临床样本和数据库分析JMJD6表达及预后
评估JMJD6在肺癌组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
利用TCGA、CPTAC和GEO数据库进行表达和生存分析;对25例肺癌组织和25例正常肺组织进行免疫组化染色;对4种肺癌细胞系和BEAS-2B进行RT-qPCR检测;单细胞RNA-seq数据分析。
JMJD6 K375 acetylation restrains lung cancer progression by enhancing METTL14/m6A/SLC3A2 axis mediated cell ferroptosis.
包含体外细胞功能实验、体内异种移植瘤模型、临床样本分析以及分子机制验证(如ChIP、MeRIP、乙酰化位点突变等),多个独立证据层级。
非小细胞肺癌细胞系H460、H157、A549、H1299 人正常肺上皮细胞BEAS-2B Balb/c裸鼠异种移植瘤模型 肺癌患者肿瘤组织样本
H1299和H460细胞中JMJD6过表达对增殖、迁移和侵袭的影响 A549和H157细胞中JMJD6敲低对细胞功能的影响 Erastin(25 μM)和Ferrostatin-1(20 μM)处理浓度和时间(48 h) JMJD6 K375R/K375Q突变对METTL14/SLC3A2表达和铁死亡的影响 体内异种移植实验中Erastin给药剂量(30 mg/kg)和频率(每三天一次)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估JMJD6在肺癌组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
利用TCGA、CPTAC和GEO数据库进行表达和生存分析;对25例肺癌组织和25例正常肺组织进行免疫组化染色;对4种肺癌细胞系和BEAS-2B进行RT-qPCR检测;单细胞RNA-seq数据分析。
确定JMJD6过表达或敲低对肺癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。
在H1299和H460细胞中过表达JMJD6,在A549和H157细胞中敲低JMJD6,并通过CCK-8、集落形成、EdU、伤口愈合和Transwell实验检测细胞功能。
探究JMJD6是否调节肺癌细胞的铁死亡过程。
使用Erastin诱导铁死亡,检测ROS、MDA、JC-1、细胞活力;建立异种移植瘤模型并给予Erastin处理。
阐明JMJD6如何通过METTL14影响SLC3A2表达。
通过RNA-seq、TCGA数据库关联分析、Western blot、RT-qPCR、CUT&Tag、ChIP-qPCR、MeRIP、mRNA稳定性实验和双荧光素酶报告基因实验,验证JMJD6调控METTL14和SLC3A2表达及其机制。
确定JMJD6是否被乙酰化修饰,并探究其功能影响。
通过免疫沉淀、质谱鉴定乙酰化位点,构建K375R和K375Q突变体,检测乙酰化对JMJD6功能的影响;验证PCAF与JMJD6相互作用及乙酰化作用。
评估JMJD6 K375乙酰化对异种移植瘤生长的影响。
将表达JMJD6-WT、K375R和K375Q的H1299细胞皮下注射到裸鼠,测量肿瘤体积和重量;对肿瘤组织进行免疫组化检测。
探究JMJD6 K375乙酰化水平在肺癌患者中的临床意义。
使用JMJD6-acK375抗体对68例肺癌组织进行免疫组化,分析乙酰化水平与临床病理特征及生存期的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 蛋白检测 | JMJD6抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-28348 |
| METTL14抗体 | CST | 48699 | |
| SLC3A2抗体 | Abways | CY8416 | |
| GAPDH抗体 | Abways | AB2000 | |
| Flag标签抗体 | Abways | AB0030 | |
| HA标签抗体 | proteintech | 51064-2-AP | |
| 乙酰化赖氨酸抗体 | CST | 9441 | |
| JMJD6-acK375抗体 | Jiaxuan Biotech | JXR7611 | |
| 兔抗山羊IgG (H+L) HRP | Abways | AB0101 | |
| RNA提取 | Beyozol总RNA提取试剂 | Beyotime | R0011 |
| 反转录 | Hifair®III第一链cDNA合成SuperMix | YEASEN | 11141ES60 |
| qPCR | SYBR Green预混液 | YEASEN | 11202ES08 |
| QuantStudio 3检测系统 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 细胞增殖 | CCK-8细胞增殖试剂盒 | US EVERBRIGHT | -- |
| BeyoClick EdU细胞增殖试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 结晶紫 | Beyotime | -- | |
| 铁死亡 | Erastin | MedChemExpress | HY-15763 |
| Ferrostatin-1 | MedChemExpress | HY-100579 | |
| 丙二醛检测试剂盒 | Beyotime | S0131S | |
| 线粒体膜电位 | 线粒体膜电位检测试剂盒 | Beijing Solarbio Science&Technology Co.,Ltd | M8650 |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| 流式分析 | 流式细胞仪 | BD ACCURI C6 PLUS | -- |
| GST pull-down | GST Sep谷胱甘肽琼脂糖树脂 | YEASEN | 20507ES10 |
| ChIP | ChIP检测试剂盒 | Beyotime | P2078 |
| MeRIP | m6A RNA富集试剂盒 | Epigentek | -- |
| 激光共聚焦 | 激光共聚焦显微镜 | Carl Zeiss AG | ZEISS |
| JMJD6抑制剂 | SKLB325 | MCE | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型、血清浓度、培养条件(5% CO2,37°C) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture, reagents and antibodies |
| 体外功能实验 | 过表达和敲低方法(稳定转染)、细胞数量(如700细胞/孔)、处理时间(如2周、12小时、6-8小时迁移、24-48小时侵袭) 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation, migration and invasion assays; Results相应小节 |
| 铁死亡实验 | Erastin浓度(25 μM)和处理时间(48小时)、Ferrostatin-1浓度(20 μM)和处理时间(48小时)、检测指标(ROS、MDA、JC-1、细胞活力) 阅读提示:Materials and methods: Cell viability and MDA; ROS and JC-1 assays |
| 分子机制研究 | ChIP-qPCR、MeRIP、CUT&Tag、mRNA稳定性实验(Actinomycin D处理)的具体条件,如抗体、细胞系、引物等 阅读提示:Materials and methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay; MeRIP assays; Results相应小节 |
| 体内异种移植瘤模型 | 动物品系(Balb/c裸鼠)、细胞接种量(1×10^6)、Erastin剂量(30 mg/kg)和给药频率(每三天一次)、肿瘤测量时间点 阅读提示:Materials and methods: In vivo xenograft tumor growth experiments |
| 临床样本分析 | 样本量(25对组织、68例肺癌组织)、免疫组化评分标准、抗体浓度(1:200) 阅读提示:Materials and methods: Immunofluorescence and immunohistochemistry staining; Results: JMJD6 expression... 和 Elevated JMJD6 acetylation... |