验证机械张力对铁死亡敏感性的影响
探究不同机械张力条件下癌细胞对铁死亡诱导剂的反应差异。
通过改变细胞密度(稀疏vs密集)或使用不同刚度的水凝胶培养细胞,并用RSL3或erastin处理,检测细胞死亡和活力。
Autophagy induced by mechanical stress sensitizes cells to ferroptosis by NCOA4-FTH1 axis.
包含体外细胞模型(密度、刚度)、体内肿瘤模型、临床TCGA数据分析和机制验证(如自噬、相分离)。
MCF10AT细胞 MDA-MB-231细胞 HCT116细胞 MDA-MB-231皮下移植瘤裸鼠模型
细胞密度(稀疏 vs 密集)和基质刚度(硬 vs 软)对铁死亡敏感性的影响 细胞内自由铁水平(FerroOrange染色)和FTH1表达 自噬活性(LC3B-II水平和mCherry-GFP-LC3B斑点数) NCOA4表达及其与FTH1的共定位 体内肿瘤模型中NOPP和RSL3或放射联合治疗的效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究不同机械张力条件下癌细胞对铁死亡诱导剂的反应差异。
通过改变细胞密度(稀疏vs密集)或使用不同刚度的水凝胶培养细胞,并用RSL3或erastin处理,检测细胞死亡和活力。
探究机械张力是否通过改变细胞内铁水平影响铁死亡敏感性。
使用FerroOrange探针检测细胞内自由铁水平,并通过外源性补充亚铁铵硫酸盐观察对铁死亡敏感性的影响。
探究机械张力是否通过调节FTH1表达影响铁代谢。
在不同机械条件下检测FTH1蛋白和mRNA水平,并通过siRNA敲低FTH1和FTL观察对铁死亡敏感性的影响。
探究机械张力是否通过自噬途径调节FTH1水平。
使用mCherry-GFP-LC3B系统检测自噬活性,并通过药理学或遗传学手段调节自噬,观察对FTH1和铁死亡敏感性的影响。
探究机械张力是否通过影响FTH1相分离来调节铁蛋白自噬。
通过免疫荧光观察FTH1斑点的形成,并使用FRAP实验验证其相分离特性。
探究NCOA4是否作为关键分子介导机械张力对铁蛋白自噬和铁死亡的影响。
检测不同机械条件下NCOA4的表达和定位,并通过过表达或敲低NCOA4观察对铁死亡敏感性的影响。
在动物模型中验证机械张力对肿瘤铁死亡的影响。
将MDA-MB-231细胞接种到裸鼠皮下,通过肿瘤内注射NOPP调节机械应力,并结合RSL3或放疗,观察肿瘤生长。
探究临床肿瘤样本中机械张力相关基因表达与自噬、铁死亡指标的相关性。
使用TCGA数据库中肝癌和乳腺癌患者数据,通过GSVA计算机械评分、自噬评分、铁离子转运评分和铁死亡评分,并进行比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco | C11330500 |
| 胎牛血清 | Gibco | SX1101 | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime Institute of Biotechnology | C0222 | |
| 马血清 | Gibco | 26050088 | |
| 重组人EGF | PeproTech | AF-100-15 | |
| 胰岛素 | Solarbio | LG-M115003 | |
| 霍乱毒素 | Absin | abs80003 | |
| 氢化可的松 | APExBIO | B1951 | |
| McCoy's 5A培养基 | Procell | PM150710 | |
| LAP光引发剂 | Engineering For Life | EFL-GM-60 | |
| 甲基丙烯酰化明胶 | Engineering For Life | EFL-GM-60 | |
| 药物处理 | 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D8418 |
| erastin | Sigma-Aldrich | E7781 | |
| RSL3 | Selleck Chemicals | S8155 | |
| ferrostatin-1 | MedChemExpress | HY-100579 | |
| 硫酸亚铁铵 | Sinopharm Chemical Reagent | 7783-85-9 | |
| 巴弗洛霉素A1 | Selleck Chemicals | S1413 | |
| 雷帕霉素 | Bio Basic | A606203 | |
| 转染 | Lipofectamine RNAi-MAX | Thermo Fisher Scientific | 13778150 |
| TransIT-LT1转染试剂 | Mirus Bio | MIR | |
| 细胞活力检测 | CCK-8细胞计数试剂盒 | NCM Biotech | C6005 |
| 蛋白提取 | HEPES | Sigma-Aldrich | V900477 |
| 氯化钠 | Sinopharm Chemical Reagent | 10019318 | |
| Triton X-100 | Beyotime Institute of Biotechnology | P0096 | |
| 甘油 | Sangon Biotech | A600232 | |
| NP-40 | Solarbio | N8030 | |
| 氯化镁 | aladdin | M113687 | |
| DL-二硫苏糖醇 | YEASEN | 20311 | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693132001 | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPFL00010 |
| 抗FTH1抗体 | Cell Signaling Technology | 4393 | |
| 抗NCOA4抗体 | Cell Signaling Technology | 66849 | |
| 抗GAPDH抗体 | Millipore | 3241215 | |
| 抗LC3B抗体 | Proteintech | 18725-1-AP | |
| 抗GPX4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-166570 | |
| 泛素抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8017 | |
| RNA提取 | SimplyP总RNA提取试剂盒 | Bioer | BSC52 |
| cDNA合成 | HiScript III qRT SuperMix | Vazyme Biotech | R323-01 |
| RT-qPCR | QuantStudio 1实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- |
| 自噬流分析 | Ad-mCherry-GFP-LC3B腺病毒 | Beyotime Institute of Biotechnology | C3011 |
| PI染色 | PI工作液 | Solarbio | C0080 |
| 结晶紫染色 | 结晶紫 | Sinopharm Chemical Reagent | Alfa-022866 |
| Fe2+染色 | FerroOrange荧光探针 | Dojindo Laboratories | F374 |
| 免疫荧光 | 牛血清白蛋白 | Beyotime Institute of Biotechnology | ST023 |
| ProLong-DAPI封片剂 | Invitrogen | P36971 | |
| 抗FTH1抗体 | Cell Signaling Technology | 4393 | |
| 抗LC3B抗体 | Novus | NB100-2220 | |
| Acti-stain 555鬼笔环肽 | Cytoskeleton | PHDH1 | |
| 免疫组织化学 | 抗p-MYL2抗体 | Cell Signaling Technology | 3675 |
| Polymer-HRP山羊抗小鼠/兔二抗试剂盒 | AiFang Biological | AFIHC001 | |
| DAB显色液 | AiFang Biological | AFIHC004 | |
| 仪器 | 多功能酶标仪 | BioTek | -- |
| Tanon5200全自动化学发光图像分析仪 | Tanon | -- | |
| Nanodrop2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 激光扫描共聚焦显微镜FV1200 | Olympus | -- | |
| FRAP | AX/AX R共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基配方、培养条件 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 机械应力模型 | 细胞密度(稀疏/密集)、基质刚度(硬/软)、Y27632和ML-7浓度 阅读提示:Results: Figure 1, Figure 2, Figure 3;Materials and methods: Cell culture on gelatin methacryloyl hydrogels |
| 铁死亡诱导 | RSL3浓度、处理时间 阅读提示:Materials and methods: Drug treatments |
| 铁水平检测 | FerroOrange浓度、孵育时间 阅读提示:Materials and methods: Fe2+ staining |
| 自噬分析 | mCherry-GFP-LC3B感染时间、BafA1浓度 阅读提示:Materials and methods: Autophagy flux analysis;Results: Figure 4 |
| 体内实验 | 动物品系、细胞接种数量、NOPP和RSL3剂量、放疗剂量 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments;Results: Figure 6 |
| 临床数据分析 | TCGA数据版本、基因集选择、评分方法 阅读提示:Materials and methods: TCGA data analysis |