生物信息学分析与分子对接
预测G-Rh2治疗SCI的潜在靶点和信号通路
利用TCMSP、CTD、GeneCards数据库获取G-Rh2和SCI相关靶基因,Venny取交集,STRING和Cytoscape构建网络,Metascape进行KEGG富集分析,并用AutoDock Vina进行分子对接。
Ginsenoside Rh2 alleviates inflammatory response and enhances motor function recovery in spinal cord injury mice via the ROS/MAPK14 signaling pathway.
包含体外BV2细胞模型、体内小鼠SCI模型、网络药理学和分子对接等多层级验证,并进行了功能验证和机制验证。
BV2小胶质细胞 C57BL/6J小鼠SCI模型
G-Rh2给药剂量:25 mg/kg和50 mg/kg,腹腔注射,每日一次,持续7天 BV2细胞LPS诱导浓度:1 μg/mL G-Rh2处理BV2细胞浓度:5、10、20 μM BMS评分时间点:术后第1、3、5、7、14天 小鼠样本量:每组12只,行为学检测n=3
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测G-Rh2治疗SCI的潜在靶点和信号通路
利用TCMSP、CTD、GeneCards数据库获取G-Rh2和SCI相关靶基因,Venny取交集,STRING和Cytoscape构建网络,Metascape进行KEGG富集分析,并用AutoDock Vina进行分子对接。
验证G-Rh2对LPS诱导的BV2细胞炎症的影响
BV2细胞用LPS诱导炎症,并以不同浓度G-Rh2处理,检测炎症因子mRNA和蛋白水平、ROS水平、MAPK通路相关蛋白表达,以及细胞活力。
评估G-Rh2对SCI小鼠运动功能和组织病理学的影响
采用改良Allen法建立C57BL/6J小鼠SCI模型,分为Sham、SCI、SCI+G-Rh2 25 mg/kg、SCI+G-Rh2 50 mg/kg四组,腹腔注射G-Rh2或生理盐水,检测行为学、组织染色和炎症因子表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Solarbio | -- | |
| 药物处理 | 20(S)-人参皂苷Rh2 | Chengdu Must Bio-Technology Co., Ltd. | -- |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | UElandy | -- |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| DCFH-DA荧光探针 | -- | -- | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Corning | -- |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Servicebio | -- |
| qRT-PCR | 2× Universal Blue SYBR Green qPCR预混液 | Servicebio | -- |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| Western blot | RIPA裂解液(高强度) | Solarbio | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| MAPK14抗体 | Cell Signaling Technology | #8690 | |
| p-MAPK14抗体 | Proteintech | 28796-1-AP | |
| 二抗 | Cell Signaling Technology | #5151 | |
| Odyssey双色红外激光成像系统 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | p-MAPK14抗体 | Proteintech | 28796-1-AP |
| 荧光二抗 | Abcam | ab150077 | |
| DAPI染色液 | Servicebio | -- | |
| 动物实验 | 三溴乙醇 | -- | -- |
| 碘酊 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠SCI模型 | 小鼠品系、性别、年龄、体重、麻醉方式、手术方式(T10节段)、损伤参数(15g、3.0mm、15mm)、术后护理(膀胱管理) 阅读提示:Materials and methods 2.1 |
| 药物处理 | G-Rh2剂量(25、50 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、给药频率(每日一次)、给药时长(7天)、对照组(生理盐水) 阅读提示:Materials and methods 2.1 |
| 体外炎症模型 | BV2细胞系(CL-0493A)、LPS诱导浓度(1 μg/mL)、G-Rh2处理浓度(5、10、20 μM)、处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and methods 2.6, 2.8 |
| 行为学评估 | BMS评分时间点(第1、3、5、7、14天)、评分者人数(2名)、足迹分析(前肢红色、后肢蓝色) 阅读提示:Materials and methods 2.2 |
| 组织学分析 | 取材时间(术后7天)、固定液(4% PFA)、染色方法(H&E、Nissl)、切片厚度 阅读提示:Materials and methods 2.14 |