识别共差异表达基因
从两个肾结石啮齿动物模型数据集中筛选出共同的差异表达基因。
从GEO数据库获取GSE89028和GSE75542数据集,使用limma包识别DEGs,并取交集得到28个co-DEGs。
Characterizing Chemokine Signaling Pathways and Hub Genes in Calcium Oxalate-Induced Kidney Stone Formation: Insights from Rodent Models.
包含生物信息学分析、细胞实验(qRT-PCR和Western blot)及外部队列验证,但缺乏体内功能实验和机制验证,实验层级为分析加体外验证。
HK-2细胞 GHS大鼠模型 乙二醇诱导的大鼠肾结石模型 APRT缺陷小鼠模型(GSE18160)
HK-2细胞在2 mM COM刺激6小时的条件 GSE89028和GSE75542数据集的筛选标准(p<0.05,|log2FC|>1) GSE18160数据集验证枢纽基因表达 qRT-PCR和Western blot检测CCL2、CXCL1、CXCL2表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从两个肾结石啮齿动物模型数据集中筛选出共同的差异表达基因。
从GEO数据库获取GSE89028和GSE75542数据集,使用limma包识别DEGs,并取交集得到28个co-DEGs。
探索co-DEGs涉及的生物学过程和信号通路。
使用GO和KEGG富集分析,以及GSEA分析,确定显著富集的通路。
通过蛋白质相互作用网络识别关键基因。
利用STRING数据库构建PPI网络,通过Cytoscape的MCODE和CytoHubba插件鉴定hub基因。
在独立数据集和细胞模型中验证hub基因的表达。
分析GSE18160数据集,并在HK-2细胞中通过qRT-PCR和Western blot验证CCL2、CXCL1、CXCL2的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与处理 | HK-2细胞 | Pricella | -- |
| 细胞处理 | 草酸钙一水合物 | Sigma-Aldrich | -- |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂 | Vazyme | R401-01 |
| RNA浓度测定 | NanoDrop分光光度计 | NanoDrop Technologies | -- |
| 逆转录 | PrimeScript RT Master Mix | Takara | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green qPCR预混液 | Takara | -- |
| Gentier 96实时荧光定量PCR仪 | Tianlong | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | EpiZyme | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 化学发光检测系统 | Tianneng | -- | |
| CCL2抗体 | Proteintech | -- | |
| CXCL1抗体 | Proteintech | -- | |
| CXCL2抗体 | Proteintech | -- | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | HK-2细胞培养基类型;COM浓度2 mM;刺激时间6小时;处理条件和对照组需一致 阅读提示:Methods中的Cell Culture部分 |
| qRT-PCR | RNA提取方法、逆转录体系、qPCR体系(1 µL cDNA,10 µL反应体积)、引物序列、内参基因(β-actin)、相对定量方法(2^-ΔΔCT)、三次重复 阅读提示:Methods中的Quantitative RT-PCR部分 |
| Western blot | 蛋白提取方法、上样量30 µg、SDS-PAGE凝胶浓度12.5%、一抗和二抗的稀释倍数、孵育时间、内参蛋白(GAPDH) 阅读提示:Methods中的Western Blot部分 |
| 生信分析 | GSE75542和GSE89028数据集的样本分组和筛选标准(p<0.05, |log2FC|>1)、STRING数据库置信度阈值0.4 阅读提示:Methods中的Miroarrays和Identification of Co-DEGs部分 |