动物饲养与分组
建立LGG补充和对照组,评估LGG对断奶前犊牛腹泻和生长的影响。
18头荷斯坦犊牛随机分为两组,每组9头,LGG组每日补充1×10¹⁰ CFU LGG,对照不给,喂养6周。
Supplementation of the probiotic Lactobacillus rhamnosus GG to pre-weaning calves decreases diarrhea incidence by modulating gut bacteria and associated metabolites.
包含动物实验(18头犊牛随机分组)、16S rRNA基因测序、非靶向代谢组学及VFA检测,但缺乏功能验证或机制验证,如敲除或体外实验。
断奶前荷斯坦犊牛
LGG补充剂量每日1×10¹⁰ CFU/头 犊牛年龄8±3天,初始体重42.48±1.04 kg 试验周期6周 对照组纯奶,LGG组每日添加LGG 粪便评分和腹泻发生率计算 统计显著性P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立LGG补充和对照组,评估LGG对断奶前犊牛腹泻和生长的影响。
18头荷斯坦犊牛随机分为两组,每组9头,LGG组每日补充1×10¹⁰ CFU LGG,对照不给,喂养6周。
评估LGG补充对犊牛生长和腹泻发生率的影响。
每两周称重,每日记录采食量和粪便评分,计算腹泻发生率。
比较LGG组和对照组犊牛肠道菌群组成和多样性差异。
提取粪便DNA,扩增16S rRNA基因V3-V4区,进行Illumina测序,分析菌群组成、多样性和差异菌属。
比较LGG组和对照组犊牛粪便代谢物谱差异,并关联菌群变化。
采用UPLC-Q-TOF-MS/MS非靶向代谢组学检测粪便代谢物,筛选差异代谢物并进行KEGG通路富集。
验证菌群变化与代谢物、VFA及腹泻发生率之间的关联。
进行Spearman相关分析,构建菌群共现网络,揭示细菌与代谢物等之间的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细菌培养 | MRS肉汤 | Sinopharm Chemical Reagent Co., Ltd. | 20220105 |
| SPH-103B摇床 | Shanghai Shiping Test Equipment Co., Ltd. | -- | |
| 细菌收集 | Heraeus Fresco17离心机 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 洗涤 | 磷酸盐缓冲液 | Procell Life Science Technology Co., Ltd. | PB180327 |
| DNA提取 | HiPure土壤DNA提取试剂盒 | Guangzhou Magen Biotechnology | D3144 |
| PCR纯化 | AxyPrep DNA凝胶回收试剂盒 | Axygen Biosciences | AP-GX-250 |
| 16S rRNA基因扩增 | ABI StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 测序 | NovaSeq X测序仪 | Illumina | -- |
| 代谢物提取 | 甲醇 | Tianjin Fuyu Fine Chemical Co., Ltd. | 2021102 |
| 代谢物衍生化 | 2-氯苯丙氨酸 | Sinopharm Chemical Reagent Co., Ltd. | 20220201 |
| 代谢组学分析 | Ultimate 3000系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Acquity UPLC HSS T3色谱柱 | Waters | -- | |
| 挥发性脂肪酸测定 | Sykam S-150离子色谱仪 | Sykam GmbH | -- |
| 偏磷酸 | Sinopharm Chemical Reagent Co., Ltd. | 20220125 | |
| 饲料成分分析 | 凯氏定氮仪 | FOSS Analytical AB | -- |
| 索氏提取器 | FOSS Analytical A/S | -- | |
| ANKOM 2000纤维分析仪 | Ankom Technology Corp. | -- | |
| 统计分析 | SPSS 26.0 | IBM | -- |
| 绘图 | GraphPad Prism 8.0 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物实验 | LGG剂量、犊牛年龄、试验周期、分组方法 阅读提示:Materials and methods, 2.3 Animals and experimental design |
| 腹泻监测 | 粪便评分标准、腹泻发生率计算 阅读提示:Materials and methods, 2.4 Health monitoring and growth measurement |
| 菌群分析 | DNA提取试剂盒、16S扩增区域、测序平台、生物信息学参数 阅读提示:Materials and methods, 2.7 Gut bacterial community analysis |
| 代谢组学 | 样品前处理、色谱条件、质谱参数、差异筛选标准 阅读提示:Materials and methods, 2.8 Gut metabolite profiling analysis |
| VFA检测 | 样品制备、色谱条件 阅读提示:Materials and methods, 2.6 Determination of fecal VFA levels |