WIPF1表达特征分析
验证WIPF1在EVT中的特异性表达
利用单细胞RNA-seq数据,通过DESC方法分析WIPF1在不同滋养细胞谱系中的表达;采用qRT-PCR、Western blot和免疫荧光检测原代CTB/EVT和胎盘组织中的表达;诱导hTSC分化为EVT,检测WIPF1表达变化。
Unraveling the role of the WIPF1/ACTN4 complex in podosome formation of human placental EVTs: Insights into recurrent spontaneous abortion.
包含体内模型(RSA小鼠模型、人类临床样本)和体外模型(原代EVT、hTSC分化、细胞系),以及功能验证(侵袭、迁移)和机制验证(Co-IP、突变体、肌动蛋白聚合等)多层证据。
HTR-8/SVneo细胞 JEG-3细胞 人原代滋养细胞(CTB和EVT) hTSC来源EVT CBA/J × DBA/2小鼠RSA模型
WIPF1在EVT中的特异性表达,通过单细胞RNA-seq和免疫荧光验证 WIPF1敲低或过表达对细胞侵袭和迁移的影响(Transwell实验、划痕实验) WIPF1与ACTN4的相互作用,通过Co-IP和分子对接预测关键氨基酸位点(ARG33、ARG54、LYS47) WIPF1/ACTN4双敲低对肌动蛋白聚合和基质降解的影响 RSA患者和RSA小鼠模型中WIPF1的表达水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证WIPF1在EVT中的特异性表达
利用单细胞RNA-seq数据,通过DESC方法分析WIPF1在不同滋养细胞谱系中的表达;采用qRT-PCR、Western blot和免疫荧光检测原代CTB/EVT和胎盘组织中的表达;诱导hTSC分化为EVT,检测WIPF1表达变化。
评估WIPF1对EVT迁移、侵袭和分化的影响
在HTR-8/SVneo和JEG-3细胞中敲低或过表达WIPF1,通过Transwell和划痕实验检测侵袭和迁移;在hTSC来源EVT中敲低WIPF1检测分化标志物;在人绒毛外植体中转染质粒检测生长。
验证WIPF1与ACTN4的相互作用及其对足体形成和基质降解的影响
通过Co-IP和免疫荧光确定WIPF1与ACTN4共定位;进行单/双敲低肌动蛋白聚合实验和明胶降解实验;分子对接预测结合位点,点突变验证关键氨基酸。
评估WIPF1在RSA中的表达变化
检测RSA小鼠模型(CBA/J × DBA/2)和正常人/患者胎盘绒毛组织中的WIPF1表达,通过免疫组化、qRT-PCR、Western blot和免疫荧光检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞消化 | 胰蛋白酶 | Beyotime | -- |
| 细胞分离 | Percoll分离液 | Cytiva | -- |
| 细胞消化 | TrypLE消化液 | Thermo Fisher | -- |
| 细胞分离 | Lymphoprep分离液 | Axis-Shield | -- |
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Life Technologies | -- | |
| MEM培养基 | Life Technologies | -- | |
| 胎牛血清 | Lonsera | -- | |
| iMatrix-511基质胶 | Wako | 385-07361 | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime | C0222 | |
| β-巯基乙醇 | Gibco | 21985-023 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | A9418 | |
| ITS-X补充剂 | Gibco | 51500056 | |
| L-抗坏血酸 | Sigma | A5960 | |
| A83-01 | MCE | HY-10432A | |
| CHIR99021 | Selleck | S1263 | |
| SB431542 | MCE | HY-10431 | |
| 表皮生长因子 | PeproTech | AF-100-15 | |
| Y27632 | Selleck | S1049 | |
| 丙戊酸 | Sigma | P4543 | |
| 细胞分化 | IV型胶原蛋白 | Sigma | C5533 |
| 神经调节蛋白1 | Novusbio | NBP2-35099 | |
| 敲除血清替代物 | Thermo Fisher | 10828028 | |
| 基质胶 | CORNING | 356234 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | -- |
| 免疫磁珠分选 | EasySep PE分选试剂盒 | STEMCELL | 17664 |
| PE标记的抗ITGA6抗体 | -- | -- | |
| 慢病毒包装 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 24765 |
| 克隆构建 | ClonExpress II一步克隆试剂盒 | Vazyme | -- |
| RNA提取 | RNAiso Plus试剂 | Takara | -- |
| RT-PCR | PrimeScript RT Master Mix | Takara | -- |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| 免疫印迹 | SDS上样缓冲液 | Beyotime | -- |
| 免疫荧光 | Hoechst染料 | Thermo Fisher | -- |
| 鬼笔环肽-TRITC | Yeasen | -- | |
| 免疫组化 | DAB显色剂 | -- | -- |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Bimake | -- |
| 二硫苏糖醇 | Beyotime | -- | |
| HulaMixer样品混合器 | Life Technologies | -- | |
| 质谱分析 | Easy nLC1200/Q Exactive系统 | Thermo Fisher | -- |
| 肌动蛋白聚合实验 | 肌动蛋白聚合检测试剂盒 | Cytoskeleton | BK003 |
| 芘标记肌动蛋白 | -- | -- | |
| Infinite 200 PRO酶标仪 | Tecan | -- | |
| 基质降解实验 | Oregon Green 488标记明胶 | Invitrogen | -- |
| 明胶 | Solarbio | -- | |
| 分子对接 | HDOCK | -- | -- |
| PyMOL | -- | -- | |
| 定点突变 | QuickMutation基因定点突变试剂盒 | Beyotime | D0206S |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7.0软件 | GraphPad | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | NIH | -- |
| 显微成像 | Nikon C2共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
| Olympus正置显微镜 | Olympus | DP73 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人胎盘组织采集 | 孕早期(6-8周)胎盘绒毛组织,正常妊娠组和RSA组各10例,年龄18-35岁 阅读提示:Materials and Methods中的Informed consent and human sample collection |
| 细胞分离培养 | CTB和EVT分离方法,Percoll梯度,Lymphoprep密度梯度,培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods中的CTB and EVT isolation and culture |
| hTSC培养与EVT分化 | iMatrix-511包被浓度,培养基成分(EGF、CHIR99021等),分化培养基成分(NRG1、A83-01等),分化时间3天 阅读提示:Materials and Methods中的Culture of hTSCs和Differentiation of hTSCs into EVTs |
| 基因操作 | shRNA靶序列,慢病毒包装,嘌呤霉素筛选浓度等 阅读提示:Materials and Methods中的Lentiviral constructions |
| 功能实验 | Transwell实验的细胞数和时间,划痕实验时间,外植体培养条件 阅读提示:Materials and Methods中的Transwell invasion assay、Scratch assay和Human placental villous explant culture |