验证circCEACAM5在胰腺癌中的表达和特征
确定circCEACAM5是否在胰腺癌中异常表达及其分子特征。
通过RT‒qPCR检测circCEACAM5在胰腺癌组织和细胞系中的表达;通过Sanger测序、PCR、RNA稳定性实验和FISH验证其环状结构和亚细胞定位。
METTL3-dependent m6A methylation of circCEACAM5 fuels pancreatic cancer progression through DKC1 activation.
包含患者样本、细胞系、体内异种移植模型和分子机制验证等多个独立证据层级。
人胰腺癌细胞系AsPC-1 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 胰腺癌患者肿瘤及癌旁组织样本
circCEACAM5表达水平 METTL3表达和m6A修饰水平 DKC1蛋白表达水平 细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡 肿瘤生长体积
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定circCEACAM5是否在胰腺癌中异常表达及其分子特征。
通过RT‒qPCR检测circCEACAM5在胰腺癌组织和细胞系中的表达;通过Sanger测序、PCR、RNA稳定性实验和FISH验证其环状结构和亚细胞定位。
探究circCEACAM5是否影响胰腺癌细胞的增殖、迁移、侵袭和凋亡。
在AsPC-1细胞中过表达或敲低circCEACAM5,通过CCK-8、EdU、Transwell和流式细胞术检测细胞功能变化。
验证circCEACAM5在体内是否促进胰腺癌肿瘤生长。
建立BALB/c裸鼠异种移植模型,注射过表达或敲低circCEACAM5的AsPC-1细胞,测量肿瘤体积并进行组织学分析。
探究METTL3是否通过m6A甲基化调控circCEACAM5表达。
通过生物信息学预测、MeRIP、RNA pull-down和RT‒qPCR验证METTL3与circCEACAM5的结合及m6A修饰对circCEACAM5表达的影响。
探究circCEACAM5是否通过与DKC1相互作用发挥功能。
通过RNA pull-down和RIP验证circCEACAM5与DKC1的特异性结合;通过共转染实验检测DKC1过表达能否逆转circCEACAM5敲低的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11995065 |
| 胎牛血清 | Biological Industries | 04-001-1A | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875093 | |
| 基因操作 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | L3000015 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596026 |
| RNA亚细胞分离 | PARIS试剂盒 | Thermo Fisher | AM1921 |
| DNA提取 | 基因组DNA提取试剂盒 | TIANGEN Biotech | DP304-03 |
| RNA稳定性实验 | 核糖核酸酶R | Abcam | ab286167 |
| RNA纯化 | RNeasy MinElute纯化试剂盒 | Qiagen | 74204 |
| PCR | 1000 bp DNA分子量标准 | TransGen | BM101-01 |
| RT-qPCR | PrimeScript RT预混液 | Takara | RR036A |
| SYBR Premix Ex Taq试剂 | Takara | RR420A | |
| ABI 7500实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher | 89900 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | 23225 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| METTL3抗体 | Abcam | ab195352 | |
| CDK1抗体 | Cell Signaling Technology | 9116 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| HRP标记二抗 | Jackson ImmunoResearch | 111-035-003 | |
| ECL化学发光试剂 | Novex | WP20005 | |
| 细胞活力 | CCK-8试剂 | Sigma-Aldrich | 96992 |
| 细胞增殖 | EdU | Thermo Fisher | C10337 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC | Life Technologies | V13242 |
| 碘化丙啶 | Life Technologies | V13242 | |
| BD FACSCanto II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| TUNEL试剂盒 | Beyotime | C1086 | |
| DAPI染液 | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| 迁移和侵袭 | Transwell小室 | Corning | 354480 |
| Matrigel基质胶 | -- | -- | |
| RNA-蛋白相互作用 | 磁性RNA-蛋白Pull-Down试剂盒 | Thermo Fisher | 20164 |
| RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | 74104 | |
| RNA免疫沉淀 | Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-700 |
| METTL3抗体 | Abcam | ab195352 | |
| FISH | FISH试剂盒 | RiboBio | -- |
| 蛋白酶K | -- | -- | |
| 生物素标记探针 | -- | -- | |
| FITC标记链霉亲和素 | -- | -- | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Beijing Vital River Company | -- |
| 组织学 | Ki67抗体 | Abcam | ab15580 |
| DAB底物 | Vector Laboratories | SK-4100 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| circCEACAM5表达检测 | 患者样本的收集时间、样本量、内参基因(β-actin)和引物序列 阅读提示:Methods: Patient samples, Quantitative gene expression analysis |
| circCEACAM5功能实验 | AsPC-1细胞的转染量、质粒类型、检测时间点 阅读提示:Methods: Cellular models and experimental conditions, Results: circCEACAM5 promotes... |
| 体内肿瘤模型 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞数量、注射方式、给药剂量和频率 阅读提示:Methods: In vivo tumor model |
| m6A修饰验证 | METTL3敲低和过表达的方法、MeRIP实验条件 阅读提示:Methods: RNA–protein interaction analysis, Results: METTL3 mediates... |
| DKC1相互作用 | RNA pull-down和RIP实验条件、抗体信息 阅读提示:Methods: RNA–protein interaction analysis, Protein–RNA complex immunoprecipitation |