单细胞RNA测序数据分析
鉴定ESCC组织中不同细胞类型,并分析CCR7的表达模式
从GEO数据库获取GSE196756数据集,使用Seurat包进行细胞过滤、降维、聚类和注释,鉴定出10种主要细胞谱系,并分析CCR7在各细胞类型中的表达。
CCR7 in esophageal squamous cell carcinoma: an identification from single-cell and bulk transcriptome sequencing.
包含scRNA-seq和TCGA数据分析及体外细胞实验(CCK-8、EdU、迁移实验、巨噬细胞极化检测),但缺乏动物模型等体内验证。
ESCC细胞系KYSE-410、TE-13 食管上皮细胞Het-1A 人食管上皮细胞HEEC 巨噬细胞系RAW264.7
CCR7在ESCC细胞系KYSE-410和TE-13中的表达水平 CCR7敲低对ESCC细胞增殖、迁移和存活的影响 CCR7配体CCL19和CCL21在ESCC细胞中的表达 共培养体系中相关信号分子(RAS、PIK3CA、AKT1等)的表达变化 CCR7敲低对巨噬细胞M1/M2极化的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定ESCC组织中不同细胞类型,并分析CCR7的表达模式
从GEO数据库获取GSE196756数据集,使用Seurat包进行细胞过滤、降维、聚类和注释,鉴定出10种主要细胞谱系,并分析CCR7在各细胞类型中的表达。
评估CCR7与KRAS信号上调等通路的相关性,以及KRAS信号与细胞迁移的相关性
使用MSigDB的Hallmark和GO-BP基因集,通过Spearman相关分析CCR7与各通路评分的相关性,并使用AUCell和ssGSEA计算富集分数。
识别与CCR7相互作用的KRAS信号相关基因
将与CCR7和KRAS信号上调相关的基因上传至STRING数据库,构建PPI网络,筛选与CCR7相互作用的基因。
在体外验证CCR7对ESCC细胞功能的影响
培养ESCC细胞系(KYSE-410、TE-13)和正常食管上皮细胞Het-1A,通过siRNA转染敲低CCR7,进行后续功能实验。
检测CCR7敲低对ESCC细胞存活、增殖和迁移的影响
通过CCK-8实验检测细胞存活,EdU实验检测增殖,Transwell实验检测迁移。
评估CCR7对免疫相关细胞因子表达和巨噬细胞极化的影响
将ESCC细胞或Het-1A细胞与HEEC细胞共培养,检测免疫相关基因(IL1B、IL4、IL10)表达,并通过免疫荧光检测巨噬细胞标志物CD86(M1)和CD206(M2)的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Solarbio | D6540 |
| 牛血清 | Solarbio | S9020 | |
| 青霉素-链霉素 | iCell | iCell-15140-122 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂盒 | ThermoScientific | 11668027 |
| 细胞存活检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| 细胞增殖检测 | BeyoClick™ EdU细胞增殖试剂盒(Alexa Fluor 594) | Beyotime | C0078S |
| 细胞迁移检测 | Transwell小室 | -- | -- |
| 免疫荧光 | F4/80抗体 | ThermoScientific | MF48021 |
| CD86抗体 | Novus Bio | NBP2-34569AF488 | |
| CD206抗体 | ThermoScientific | 53-2061-82 | |
| 二抗 | Abcam | ab6708 | |
| DAPI | ThermoScientific | 62248 | |
| 定量PCR | Trizol试剂 | ThermoScientific | 15596-026 |
| cDNA合成试剂盒 | Beyotime | D7180S | |
| SYBR Green qPCR预混液 | Beyotime | D7260 | |
| Light Cycler 96实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 细胞存活检测 | 酶标仪 | Bio-Rad | -- |
| 细胞迁移检测 | 倒置显微镜 | Olympus | -- |
| 免疫荧光 | 荧光显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序数据分析 | 数据集GSE196756、细胞过滤参数(基因数200-8000、线粒体基因比例<10%)、聚类参数(dims=1:30, resolution=0.1) 阅读提示:Methods: ESCC scRNA-seq data collection; Cell filtering, dimensionality reduction, clustering and annotation |
| 基因集富集分析 | CCR7表达>0的细胞、相关系数及P值 阅读提示:Methods: Collection of genes related to GO-BP and Hallmark; Quantification on the enrichment of interested genes within single cell |
| 细胞培养与CCR7敲低 | 细胞系来源、siRNA转染条件(Lipofectamine 2000、48小时)、培养基成分 阅读提示:Methods: Cell culture and intervention |
| 细胞功能检测 | 细胞接种密度、检测时间点(12、24、36小时)、EdU孵育时间、迁移实验时间 阅读提示:Methods: Cell survival assay; EdU test; Cell migration assay |
| 免疫应答和巨噬细胞极化检测 | 共培养方案、抗体浓度(1:500)、孵育条件 阅读提示:Methods: Macrophage polarization determination via immunofluorescence |