
| 大鼠IL-1 ELISA试剂盒 | Sinobestbio | YX-091201R | |
| 大鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Sinobestbio | YX-091209R |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与质量控制 | 样本类型(病理性瘢痕 vs 正常皮肤)、样本量(58 vs 23)、排除标准(慢性疾病、慢性伤口、治疗史等) 阅读提示:Methods: Patients and sample collection |
| 细菌检测与定量 | RT-qPCR使用DNA量(40ng)、扩增区域(V6)、标准菌(Pseudomonas aeruginosa)、重复次数(3次) 阅读提示:Methods: Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) |
| 微生物组测序分析 | 测序方法(5R 16S)、数据过滤(空气样本和生理盐水对照)、生物信息学分析工具(PICRUSt2、BugBase) 阅读提示:Methods: Bacteria DNA extraction, 16S amplification and deep sequencing; Results: Microbiome analysis |
| 体内细菌刺激实验 | 大鼠品系及体重(SD大鼠200-250g)、细菌种类及OD600(0.6)、注射体积(3ml)、观察时间点(0,7,14,28天) 阅读提示:Methods: Establishment of the bacterial colonization model; Figure 4 legend |
| 细胞共培养实验 | 细胞类型(THP-1、人皮肤原代成纤维细胞)、PMA浓度(100ng/ml)及处理时间(48h)、细菌裂解液浓度(50µg/ml)及处理时间(24h)、共培养时间(48h) 阅读提示:Methods: Cell culture; Figure 5A legend |