生物信息学筛选
鉴定TNBC中与自噬相关的差异表达基因及LncRNA-miRNA-mRNA调控轴。
利用TCGA转录组数据分析TNBC与正常组织差异表达基因(|log2FC|>1, p<0.05),与HADb自噬基因取交集,通过TargetScan和miRcode预测miRNA,筛选出ITPR1及LncRNA RMST-miR-4295-ITPR1轴。
The LncRNA RMST-miR-4295-ITPR1 axis: a key mechanism in regulating autophagy in triple-negative breast cancer cells.
包含细胞系体外实验(CCK-8、EdU、Transwell、划痕、流式、电镜、Western blot)及临床组织样本qRT-PCR验证,但缺乏动物模型和体内验证。
人乳腺癌细胞系MDA-MB-468 临床TNBC组织样本及癌旁组织
细胞系:MDA-MB-468(ITPR1表达最低) 过表达载体:pcDNA3.1-ITPR1和pcDNA3.1-LncRNA RMST miR-4295 mimics(50 nM)和inhibitor(100 nM)处理 si-LncRNA RMST-3用于敲低实验 重复次数:三次独立实验(n=3)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定TNBC中与自噬相关的差异表达基因及LncRNA-miRNA-mRNA调控轴。
利用TCGA转录组数据分析TNBC与正常组织差异表达基因(|log2FC|>1, p<0.05),与HADb自噬基因取交集,通过TargetScan和miRcode预测miRNA,筛选出ITPR1及LncRNA RMST-miR-4295-ITPR1轴。
验证ITPR1、LncRNA RMST和miR-4295在TNBC组织中的表达差异。
收集12例TNBC组织和12例癌旁组织,通过qRT-PCR检测ITPR1、LncRNA RMST和miR-4295的表达。
评估ITPR1在不同乳腺癌细胞系中的表达水平。
通过qRT-PCR检测MCF-10A及五种乳腺癌细胞系中ITPR1 mRNA表达,选择表达最低的MDA-MB-468进行后续实验。
验证ITPR1和LncRNA RMST的功能及调控关系。
在MDA-MB-468细胞中过表达ITPR1或LncRNA RMST,或敲低LncRNA RMST,使用qRT-PCR和Western blot检测表达变化。
评估LncRNA RMST-miR-4295-ITPR1轴对细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡和自噬的影响。
采用CCK-8、EdU、Transwell、划痕实验检测增殖和迁移;流式细胞术检测凋亡;透射电镜观察自噬体;Western blot检测自噬相关蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| cDNA合成 | HiScript IV第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R412-01 |
| qRT-PCR | SYBR Green qPCR预混液 | Labgic Technology | BL698A |
| 载体构建 | PCR扩增试剂盒 | Takara | R011 |
| BamHI限制性内切酶 | New England Biolabs | R0136V | |
| EcoRI限制性内切酶 | New England Biolabs | R0101V | |
| DNA回收 | Zymoclean DNA回收试剂盒 | Zymo Research | D4001T |
| 载体构建 | T4 DNA连接酶 | Thermo Fisher Scientific | EL0011 |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000001 |
| Opti-MEM I培养基 | -- | -- | |
| 基因敲低 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 13778100 |
| miRNA转染 | miR-4295模拟物 | MedChemExpress | HY-R00975 |
| miR-4295抑制剂 | MedChemExpress | HY-RI00975 | |
| miRNA转染试剂 | MedChemExpress | HY-K2017 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8溶液 | Yeasen Biotechnology | 40203ES60 |
| 酶标仪 (FlexA-200) | Allsheng Instruments | FlexA-200 | |
| EdU实验 | EdU(5-乙炔基-2'-脱氧尿苷) | -- | -- |
| Triton X-100 | Beyotime Biotechnology | P0096 | |
| Cell-Light™ EdU Apollo体外试剂盒 | Guangzhou RiboBio | C10310-1 | |
| Hoechst 33342染料 | -- | -- | |
| 荧光显微镜 (FM-400) | Shanghai Puda Optical Instruments | FM-400 | |
| Transwell实验 | Transwell小室(8 μm) | Beyotime Biotechnology | FTW010-6Ins |
| 基质胶 | Corning | 354262 | |
| 细胞划痕实验 | 倒置显微镜 (NIB900) | Ningbo Yongxin Optical | NIB900 |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC/PI试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology | CA1020 |
| 透射电镜 | Epon树脂 | HEDE BIOTECHNOLOGY | E8000 |
| 超薄切片机 (EM UC7) | Leica | EM UC7 | |
| 醋酸铀 | HEAD BIOTECHNOLOGY | SPI-02624 | |
| 柠檬酸铅 | Hubei Yongkuo Technology | 521-26-5 | |
| 透射电子显微镜 (Tecnai G2 F20) | Thermo Fisher Scientific | Tecnai G2 F20 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013C |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Proteintech | PK10026 | |
| PVDF膜 | Beyotime Biotechnology | FFP39 | |
| ECL底物 | Thermo Fisher Scientific | 34577 | |
| 化学发光成像系统 (SH-CUTE523) | Hangzhou Shenhua Technology | SH-CUTE523 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源及培养条件:MCF-10A用MEM/F12+5%马血清+EGF等;MDA-MB-468和MDA-MB-231用DMEM+10%FBS;BT-20用MEM+10%FBS;HCC1937和BT-549用RPMI-1640+10%FBS(BT-549另加胰岛素)。 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 细胞转染 | 转染试剂(Lipofectamine 3000)、siRNA序列(si-LncRNA RMST-3)、miR-4295 mimics浓度50nM和inhibitor浓度100nM、转染时间48小时。 阅读提示:Methods - Cell transfection, Gene knockdown, miRNA mimics and inhibitor transfection |
| 功能实验 | CCK-8检测时间点0、24、48小时;EdU浓度10μM,孵育2小时;Transwell孵育24小时;划痕实验0和48小时;流式凋亡检测方法。 阅读提示:Methods - CCK-8, EdU, Transwell, Cell healing, Flow cytometry |
| 自噬检测 | 透射电镜观察自噬体;Western blot检测P62、LC3 II/I、Beclin1、Bcl2蛋白水平。 阅读提示:Methods - Transmission electron microscopy, Western blot |