体外炎症模型构建及转录组和染色质可及性分析
模拟OA早期炎症环境,鉴定参与早期反应的转录因子。
用IL-1β处理原代小鼠软骨细胞0、6、48小时,进行RNA-seq和ATAC-seq,分析差异表达基因和转录因子结合基序。
LATS1-modulated ZBTB20 perturbing cartilage matrix homeostasis contributes to early-stage osteoarthritis.
包含体外细胞模型、小鼠DMM模型、人软骨外植体及临床样本等多个独立证据层级,并进行了功能验证(敲除/过表达)和机制验证(CUT&Tag、ChIP-qPCR、Co-IP等)。
原代软骨细胞(小鼠肋软骨) DMM手术诱导的OA小鼠模型(Zbtb20-icKO及野生型) 人软骨外植体(来自OA患者) 人原代软骨细胞(Procell CP-H096)
ZBTB20核转位及表达动态:在DMM术后2周核积累,随OA进展逐渐减少(图1e-g) Zbtb20敲除效率:Tamoxifen诱导的Col2a1-CreERT2介导的Zbtb20敲除(10周龄注射) IL-1β处理浓度和时间:1 ng/mL IL-1β处理0-72小时(体外) 药物处理条件:TRULI剂量梯度、DAPA剂量梯度(体外);体内给药方案(TRULI关节腔注射10 μL,DAPA口服5 mg/kg) DMM手术时间点及分析时间:手术在12周龄进行,分析在术后8/12周(基因敲除实验)和4/6/8周(药物实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟OA早期炎症环境,鉴定参与早期反应的转录因子。
用IL-1β处理原代小鼠软骨细胞0、6、48小时,进行RNA-seq和ATAC-seq,分析差异表达基因和转录因子结合基序。
观察ZBTB20在体内外OA模型中的表达和亚细胞定位变化。
通过免疫荧光、Western blot和免疫组化检测DMM小鼠软骨、IL-1β处理的软骨细胞以及人OA软骨样本中ZBTB20的表达和定位。
验证ZBTB20在OA进展中的功能必要性。
构建Col2a1-CreERT2介导的诱导型软骨细胞特异性Zbtb20敲除小鼠,进行DMM手术,通过组织学染色、MicroCT和免疫荧光评估OA进展。
阐明ZBTB20调控ECM稳态的分子机制。
通过RNA-seq和CUT&Tag-seq鉴定ZBTB20靶基因,结合ChIP-qPCR验证,并利用PI3K-Akt信号通路激动剂和抑制剂进行功能验证。
探究ZBTB20核转位的上游调控机制。
检测LATS1磷酸化水平,通过Co-IP、TurboID邻近标记验证ZBTB20与LATS1相互作用,并使用LATS1/2抑制剂TRULI处理观察ZBTB20定位变化。
评估靶向ZBTB20的药物对ECM稳态的恢复作用。
在IL-1β处理的软骨细胞中联合TRULI或DAPA,检测ECM相关蛋白和mRNA表达,以及p65核转位。
验证TRULI和DAPA在体内和人体组织中的治疗潜力。
在DMM小鼠模型中给予TRULI(关节腔注射)和DAPA(口服),进行步态分析、组织学评估;人软骨外植体用IL-1β和药物处理,检测GAG释放和组织学变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养及处理 | 低糖DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞分离 | 胶原酶D | Roche | -- |
| 细胞因子处理 | 重组小鼠IL-1β | PEPROTECH | 211-11B |
| 重组人IL-1β | PEPROTECH | 200-01B | |
| 药物处理 | TRULI(LATS1/2抑制剂) | MCE | HY-138489 |
| 达格列净 | MCE | HY-10450 | |
| 过表达/敲除 | 腺病毒Ad-GFP、Ad-Cre-GFP、Ad-mZbtb20-GFP | HANBIO | -- |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取及建库 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA-seq建库 | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒(Illumina) | New England Biolabs | -- |
| RNA-seq测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| ATAC-seq | Nextera DNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| MinElute PCR纯化试剂盒 | Qiagen | -- | |
| PCR扩增 | NEBNext高保真PCR预混液 | New England Biolabs | -- |
| CUT&Tag-seq | 刀豆蛋白A包被磁珠 | Bangs Laboratories | -- |
| ZBTB20多克隆抗体 | Proteintech | 23987-1-AP | |
| 正常兔IgG抗体 | Millipore | 12-370 | |
| 抗兔IgG抗体 | Millipore | AP132 | |
| ChIP-qPCR | Pierce琼脂糖ChIP试剂盒 | Thermo | 26156 |
| Western blot及IP | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma | P8340 | |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | -- | -- |
| 动物实验(TRULI配制) | Kolliphor HS 15 | Sigma | 42966 |
| 免疫荧光成像 | 激光共聚焦显微镜LSM 900 | Zeiss | -- |
| ZEN 2软件 | Zeiss | -- | |
| 组织学成像 | 奥林巴斯显微镜 | Olympus | -- |
| DMMB assay | 酶标仪Synergy H1M | BioTek | -- |
| 步态分析 | MSI DigiGait成像系统 | -- | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism | -- | -- |
| 细胞培养(人原代软骨细胞) | 人原代软骨细胞 | Procell | CP-H096 |
| 细胞培养(人原代软骨细胞培养基) | 软骨细胞培养基 | Procell | CM-H096 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞模型 | IL-1β浓度(1 ng/mL)和时间(0-72小时),细胞来源(P0-P3小鼠肋软骨原代软骨细胞),培养条件(低糖DMEM+10%FBS) 阅读提示:Methods: Primary chondrocyte isolation and culture |
| 基因敲除/过表达 | 腺病毒(Ad-Cre-GFP, Ad-mZbtb20-GFP)感染效率及MOI,siRNA转染效率,目的基因表达改变程度 阅读提示:Methods: Primary chondrocyte isolation and culture |
| 体内OA模型(DMM) | 小鼠品系及性别(雄性),手术年龄(12周龄),诱导敲除方案(10周龄他莫昔芬注射),术后分析时间点(8/12周) 阅读提示:Methods: Animals |
| 药物处理(体外) | TRULI和DAPA的具体浓度梯度(文中未明确数值),与IL-1β共处理时间(48小时) 阅读提示:Results: Both TRULI and DAPA restore ECM homeostasis in chondrocytes; Figure 5 |
| 药物处理(体内) | TRULI给药方案(关节腔注射10 μL,5 mg/mL,每周两次),DAPA给药方案(口服5 mg/kg每日),给药起始时间(术后0周或2周) 阅读提示:Methods: Animals; Figure 6a |
| 人软骨外植体实验 | 软骨来源(OA患者股骨头),IL-1β浓度(文中未明确),药物浓度梯度,培养时间(5天) 阅读提示:Methods: Collection and preparation of human articular cartilage explants; Figure 6e, f |
| 分子机制验证 | ZBTB20抗体用于CUT&Tag的验证,ChIP-qPCR引物序列,SC79和MK2206的浓度 阅读提示:Methods: CUT&Tag-seq, ChIP-qPCR; Results: Activation of NF-κB signaling by ZBTB20 requires suppression of Pten |