建立脓毒症诱导ALI小鼠模型和体外细胞模型
模拟脓毒症诱导的急性肺损伤,评估TET2和5-hmC水平的变化。
对C57BL/6J小鼠进行CLP手术建立体内模型;用LPS(10 µg/mL)刺激HPMECs建立体外模型。
DNA dioxygenase TET2 deficiency aggravates sepsis-induced acute lung injury by targeting ITGA10 via the PI3K/AKT signaling pathway.
包含体内CLP小鼠模型、体外LPS刺激HPMECs、功能验证(增殖、迁移、凋亡、炎症)及机制验证(RNA-seq、KEGG、MSP、5-hmC qPCR、荧光素酶报告基因、拯救实验)等多层级证据。
CLP诱导的脓毒症ALI小鼠模型(C57BL/6J) LPS刺激的人肺微血管内皮细胞(HPMECs) LPS刺激的人脐静脉内皮细胞(HUVECs) HEK293T细胞
LPS刺激HPMECs浓度10 µg/mL,时间12h TET2 siRNA(150 pmol)转染,腺病毒过表达MOI 50 AAV6-shTet2尾静脉注射(2.5×10^12 V.G/只),4周后CLP CLP术后24h收集样本 RNA-seq差异基因筛选标准log2FC>1且调整p≤0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟脓毒症诱导的急性肺损伤,评估TET2和5-hmC水平的变化。
对C57BL/6J小鼠进行CLP手术建立体内模型;用LPS(10 µg/mL)刺激HPMECs建立体外模型。
验证TET2和5-hmC在ALI中的变化及其与凋亡的关系。
使用dot blot检测5-hmC水平,RT-qPCR和免疫印迹检测TET2表达,免疫荧光检测TET2定位,Spearman相关性分析5-hmC与凋亡的关系。
研究TET2对LPS诱导的HPMECs功能障碍(增殖、迁移、屏障功能、炎症、凋亡)的影响。
使用siRNA敲低TET2和腺病毒过表达TET2,然后进行CCK-8、EdU、划痕愈合、Transwell、VE-cadherin表达、RT-qPCR检测炎症因子、TUNEL和免疫印迹检测凋亡相关蛋白。
验证Tet2缺陷对脓毒症诱导ALI小鼠模型的影响。
通过AAV6-shTet2尾静脉注射敲低Tet2,4周后进行CLP手术,检测肺损伤指标(H&E、肺通透性、BALF、炎症因子、凋亡)。
筛选TET2调控的下游靶基因和信号通路。
对TET2 siRNA和NC siRNA处理的HPMECs进行RNA-seq,KEGG富集分析,确定PI3K-AKT通路,筛选ITGA7、ITGA10、ITGA11等候选基因。
证实TET2直接调控ITGA10表达。
通过RT-qPCR和免疫印迹验证ITGA10表达与TET2正相关;荧光素酶报告基因检测启动子活性;MSP和位点特异性5-hmC qPCR检测启动子甲基化和5-hmC水平。
证明TET2通过ITGA10激活PI3K-AKT信号通路。
在体内外模型中检测PI3K和AKT的磷酸化水平,并在TET2过表达细胞中敲低ITGA10,观察通路激活和细胞功能变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良 Eagle 培养基 | Procell | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Procell | -- | |
| 体外模型建立 | 脂多糖 | SigmaAldrich | -- |
| 细胞转染 | 小干扰RNA | GenePharma | -- |
| GP转染试剂 | GenePharma | -- | |
| 基因过表达 | 腺病毒构建体(AD-Admax-h-TET2-3xflag-EGFP) | -- | -- |
| 体内基因敲低 | Tet2 shRNA腺相关病毒6 | GenePharma | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Vazyme | R401-0 |
| RNA定量 | NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher | -- |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | ABclonal | RK20433 |
| RT-qPCR | SYBR Green快速qPCR预混液 | ABclonal | RK21203 |
| CFX96实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| DNA提取 | DNA提取试剂盒 | Foregene | DE-05011 |
| dot blot | Hybond-N+尼龙膜 | Servicebio | G6014 |
| Scientz03-II紫外交联仪 | -- | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010S |
| 免疫印迹 | ECL化学发光液 | Zenbio | 17047 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| EdU细胞增殖检测试剂盒(Alexa Fluor 488) | Beyotime | C0071S | |
| 细胞透化 | Triton X-100 | Beyotime | P0096 |
| 细胞核染色 | Hoechst33342染料 | Beyotime | C1027 |
| Transwell迁移实验 | Transwell小室(8 μm孔径) | Corning | -- |
| ELISA | IL-1β和IL-6 ELISA试剂盒 | ABclonal | -- |
| 凋亡检测 | 一步法TUNEL凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1088 |
| RNA-seq | Illumina Novaseq X Plus测序平台 | Illumina | -- |
| 荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| 甲基化检测 | EZ DNA甲基化试剂盒 | -- | -- |
| 5-hmC检测 | BisulPlus™位点5mC和5hmC检测PCR试剂盒 | EpiGentek | P1067 |
| 组织切片成像 | 显微镜 | Olympus | -- |
| 核染色 | DAPI染色液 | Beyotime | C1005 |
| 肺通透性检测 | 伊文思蓝染料 | Proteintech | CM05086 |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件 | -- | version |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞模型 | HPMECs细胞系来源(Sciencell, cat. no. 3000);LPS刺激浓度10 µg/mL,时间12h;细胞培养条件(10% FBS、89% DMEM、1% 青霉素/链霉素)。 阅读提示:材料与方法:细胞培养和转染;结果第2节 |
| TET2敲低和过表达 | siRNA浓度150 pmol;转染试剂GP-transfect-Mate;腺病毒过表达MOI 50;转染效率验证。 阅读提示:材料与方法:细胞培养和转染;补充图S1 |
| 体内动物模型 | 小鼠品系C57BL/6J(雄性,6-8周,18-22g);AAV6-shTet2尾静脉注射剂量2.5×10^12 V.G/只;CLP手术;术后24h收集样本。 阅读提示:材料与方法:小鼠模型体内研究;结果第4节 |
| RNA-seq分析 | HPMECs经TET2 siRNA或NC siRNA处理后LPS刺激24h;差异基因筛选标准log2FC>1且调整p≤0.05。 阅读提示:材料与方法:RNA-seq;结果第5节 |
| ITGA10验证 | 荧光素酶报告基因实验(HEK293T细胞,MOI 80);MSP和5-hmC qPCR引物序列;TET2过表达后检测ITGA10启动子甲基化和5-hmC水平。 阅读提示:材料与方法:荧光素酶活性检测、甲基化特异性PCR、位点特异性5-hmC qPCR;结果第5节 |
| PI3K-AKT通路检测 | 免疫印迹检测p-PI3K、p-AKT水平;体内外样本;TET2敲低或过表达后检测磷酸化水平变化。 阅读提示:材料与方法:免疫印迹;结果第5节 |