验证CXCR4与EBOV GP的相互作用及内化
确定CXCR4是否与EBOV GP互作并发生内化进入内体
在HEK 293T细胞中共表达CXCR4和GP(或GP1/GP2/GP1ΔRBD),通过免疫共沉淀检测相互作用;通过共聚焦显微镜观察CXCR4和GP的共定位及EEA1共定位;使用CXCR4敲除细胞检测GP与EEA1的共定位变化。
Dual roles of CXCR4 (C-X-C motif chemokine receptor 4) in promoting entry of ebolavirus and targeting excessive glycoprotein for reticulophagic degradation to facilitate viral fitness.
包含细胞系模型、trVLPs感染、基因敲除、免疫共沉淀、质谱、共聚焦显微镜、自噬通路抑制剂及基因敲除等,涵盖体外功能验证和机制验证。
HEK 293T和HeLa细胞系用于EBOV trVLPs感染 Huh7细胞系用于内源性CXCR4研究 CRISPR-Cas9基因敲除细胞系(CXCR4、HGS、RNF185等)
EBOV trVLPs感染浓度(106 copies/mL)及感染时间(2h) CXCR4拮抗剂motixafortide(20μmol/L)和中和抗体12G5(15μg/mL)的处理 CHX处理(100μg/mL)检测GP半衰期 基因敲除细胞系(ATG3、ATG5、RETREG1等)的构建和验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定CXCR4是否与EBOV GP互作并发生内化进入内体
在HEK 293T细胞中共表达CXCR4和GP(或GP1/GP2/GP1ΔRBD),通过免疫共沉淀检测相互作用;通过共聚焦显微镜观察CXCR4和GP的共定位及EEA1共定位;使用CXCR4敲除细胞检测GP与EEA1的共定位变化。
检验CXCR4是否作为EBOV进入因子促进病毒附着和进入
使用过表达或敲除CXCR4的HEK 293T和HeLa细胞,感染EBOV trVLPs(106 copies/mL),在4°C或37°C下孵育2小时,通过RT-qPCR检测GP和VP40 RNA水平评估附着和进入。
确定CXCR4是否影响EBOV复制及其机制
在CXCR4过表达或敲除细胞中感染EBOV trVLPs,检测VP40和GP蛋白水平及转录水平;共表达GP和CXCR4检测细胞活力;检测CXCR4对NP-VP35、NP-VP24相互作用的影响。
确定GP降解是否通过溶酶体途径及关键分子
使用MG132和BafA1处理细胞,检测GP蛋白水平;通过共聚焦显微镜观察GP与LAMP1共定位;通过LC-MS/MS鉴定GP互作蛋白;敲除HGS、ITCH/AIP4、TRIM21等基因,检测对CXCR4介导GP降解的影响。
验证CXCR4介导GP降解是否依赖网质自噬
在ATG3、ATG5、SQSTM1/p62、RETREG1、LAMP2基因敲除细胞中检测CXCR4介导的GP降解;使用雷帕霉素处理观察对GP降解的影响;检测GP与LC3共定位。
确定CXCR4是否促进GP多聚泛素化及泛素连接酶RNF185的作用
在HEK 293T细胞中共表达GP、泛素及CXCR4,通过免疫共沉淀检测GP泛素化水平,使用泛素突变体分析连接类型;敲除RNF185检测GP降解;检测CXCR4对GP与RNF185、HGS、RETREG1相互作用的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965092 |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | FSD500 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15070063 | |
| 嘌呤霉素 | Thermo Fisher Scientific | A1113803 | |
| 药物处理 | MG132 | MCE | HY-13259 |
| 巴佛洛霉素A1 | MCE | HY-100558 | |
| 雷帕霉素 | MCE | HY-10219 | |
| 二甲亚砜 | Acmec | DMSO-D54260-500mL | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000075 |
| Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31985070 | |
| 病毒生产 | 0.45微米滤器 | Millipore | SLHVR33RB |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596018CN |
| 逆转录 | M-MLV逆转录酶试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 28025013 |
| qPCR | qPCR试剂盒 | CWBIO | CW3008H |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 荧光素酶报告基因检测 | 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega Corporation | E2940 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0038 |
| 多功能酶标仪Synergy H1 | BioTek | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013J |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | P1005 | |
| 硝酸纤维素膜 | Merck Millipore | HATF00010 | |
| TBST缓冲液 | Solarbio | T1081 | |
| Odessey红外成像系统 | LICOR | -- | |
| 化学发光成像分析系统 | Tanon | -- | |
| 蛋白提取 | 膜蛋白和胞浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0033 |
| 免疫沉淀 | 抗DDDDK标签多克隆抗体琼脂糖 | MBL Beijing Biotechnology | PM020-8 |
| 抗HA标签多克隆抗体琼脂糖 | MBL Beijing Biotechnology | 561-8 | |
| 抗MYC标签单克隆抗体琼脂糖 | MBL Beijing Biotechnology | M047-8 | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Solarbio | T8200-100mL |
| DAPI | Solarbio | C0065 | |
| 三色荧光免疫组化小鼠/兔试剂盒 | Immunoway Biotechnology | RS0035 | |
| LSM780激光扫描共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 细胞质膜染色试剂盒(DiD远红外荧光) | Beyotime | C1995S | |
| 质谱 | 赛默飞UltiMate 3000超高效液相色谱 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Orbitrap Fusion Lumos质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(HEK 293T、HeLa、Huh7)及培养条件(DMEM、10%FBS、1%青霉素-链霉素) 阅读提示:Materials and methods: Cell lines |
| EBOV trVLPs感染 | 病毒滴度(106 copies/mL)、感染时间(2小时)、温度(4°C或37°C) 阅读提示:Materials and methods: Production of EBOV trVLPs and infection |
| CXCR4拮抗剂处理 | motixafortide浓度(20μmol/L)和12G5浓度(15μg/mL)及预处理时间 阅读提示:Results: CXCR4 acts as an entry factor of EBOV(图2J-O) |
| GP降解实验 | CHX浓度(100μg/mL)及检测时间(0-8h) 阅读提示:Results: CXCR4 mediates GP degradation by reducing its stability(图4K-L) |
| 基因敲除 | 各基因敲除细胞系(HGS、RNF185等)的构建和验证 阅读提示:Materials and methods: Construction of CRISPR-Cas9 knockout (KO) cell lines |