体内血管形态观察
评估Tp0136蛋白对梅毒兔皮肤病变中血管内皮细胞形态和细胞间连接的影响
在梅毒兔模型皮肤病变中,于感染后第18天(溃疡高峰期)接种Tp0136重组蛋白(记为Tp0136-day 0),每三天接种一次,PBS为对照。在第36天(Tp0136-day 18)和第42天(Tp0136-day 24)收集病变,用扫描电镜观察血管内皮细胞形态和细胞间连接。
Treponema pallidum Protein Tp0136 Induces Spheroidization of Vascular Endothelial Cells, Resulting in Widened Intercellular Junctions and Enhanced Vascular Permeability.
研究包含体内兔梅毒模型、体外3D微流体血管模型、高通量RNA-seq、shRNA敲低、剪接抑制剂处理、RIP、qPCR、Western blot和免疫荧光等多层级验证。
HMEC-1细胞系 梅毒兔皮肤病变模型 3D微流体血管生成系统
兔梅毒模型中Tp0136蛋白接种剂量为10 μg,每3天接种一次,对照为PBS HMEC-1细胞在3D微流体系统中培养4天形成稳定单层后,用Tp0136蛋白处理6小时 CSRP1敲低使用CSRP1特异性shRNA,嘌呤霉素筛选4天 剪接抑制剂SSA使用浓度为100 ng/mL,处理6小时 血管通透性使用150 kDa TRITC-葡聚糖检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估Tp0136蛋白对梅毒兔皮肤病变中血管内皮细胞形态和细胞间连接的影响
在梅毒兔模型皮肤病变中,于感染后第18天(溃疡高峰期)接种Tp0136重组蛋白(记为Tp0136-day 0),每三天接种一次,PBS为对照。在第36天(Tp0136-day 18)和第42天(Tp0136-day 24)收集病变,用扫描电镜观察血管内皮细胞形态和细胞间连接。
在体外模拟血管结构中评估Tp0136对HMEC-1细胞形态、排列和血管通透性的影响
HMEC-1细胞接种于3D微流体血管系统,培养4天形成稳定单层后,用不同浓度Tp0136蛋白(0、5、10 μg)处理6小时,PBS为对照。通过共聚焦显微镜观察细胞覆盖率、细胞厚度、细胞宽度和细胞间间隙,并用TRITC-葡聚糖检测通透性。
鉴定Tp0136处理后差异表达的基因和相关信号通路
HMEC-1细胞用10 μg Tp0136蛋白或PBS处理6小时,提取RNA进行高通量转录组测序。分析差异表达基因(P<0.001)并进行GO富集分析,重点关注RNA结合蛋白和细胞形态维持相关基因。
从差异表达的RNA结合蛋白中筛选与细胞形态维持相关的关键分子
基于RNA-seq数据,筛选出146个差异表达RBPs(P<0.001,fold change≥1.5),其中9个与细胞形态维持相关。通过qPCR验证表达变化,CSRP1上调最显著(fold change=2.27),并通过Western blot确认蛋白水平随时间增加。
验证CSRP1在Tp0136诱导的细胞形态改变和通透性增加中的功能必要性
使用CSRP1特异性shRNA构建sh-CSRP1 HMEC-1细胞系,对照为sh-Ctl。在3D微流体系统中,用Tp0136蛋白处理4天(PBS对照),通过鬼笔环肽染色观察细胞形态,并检测细胞覆盖率和通透性。
鉴定受CSRP1调控的可变剪接事件,并确定参与细胞形态调控的靶基因
从RNA-seq数据中分析外显子跳跃事件,获得881个CSRP1富集的基因。结合差异表达基因,192个基因下调且与细胞骨架相关,经GO和Sankey分析,MYO10被确定为关键靶点。RNA-蛋白免疫沉淀(RIP)验证CSRP1蛋白与MYO10 mRNA结合,MISO分析确定剪接位点为外显子19。
验证Tp0136通过CSRP1调节MYO10外显子19的剪接,并影响MYO10蛋白表达
通过RT-PCR检测MYO10外显子19的剪接变异体比例,随着Tp0136处理时间延长,包含外显子19的变异体比例从接近100%下降至50%,跳过的变异体比例上升。Western blot检测MYO10蛋白水平随时间下降。在sh-CSRP1细胞中,MYO10剪接和表达恢复。
验证抑制MYO10剪接能否逆转Tp0136诱导的表型变化
在HMEC-1细胞中,使用剪接抑制剂SSA(100 ng/mL)处理6小时,观察MYO10剪接、蛋白表达、细胞形态和通透性。SSA处理抑制了Tp0136诱导的MYO10外显子19跳跃,细胞形态和通透性恢复到对照水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 重组蛋白制备 | pEXP-5-CT-TOPO载体 | -- | -- |
| 大肠杆菌BL21 | -- | -- | |
| 异丙基-B-D-硫代半乳糖苷 | -- | -- | |
| 溶菌酶 | Solarbio | -- | |
| 尿素 | -- | -- | |
| Tris-HCl | -- | -- | |
| 鲎试剂 | Bioendo | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Takara Bio, Inc. | -- | |
| 电镜样本制备 | 硫代卡巴肼 | -- | -- |
| 醋酸铀 | -- | -- | |
| Walton氏天冬氨酸铅 | -- | -- | |
| 环氧丙烷 | -- | -- | |
| Durcupan树脂 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞培养 | HMEC-1细胞专用培养基 | Procell Life Science & Technology | -- |
| 表达靶向人CSRP1 shRNA的慢病毒 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 剪接抑制素A | -- | HY-16466 | |
| 免疫细胞化学 | 胎牛血清 | -- | -- |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| MYO10一抗 | Santa Cruz | -- | |
| Alexa Fluor 488标记二抗 | Thermo Fisher | -- | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | -- | |
| 3D微流体血管生成系统 | TRITC-葡聚糖 | Sigma-Aldrich | -- |
| 鬼笔环肽-iFluor 555试剂 | Abcam | -- | |
| 含DAPI的抗荧光淬灭封片液 | Beyotime | -- | |
| LSM780共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 细胞计数 | 含0.05% EDTA的胰酶 | -- | -- |
| CD31-FITC | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- |
| RNA-seq数据分析 | FastQC | -- | -- |
| STAR软件 | -- | -- | |
| RStudio | -- | -- | |
| 可变剪接分析 | TopHat | -- | -- |
| rMATS | -- | -- | |
| Western blot | 凝胶记录系统 | Bio-Rad | -- |
| iBright CL750成像系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA-蛋白免疫沉淀 | RIP裂解缓冲液 | Merck Millipore | -- |
| 蛋白A/G磁珠 | -- | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0 | GraphPad Software | -- |
| 数据分析 | DAVID数据库 | -- | -- |
| RPISeq数据库 | -- | -- | |
| Panther | -- | -- | |
| Enrichr | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内兔梅毒模型 | Tp0136蛋白接种剂量(10 μg)、接种频率(每三天)、感染时间(第18天开始)、取材时间(第36天、第42天) 阅读提示:见 Results 第2.1节和 Figure 1A |
| 3D微流体血管生成系统 | HMEC-1细胞接种密度(2×10^7 cells/mL)、培养时间(10天)、Tp0136处理浓度(0、5、10 μg)、处理时间(6小时) 阅读提示:见 Experimental Section 的“3D Microfluidic Angiogenesis System”部分 |
| CSRP1敲低实验 | shRNA序列、慢病毒感染滴度、嘌呤霉素筛选浓度和时间(4天) 阅读提示:见 Experimental Section 的“Cell Culture”部分 |
| 剪接抑制实验 | SSA浓度(100 ng/mL)、处理时间(6小时)、添加方式 阅读提示:见 Experimental Section 的“Cell Culture”部分和 Results 第2.4节 |
| RNA-seq和剪接分析 | Tp0136处理浓度(10 μg)、处理时间(6小时)、RNA提取方法、测序平台、数据分析参数(P<0.001, fold change≥1.5) 阅读提示:见 Experimental Section 的“RNA-Sequencing Data Analysis and Visualization”部分 |