患者样本中缺氧、线粒体损伤和cGAS-STING激活的观察
验证RA患者和AA大鼠滑膜组织及FLS中是否存在缺氧、线粒体损伤和cGAS-STING信号激活。
通过IHC、免疫印迹和IF检测HIF-1α、cGAS、STING表达;TEM观察线粒体形态。
HIF-1α mediates mitochondrial damage by down-regulating ALKBH7 expression to promote the aberrant activation of FLS in rheumatoid arthritis.
实验包括体外FLS缺氧模型、HIF-1α敲低、ALKBH7敲低/过表达、双荧光素酶报告基因、RNA-Seq/CUT-Tag、以及CIA小鼠模型,包含功能验证和机制验证。
RA患者和OA患者的滑膜组织及原代FLS HEK-293T细胞 CIA小鼠模型(hif-1α+/-小鼠) AA大鼠模型
缺氧处理:1% O2,4小时 HIF-1α敲低和ALKBH7敲低/过表达转染后48小时检测 CIA模型:CFA和CII混合注射,第21天加强免疫 ALKBH7启动子结合位点:Chr19 6372400-6372578,基序ACCGTGGC突变验证 统计设计:n=3或n=6,P<0.05显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证RA患者和AA大鼠滑膜组织及FLS中是否存在缺氧、线粒体损伤和cGAS-STING信号激活。
通过IHC、免疫印迹和IF检测HIF-1α、cGAS、STING表达;TEM观察线粒体形态。
确定缺氧是否能直接导致FLS线粒体损伤和cGAS-STING信号激活。
将OA-FLS在1% O2下培养4小时,检测线粒体形态、膜电位、mtDNA释放、呼吸链复合物表达、cGAS/STING表达和炎症因子水平。
验证HIF-1α是否介导缺氧诱导的线粒体损伤和FLS激活。
使用shHIF-1α敲低FLS中HIF-1α表达,在缺氧条件下检测线粒体损伤指标、cGAS-STING通路和炎症因子。
在体内验证HIF-1α在RA病理过程中的作用。
建立CIA小鼠模型(WT和hif-1α+/-),评估关节炎评分、影像学、组织学、免疫细胞比例和炎症因子。
寻找HIF-1α调控的靶基因,并确定其直接结合位点。
对缺氧处理的FLS进行RNA-Seq和CUT-Tag测序,整合分析筛选靶基因,并通过双荧光素酶报告基因验证结合位点。
验证ALKBH7在缺氧诱导的线粒体损伤和FLS激活中的作用。
使用siRNA敲低或过表达质粒调控ALKBH7表达,检测FLS增殖、迁移、炎症因子、线粒体功能及UQCRC2表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗人/大鼠HIF-1α单克隆抗体 | Affinity | 6oh4847 |
| 抗人cGAS单克隆抗体 | CST | 79978S | |
| 抗人STING单克隆抗体 | CST | 13647S | |
| 抗大鼠/小鼠cGAS单克隆抗体 | HUABIO | HO0914 | |
| 抗大鼠/小鼠STING单克隆抗体 | Proteintech | D0108890 | |
| 免疫印迹 | 山羊抗兔IgG (H+L) | Affinity | S0001 |
| 山羊抗小鼠IgG (H+L) | Affinity | S0002 | |
| 免疫荧光 | 山羊抗小鼠IgG (H+L) Fluor488 | Invitrogen | A-11001 |
| 山羊抗兔IgG (H+L) Fluor647 | Affinity | S0013 | |
| DAPI | Beyotime | C1005 | |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜 | Thermoscientific | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green Pro Taq HS预混qPCR试剂盒 | -- | -- |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ064303 |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ058059 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ058097 | |
| CXCL8 ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ027375 | |
| CXCL9 ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ057858 | |
| CXCL10 ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ060339 | |
| CXCL11 ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ058457 | |
| RF ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ037647 | |
| CRP ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ038364 | |
| 抗CCP ELISA试剂盒 | Mlbio | YJ250791 | |
| 转染 | 转染试剂盒 | HANBI | HB-LF3-1000 |
| 增殖检测 | EdU细胞增殖试剂盒 | Beyotime | C0081S |
| 多模式实时无标记细胞分析仪 | Agilent | -- | |
| 荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因试剂盒 | Solarbio | D0011 |
| 动物模型 | 完全弗氏佐剂 | Chondrex | 7023 |
| II型鸡胶原蛋白 | Chondrex | 20011 | |
| 流式细胞术 | FITC抗小鼠CD19 | BD | 553786 |
| PE抗小鼠CD27 | BD | 558754 | |
| APC抗小鼠CD138 | BD | 558626 | |
| FITC抗小鼠CD4 | Biolegend | 100510 | |
| APC抗小鼠CD25 | Biolegend | 557192 | |
| PE抗小鼠Foxp3 | Invitrogen | 12-5773-82 | |
| APC抗小鼠IL-17 | Biolegend | 506915 | |
| 组织学分析 | 番红O-固绿染色 | Solarbio | G1371 |
| 小鼠脾脏淋巴细胞分离 | 小鼠淋巴细胞分离试剂盒 | DAKEWE | 7211011 |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | BD | -- |
| 动物超声 | 高分辨率小动物超声实时成像系统 | VisualSonics | -- |
| X-ray | X射线透视成像系统 | Glenbrook Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞缺氧处理 | FLS在1% O2下培养4小时 阅读提示:Methods: Cells, Results: 第二部分 |
| HIF-1α敲低和ALKBH7敲低/过表达 | 转染shHIF-1α/siALKBH7/oeALKBH7,转染后48小时进行后续实验 阅读提示:Methods: Transfection, Figures 3和6 |
| CIA模型建立 | CFA和CII混合注射,第21天加强免疫 阅读提示:Methods: Animal models were established |
| 双荧光素酶报告基因 | HEK-293T细胞共转染报告质粒和Renilla质粒,24小时后检测荧光强度 阅读提示:Methods: Luciferase reporter assay, Figure 5g |
| RNA-Seq和CUT-Tag | 缺氧处理FLS 4小时,具体建库步骤参见补充表S5-S9 阅读提示:Methods: RNA-sequencing和Cut-Tag, Figure 5a-f |