建立IIR和HR模型并观察损伤表现
验证IIR/HR是否诱导肠组织损伤、氧化应激和炎症反应。
使用小鼠IIR模型(夹闭肠系膜上动脉45分钟再灌注2小时)和HT-29细胞、小肠类器官HR模型(缺氧12小时复氧4小时),通过H&E染色、Chiu评分、TEM、氧化应激指标(MDA、乳酸)和炎症因子qPCR检测评估损伤。
TFAM Deficiency Triggers mtDNA Leakage and cGAS-STING-Mediated Intestinal Ischemia-Reperfusion Injury.
包含体内小鼠IIR模型、STING敲除小鼠、细胞HR模型、小肠类器官、外源mtDNA注射、mtDNA耗竭、TFAM过表达等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
小鼠IIR模型 HT-29细胞HR模型 小鼠小肠类器官HR模型 STING敲除小鼠
小鼠品系及性别:雄性C57BL/6J小鼠,8-10周龄 IIR模型建立:夹闭肠系膜上动脉45分钟,再灌注2小时 细胞缺氧条件:12小时缺氧(1% O2)后复氧4小时 外源mtDNA处理:腹腔注射5 mg/kg mtDNA复合物 cGAS抑制剂处理:RU.521预处理50 μM 24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证IIR/HR是否诱导肠组织损伤、氧化应激和炎症反应。
使用小鼠IIR模型(夹闭肠系膜上动脉45分钟再灌注2小时)和HT-29细胞、小肠类器官HR模型(缺氧12小时复氧4小时),通过H&E染色、Chiu评分、TEM、氧化应激指标(MDA、乳酸)和炎症因子qPCR检测评估损伤。
确定mtDNA是否通过结合cGAS激活STING通路并加剧细胞损伤。
在HT-29细胞中转染纯化mtDNA,或使用cGAS抑制剂RU.521预处理,检测STING、TBK1、IRF3磷酸化水平,细胞质mtDNA拷贝数,以及LDH、MDA水平。
探索外源性mtDNA是否加剧IIR诱导的肠损伤和炎症。
在IIR小鼠腹腔注射外源性小鼠来源mtDNA,进行H&E染色、Chiu评分、炎症因子qPCR、MDA和乳酸检测。
确定mtDNA是否为HR激活cGAS-STING通路的必要条件。
使用溴化乙锭处理HT-29细胞清除mtDNA(ρ0细胞),然后进行HR,检测通路激活、细胞损伤和炎症因子表达。
评估STING缺失是否减轻IIR诱导的炎症、组织和功能损伤。
使用STING−/−小鼠进行IIR,检测炎症因子、氧化应激、细胞凋亡、组织病理损伤和存活率;并从小肠隐窝建立类器官,进行HR处理观察生长和损伤。
确定TFAM是否通过稳定mtDNA来抑制cGAS-STING通路激活和减轻损伤。
通过RNA测序和GSEA分析IIR小鼠TFAM表达,并在HT-29细胞中过表达TFAM后进行HR,检测细胞质mtDNA水平、通路激活、炎症因子、LDH、MDA和细胞活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Western blot | 抗cGAS兔多克隆抗体 | ABclonal Technology | A8335 |
| 抗磷酸化STING (Ser365)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 72971 | |
| 抗磷酸化STING (Ser366)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 50907 | |
| 抗STING兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 13647 | |
| 抗磷酸化TBK1/NAK (Ser172)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 | |
| 抗TBK1/NAK兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 3504 | |
| 抗磷酸化IRF-3 (Ser396)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 29047 | |
| 抗IRF-3兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4302 | |
| 抗Tom20 (D8T4N)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 42406 | |
| 抗TFAM多克隆抗体 | Proteintech | 22581-1-AP | |
| 细胞处理 | HT-DNA | Sigma-Aldrich | D6898 |
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | -- | -- |
| IntestiCult™类器官生长培养基 | STEMCELL | 06005 | |
| DMEM/H培养基 | -- | -- | |
| 尿苷 | MCE | HY-B1449 | |
| 溴化乙锭 | -- | -- | |
| Dulbecco磷酸盐缓冲液 | BI | 020231 ACS | |
| 牛血清白蛋白 | Vetec | V900933 | |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | 12634010 | |
| Matrigel®基质胶 | Corning | 354230 | |
| 动物实验 | Lipomaster 3000转染试剂 | Vazyme | TL30-1 |
| mtDNA提取 | TIANamp基因组DNA试剂盒 | TIANGEN | DP304 |
| RNA提取 | 细胞/组织总RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC101 |
| qPCR | SYBR Green qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02/03 |
| 凋亡检测 | TUNEL检测试剂盒 | Beyotime | C1098 |
| 氧化应激检测 | MDA比色检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| LDH比色检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| RNA测序 | Illumina Novaseq 6000测序平台 | Illumina | -- |
| 细胞培养 | 三气培养箱 | Thermo | 160i |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| Bio-Rad成像系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| IIR模型 | 小鼠品系、性别、年龄;麻醉方式;手术步骤;缺血时间;再灌注时间 阅读提示:Methods - IIR model |
| HR模型 | 细胞类型;缺氧时间;氧气浓度;复氧时间;孵育条件 阅读提示:Methods - HR Model |
| mtDNA处理 | mtDNA来源;注射剂量;转染试剂;对照组处理 阅读提示:Methods - MtDNA Intraperitoneal Injection |
| ρ0细胞建立 | EtBr浓度;处理时间;培养基成分;细胞密度 阅读提示:Methods - p0 cell Establishment |
| 类器官培养 | 小鼠品系;肠段;EDTA浓度;基质胶比例;培养时间 阅读提示:Methods - Development of a Small Intestinal Organoid Model in vitro |
| TFAM过表达实验 | 转染方法;质粒类型;转染时间;HR处理 阅读提示:Results - TFAM Protects Against Ischemia–Reperfusion Injury |