动物模型建立与药物干预
建立NAFLD小鼠模型并评估BBR对肝脏脂肪变性的影响
C57BL6/J小鼠随机分为正常饮食组和DIO组,高脂饮食诱导12周后,DIO小鼠随机分为模型组、低剂量BBR组和高剂量BBR组,分别灌胃生理盐水或BBR(150 mg/kg或300 mg/kg)4周。
Berberine Attenuates Nonalcoholic Hepatic Steatosis by Regulating Lipid Droplet-Associated Proteins: In Vivo, In Vitro and Molecular Evidence.
包含DIO小鼠模型、OA诱导的HepG2细胞模型,以及转录组学、Western blot、免疫染色、分子 docking等多层级验证。
高脂饮食诱导的肥胖(DIO)小鼠模型 油酸(OA)诱导的HepG2细胞模型
DIO小鼠模型采用雄性C57BL6/J小鼠,高脂饮食诱导12周,BBR灌胃剂量150 mg/kg或300 mg/kg,持续4周 HepG2细胞使用0.5 mM OA诱导,BBR浓度为20、30、40 μM PPARα拮抗剂GW6471和激动剂Fenofibrate的浓度设定 分子对接使用PPARα(2ZNN)和BSCL2(6MLU)结构
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立NAFLD小鼠模型并评估BBR对肝脏脂肪变性的影响
C57BL6/J小鼠随机分为正常饮食组和DIO组,高脂饮食诱导12周后,DIO小鼠随机分为模型组、低剂量BBR组和高剂量BBR组,分别灌胃生理盐水或BBR(150 mg/kg或300 mg/kg)4周。
评估肝脏脂质沉积和脂滴形态变化
通过HE染色、Oil Red O染色和透射电镜观察肝脏组织学变化和脂滴形态,并测定TG含量。
筛选BBR处理肝脏后差异表达基因和潜在信号通路
对N、M、H组肝脏进行转录组测序,鉴定差异表达基因,并进行GO和KEGG富集分析及PPI分析。
验证转录组学筛选出的候选基因在mRNA和蛋白水平的表达变化
通过RT-qPCR和Western blot验证Cidea、Plin4、Scd1、Fabp4、Mogat1、Cfd等基因的表达,并检测脂滴相关蛋白BSCL2、PLIN2等。
在HepG2细胞中验证BBR对脂滴大小的影响及PPARα的作用
用OA诱导HepG2细胞建立脂肪变性模型,给予BBR处理,并通过CCK8、Oil Red O染色检测细胞活力和脂滴变化;使用GW6471和Fenofibrate干预细胞,检测相关蛋白表达。
预测BBR与PPARα和BSCL2的结合能力
从PubChem获取BBR结构,从PDB获取PPARα(2ZNN)和BSCL2(6MLU)结构,使用AutoDock进行分子对接,PyMOL进行可视化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 高脂饲料D12492 | Research Diets | -- |
| 药物处理 | 小檗碱 | Shanghai yuanye Bio-Technology Co. Ltd. | -- |
| 生化检测 | 甘油三酯检测试剂盒 | NanJing JianCheng Bioengineering Institute | -- |
| 组织染色 | 油红O染色试剂盒 | Biossci | BP037 |
| 转录组学 | Truseq RNA样本制备试剂盒 | Illumina | -- |
| RNA提取 | RNA易提取试剂 | Vazyme | R701 |
| 逆转录 | HiScript II Q RT SuperMix逆转录试剂盒 | Vazyme | R222-01 |
| 药物处理 | 油酸 | SelleckChem | E4087 |
| GW6471(PPARα拮抗剂) | SelleckChem | S2798 | |
| 非诺贝特 | SelleckChem | S1794 | |
| 细胞活力 | CCK8试剂盒 | Yeasen Biotechnology Co. Ltd. | -- |
| 蛋白质电泳 | PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Yeasen Biotechnology Co. Ltd. | -- |
| Western blot | CIDEA抗体 | Proteintech | 13170-1-AP |
| PLIN4抗体 | Novusbio | NBP2-13776 | |
| SCD1抗体 | Servicebio | GB113844 | |
| CFD抗体 | Abclonal | A8117 | |
| FABP4抗体 | Abclonal | A0232 | |
| ARF1抗体 | Abclonal | A9195 | |
| BSCL2抗体 | Abclonal | A14583 | |
| PLIN2抗体 | Abclonal | A6276 | |
| PLIN5抗体 | Abclonal | A20418 | |
| GPAT4抗体 | Abclonal | A20804 | |
| DGAT1抗体 | Abclonal | A6857 | |
| DGAT2抗体 | Abclonal | A13891 | |
| LXRα抗体 | Abclonal | A3974 | |
| SREBP-1抗体 | Servicebio | GB113804-100 | |
| PPARα抗体 | Proteintech | 15540-1-AP | |
| PPARγ抗体 | Abclonal | A11183 | |
| ATGL抗体 | Abclonal | A5126 | |
| HSL抗体 | Abclonal | A24689 | |
| GAPDH抗体 | Abclonal | AC002 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗兔IgG (H+L) Dylight 800二抗 | CST | 5151 | |
| 抗鼠IgG (H+L) Dylight 680二抗 | CST | 5470 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG | Servicebio | GB23303 | |
| 免疫荧光 | 山羊抗兔IgG Dylight 594二抗 | Abbkine | A23420 |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜 | HITACHI | HT7800 |
| 光学显微镜 | 生物显微镜 | Olympus | BX-53 |
| 生物显微镜 | Olympus | CX-31 | |
| RNA测序 | NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
| RT-qPCR | 实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | A48141 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与给药 | 小鼠品系、性别、周龄、高脂饮食持续时间、BBR剂量和给药途径、给药时长 阅读提示:见2.2节 DIO Model and Animal Treatment |
| 细胞模型与干预 | HepG2细胞来源、培养条件、OA浓度和刺激时间、BBR浓度、GW6471和Fenofibrate浓度 阅读提示:见2.11节 Cell Culture and Intervention, 图5图注 |
| 分子检测 | Western blot抗体信息、RT-qPCR引物序列、免疫染色抗体稀释比例 阅读提示:见2.8节 RT-qPCR, 2.9节 Western Blot, 2.10节 Immunostaining, 表1 |
| 分子对接 | 蛋白结构PDB ID(PPARα: 2ZNN, BSCL2: 6MLU)、软件版本、结合能 阅读提示:见2.13节 Molecular Docking |
| 统计分析 | 统计方法、显著性水平、数据表示方式 阅读提示:见2.14节 Statistical Analysis |