IGF2BP3在AGS细胞中倾向于调控与胃癌进展相关的基因的选择性剪接

胃癌已成为全球第五大恶性肿瘤，死亡率排名第四。IGF2BP3作为一种多功能RNA结合蛋白，参与调控选择性剪接（AS）和m6A修饰，并在胃癌发展中发挥致癌作用，但关于IGF2BP3对胃癌细胞选择性剪接的影响及其潜在机制知之甚少。在本研究中，我们在胃癌AGS细胞中过表达IGF2BP3（IGF2BP3-OE），并获得转录组测序数据（RNA-seq），以探讨IGF2BP3对基因表达和AS的影响。利用IGF2BP3的RNA结合谱来鉴定IGF2BP3如何结合并调节靶基因的表达和AS模式。IGF2BP3-OE导致479个差异表达基因（DEGs），其中大多数下调。我们选择了20个DEGs并通过RT-qPCR实验验证其表达模式，包括与胃癌发展相关的ZFAS1、DUSP9、GPX3、IDH2和H19。更重要的是，IGF2BP3-OE显著调节了数千个基因的AS模式，这些基因富集于mRNA剪接、细胞增殖和翻译通路。通过整合IGF2BP3的RNA结合谱，我们发现IGF2BP3结合偏好于调节结合基因的剪接模式，重叠基因也富集于mRNA剪接通路。我们通过RT-qPCR验证了S100A4和PLK3的AS模式变化。IGF2BP3可能通过调节胃癌细胞中的AS谱来调节胃癌的发展。总之，我们探索了IGF2BP3通过结合mRNA影响基因表达和选择性剪接的失调转录组谱，从而在胃癌细胞的发展中发挥作用。IGF2BP3及其鉴定的靶点对未来胃癌治疗具有潜在价值。