生信分析和临床样本验证SEPP1表达与CD8+ T细胞相关性
探究SEPP1在胰腺癌中的表达及其与CD8+ T细胞浸润的相关性。
利用GEO数据集识别差异表达基因,通过TIMER分析SEPP1与CD8+ T细胞丰度相关性;在34例患者胰腺肿瘤和癌旁组织中用qRT-PCR和IHC验证SEPP1表达。
KAT8 catalyzes the acetylation of SEPP1 at lysine 247/249 and modulates the activity of CD8+ T cells via LRP8 to promote anti-tumor immunity in pancreatic cancer.
包含体外共培养、异种移植与肝转移小鼠模型、患者样本、多种分子检测及功能验证。
PANC-1和BxPC-3人胰腺癌细胞系 KPC和Pan02小鼠胰腺癌细胞系 C57BL/6小鼠皮下异种移植模型 BALB/c裸鼠异种移植模型 PC细胞-MDSCs共培养体系
SEPP1表达与CD8+ T细胞丰度正相关(基于GEO和TIMER分析) KAT8催化SEPP1 K247/249乙酰化(通过K-to-R突变和MG149抑制验证) SEPP1通过LRP8损害MDSCs存活(共培养和体内抗体阻断) SEPP1重组蛋白增强抗PD-1疗效(C57BL/6小鼠模型)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究SEPP1在胰腺癌中的表达及其与CD8+ T细胞浸润的相关性。
利用GEO数据集识别差异表达基因,通过TIMER分析SEPP1与CD8+ T细胞丰度相关性;在34例患者胰腺肿瘤和癌旁组织中用qRT-PCR和IHC验证SEPP1表达。
评估SEPP1过表达对胰腺癌生长和肝转移的作用,以及其对CD8+ T细胞和MDSCs的影响。
将SEPP1过表达或对照Pan02细胞皮下注射或尾静脉注射至C57BL/6小鼠,监测肿瘤生长和肝转移,通过流式细胞术分析肿瘤浸润免疫细胞。
确定KAT8是否通过催化SEPP1在K247/249位点的乙酰化来上调其表达。
在HEK293T和PANC-1细胞中过表达或敲低KAT8,检测SEPP1蛋白和乙酰化水平;使用MG149抑制KAT8活性;通过K-to-R突变验证乙酰化位点。
探究SEPP1是否通过LRP8抑制MDSCs的存活。
将转染SEPP1的PC细胞与MDSCs共培养,检测MDSCs增殖和凋亡;敲低LRP8后观察效应变化。
验证SEPP1与LRP8的相互作用对CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫的影响。
将SEPP1过表达或对照Pan02细胞皮下注射C57BL/6小鼠,并给予抗LRP8抗体,监测肿瘤生长、MDSCs和CD8+ T细胞比例。
评估SEPP1重组蛋白是否增强抗PD-1疗法在胰腺癌模型中的疗效。
在C57BL/6小鼠皮下接种KPC或Pan02细胞,从第15天起给予rmSEPP1和/或抗PD-1抗体,监测肿瘤生长、CD8+ T细胞功能和MDSCs数量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI1640培养基 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | MG149 | Sigma-Aldrich | -- |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞培养 | 细胞培养插入小室 | Corning | -- |
| 免疫组化 | 抗SEPP1抗体 | Abcam | ab155185 |
| 抗Ki-67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| Western blot | 抗KAT8抗体 | Abcam | ab200660 |
| 抗乙酰赖氨酸抗体 | Abcam | ab190479 | |
| 抗β-actin抗体 | Abcam | ab8226 | |
| ECL底物 | Beyotime | -- | |
| 免疫荧光 | 抗LRP8抗体 | Invitrogen | PA5-87962 |
| Alexa Fluor 488偶联二抗 | Invitrogen | A21428 | |
| 流式细胞术 | 抗CD3抗体 | Abcam | ab16669 |
| 抗CD4抗体 | Abcam | ab133616 | |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab237709 | |
| 抗IFN-γ抗体 | Invitrogen | 12-7319-42 | |
| Annexin V凋亡检测试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| 动物实验 | D-荧光素 | Invitrogen | -- |
| IVIS小动物活体成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 抗PD-L1抗体 | Bio X cells | 29 | |
| 小鼠SEPP1重组蛋白 | Sangon | -- | |
| RGX-104 | -- | -- | |
| GW3965 | -- | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| SYBR Green定量RT-qPCR试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- | |
| ABI7500实时荧光定量PCR仪 | ABI | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液 | Beyotime | -- |
| 酶标仪 | Bio-Rad | -- | |
| CTL实验 | LDH检测试剂盒 | Abcam | ab102526 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 患者来源、样本类型、收集时间 阅读提示:Materials and Methods 部分 Clinical specimens |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清、添加因子 阅读提示:Materials and Methods 部分 Cell culture |
| 药物处理 | MG149浓度(2 µM)和时长(24小时),CHX浓度(5 µg/mL)和时间点(0、4、8小时) 阅读提示:Materials and Methods 部分 Cell culture |
| 体内实验 | 动物品系、周龄、性别、每组数量、注射细胞数和途径、肿瘤测量频率 阅读提示:Materials and Methods 部分 Animal study |
| 抗体处理 | 抗LRP8抗体剂量(200 µg/小鼠)、抗PD-1抗体剂量(10 mg/kg)、给药间隔和次数 阅读提示:Materials and Methods 部分 Animal study |
| 共培养体系 | 细胞密度、培养时间、插入小室类型 阅读提示:Materials and Methods 部分 Cell culture, treatment, transfection and co-culture system |
| 流式细胞术 | 抗体克隆号、染色条件、固定破膜试剂盒 阅读提示:Materials and Methods 部分 Flow cytometry |
| 统计方法 | 重复次数、统计检验(ANOVA或t检验)、显著性阈值(P<0.05) 阅读提示:Materials and Methods 部分 Statistical analysis |