CALD1差异表达分析
比较卵巢癌和正常组织中CALD1的表达差异
利用TCGA卵巢癌组织(n=419)和GTEx正常组织(n=88)的mRNA表达数据,用log2(x+1)转换和Wilcoxon秩和检验分析差异;同时用卵巢癌组织微阵列(50肿瘤和11正常)进行IHC染色验证蛋白表达。
CALD1 inhibits invasion of human ovarian cancer cells by affecting cytoskeletal structure and the number of focal adhesion.
包含生物信息学分析、组织芯片IHC、细胞系敲低、Transwell、免疫荧光等实验,有功能验证但缺乏动物模型和机制深入验证。
SK-OV-3人卵巢癌细胞系 293T细胞系(用于病毒包装) 卵巢癌组织样本(TCGA/GTEx及组织芯片)
CALD1敲低效率:通过qRT-PCR和WB验证sh1序列敲低效果最佳 Transwell侵袭实验中上室细胞数1×10^5,Matrigel基质胶包被,24小时 药物敏感性分析基于GDSC数据库和oncoPredict包 免疫荧光染色使用Vinculin抗体(1:2000)和TRITC-phalloidin(1:2000) 统计分析:两组间用t检验,多组间用单因素方差分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较卵巢癌和正常组织中CALD1的表达差异
利用TCGA卵巢癌组织(n=419)和GTEx正常组织(n=88)的mRNA表达数据,用log2(x+1)转换和Wilcoxon秩和检验分析差异;同时用卵巢癌组织微阵列(50肿瘤和11正常)进行IHC染色验证蛋白表达。
分析CALD1高、低表达组对化疗药物的敏感性差异
使用oncoPredict R包基于GDSC数据库预测12种药物的敏感性,比较高低表达组。
揭示CALD1相关基因及其参与的生物学过程和通路
利用GeneMANIA构建CALD1相互作用网络,用Metascape进行GO和KEGG富集分析。
建立CALD1稳定敲低的细胞模型
设计三个shRNA序列克隆到慢病毒载体,转染293T细胞包装病毒,感染SK-OV-3细胞,用嘌呤霉素筛选,通过qRT-PCR和WB验证敲低效率。
检测CALD1低表达对SK-OV-3细胞侵袭能力的影响
使用Transwell小室,上室铺Matrigel,细胞接种后24小时,结晶紫染色,测定570nm吸光度量化迁移细胞。
观察CALD1低表达对细胞骨架结构和粘着斑形成的影响
用TRITC-phalloidin染色F-肌动蛋白,用Vinculin抗体免疫荧光染色粘着斑,ImageJ定量荧光强度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织芯片IHC | 卵巢癌组织微阵列 | WEIAOBIO | OVC1021 |
| 兔抗人CALD1抗体 | Affinity | AF6411 | |
| 山羊抗兔辣根过氧化物酶(HRP) | Proteintech | SA00001-1 | |
| 细胞培养 | SK-OV-3细胞系 | Procell | CL-0215Pricella |
| 293T细胞系 | Procell | CL-0005 | |
| McCoy's 5a培养基 | Keygen Biotech | KGM4892S | |
| DMEM高糖培养基 | Procell | PM150210B | |
| 胎牛血清 | Procell | 26140-079 | |
| 质粒构建与病毒包装 | pHBLV慢病毒载体 | Hanbio Biotechnology | -- |
| pSPAX2包装质粒 | Hanbio Biotechnology | -- | |
| pMD2G包膜质粒 | Hanbio Biotechnology | -- | |
| 脂质体转染试剂2000 | -- | -- | |
| Lipofiter™转染试剂 | -- | -- | |
| RNA提取与qRT-PCR | TRIzol超纯RNA提取试剂盒 | CWBIO | CW0581M |
| HiScript II Q RT SuperMix逆转录试剂盒 | Vazyme | R223-01 | |
| qRT-PCR | ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 |
| Western blot | RIPA裂解液 | APPLYGEN | C1053 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Elabscience | E-BC-K318-M | |
| 10% SDS-PAGE凝胶 | Solarbio | A1010 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Beyotime | FFP39 | |
| 兔抗CALD1抗体 | Affinity | AF6411 | |
| 小鼠单克隆抗β-肌动蛋白抗体 | ZSGB-BIO | TA-09 | |
| HRP标记山羊抗兔IgG(H+L) | ZSGB-BIO | ZB-2301 | |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L) | ZSGB-BIO | ZB-2305 | |
| Transwell侵袭实验 | 基质胶 | Coring | 354234 |
| 结晶紫 | Solarbio | G1061 | |
| 免疫荧光 | 封闭液 | Beyotime | P0231 |
| 纽蛋白抗体 | Affinity | AF6206 | |
| TRITC-鬼笔环肽 | Solarbio | CA1610 | |
| Cy3标记山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00009-2 | |
| DAPI染色液 | KeyGENBio | KGA215-50 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(SK-OV-3, 293T)及培养基(McCoy's 5a, DMEM高糖)、血清浓度(10% FBS)和抗生素浓度 阅读提示:Methods 中 Cell culture 部分 |
| CALD1敲低细胞系构建 | shRNA序列、慢病毒载体、MOI=5、嘌呤霉素浓度(5 μg/mL)、筛选时间(3周) 阅读提示:Methods 中 Plasmid construction and lentivirus packaging、Construction and screening of a CALD1 knockdown SKOV-3 cell line 以及 Table 1 |
| 侵袭实验 | Transwell小室规格(24孔)、细胞接种数(1×10^5)、Matrigel包被、侵袭时间(24小时)、结晶紫染色及定量方法 阅读提示:Methods 中 Transwell assay |
| 细胞骨架和粘着斑分析 | 免疫荧光染色条件(固定、通透、封闭)、抗体稀释度(Vinculin 1:2000,TRITC-phalloidin 1:2000)、ImageJ定量方法 阅读提示:Methods 中 Immunofluorescence assay |