FUT1表达谱分析
评估FUT1在33种癌症中的表达差异及与正常组织的比较。
利用CCLE、TCGA和GTEx数据库,分析FUT1 mRNA表达水平,并比较肿瘤与正常组织的表达差异。
Comprehensive Multi-Omics Analysis Identifies FUT1 as a Prognostic and Therapeutic Biomarker Across Pan-Cancer.
包含基于公共数据库的广泛生信分析和体外细胞实验验证,但缺乏体内实验和机制深入验证。
UMUC3膀胱癌细胞系 MDA-MB-361乳腺癌细胞系 HCT116结直肠癌细胞系 TCGA和GTEx队列
FUT1表达水平与预后的关联(TCGA和GTEx数据) FUT1敲低效率验证(qRT-PCR) 细胞增殖检测条件(CCK-8和集落形成实验) 侵袭和迁移实验条件(Transwell和伤口愈合实验) 药物敏感性分析(GDSC和CTRP数据库)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FUT1在33种癌症中的表达差异及与正常组织的比较。
利用CCLE、TCGA和GTEx数据库,分析FUT1 mRNA表达水平,并比较肿瘤与正常组织的表达差异。
探究FUT1表达与患者生存预后的关联,并评估其诊断准确性。
进行Kaplan-Meier生存分析、Cox回归分析,以及ROC曲线分析。
分析FUT1的基因组改变及其与基因组不稳定性的关联。
使用cBioPortal分析FUT1突变、扩增和深缺失频率,并计算与基因组不稳定性评分的相关性。
探究FUT1参与的通路和生物功能。
使用GSVA和GSEA分析FUT1与各通路的相关性。
评估FUT1表达与免疫细胞浸润、免疫评分、TMB和MSI的关系。
使用TCGAplot包分析免疫相关基因和免疫评分。
探究FUT1表达与药物敏感性(IC50)的关联。
利用GDSC数据库分析FUT1表达与药物IC50的相关性。
验证FUT1对癌细胞增殖、侵袭和迁移的促进作用。
在UMUC3、MDA-MB-361和HCT116细胞中敲低FUT1,进行CCK-8、集落形成、Transwell侵袭和伤口愈合实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | PM150210 |
| Leibovitz's L-15培养基 | Pricella | PM151010 | |
| 胎牛血清 | Pricella | 164210-50 | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668030 | |
| 基因敲低 | 小于扰RNA | GenePharma | -- |
| RNA提取 | Steadypure快速RNA提取试剂盒 | Accurate Biology | AG21023 |
| 逆转录 | HiScript II Q RT SuperMix逆转录试剂 | Vazyme | R223 |
| qRT-PCR | SYBR Green预混液 | Vazyme | Q711 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Biosharp Life Sciences | -- |
| 细胞侵袭检测 | 基质胶 | -- | -- |
| 细胞培养 | 结晶紫 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、FBS浓度、青霉素-链霉素浓度、CO2浓度、温度 阅读提示:Methods and Materials: Cell culture and transfection |
| 基因敲低 | siRNA序列、转染试剂、转染时间 阅读提示:Methods and Materials: Cell culture and transfection |
| qRT-PCR | RNA提取试剂、逆转录试剂、SYBR Master Mix、引物序列、内参基因 阅读提示:Methods and Materials: Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) |
| CCK-8实验 | 细胞数量、培养时间、CCK-8试剂体积、孵育时间、测量波长 阅读提示:Methods and Materials: CCK-8 assay |
| 集落形成实验 | 细胞数量、培养时间、固定和染色方法 阅读提示:Methods and Materials: Colony formation assay |
| Transwell侵袭实验 | 基质胶稀释比例、上室细胞数量、下室FBS浓度、孵育时间 阅读提示:Methods and Materials: Transwell matrigel invasion assay |
| 伤口愈合实验 | 细胞培养至单层、划痕工具、无血清处理、观察时间点 阅读提示:Methods and Materials: Wound-healing assay |