转录组分析筛选差异基因
鉴定RIR后视网膜中表达变化的基因。
对RIR诱导后72小时的视网膜组织进行RNA-seq,鉴定差异表达基因,发现Sorcs2和Lama1下调。
Astragalus polysaccharide attenuates retinal ischemia reperfusion-induced microglial activation through sortilin-related vacuolar protein sorting 10 domain containing receptor 2/laminin subunit alpha 1 upregulation.
包含转录组分析、体外细胞模型、体内大鼠模型、基因过表达功能验证、氧化应激调控机制验证及药物干预评估,形成多层级验证。
HAPI大鼠小胶质细胞系 Sprague-Dawley大鼠视网膜缺血再灌注模型
RIR模型:Sprague-Dawley大鼠,8周龄,200-225g,眼内压升高60分钟诱导缺血 OGD/R模型:HAPI细胞,无糖DMEM缺氧8小时,再灌注24小时 慢病毒处理:尾静脉注射1×10^9空斑形成单位,RIR前3天 AP处理:体外1-100 μg/mL,体内5 mg/kg/天腹腔注射 检测指标:CD11b+Iba-1+小胶质细胞群、M1标志物(iNOS、CD11b、CD86、CD68)、促炎细胞因子(TNF-α、IL-1β、IL-6)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定RIR后视网膜中表达变化的基因。
对RIR诱导后72小时的视网膜组织进行RNA-seq,鉴定差异表达基因,发现Sorcs2和Lama1下调。
在体外模拟RIR条件,验证Sorcs2和Lama1的表达变化及小胶质细胞活化表型。
对HAPI细胞进行OGD/R处理,检测细胞增殖、迁移、ROS水平、M1标志物和炎症因子表达。
验证Sorcs2和Lama1过表达对OGD/R诱导的小胶质细胞活化的影响。
用慢病毒载体过表达Sorcs2或Lama1,然后进行OGD/R处理,检测细胞增殖、迁移、ROS、M1标志物和炎症因子。
验证ROS是否介导Sorcs2和Lama1的下调及小胶质细胞活化。
应用N-乙酰半胱氨酸(NAC)中和OGD/R诱导的ROS,检测Sorcs2和Lama1表达及小胶质细胞活化。
在RIR大鼠模型中验证Sorcs2和Lama1过表达对体内小胶质细胞活化及炎症的影响。
RIR前尾静脉注射慢病毒载体,RIR后3天收集视网膜组织,检测基因表达、小胶质细胞比例、炎症因子和ROS。
评估AP对OGD/R诱导的小胶质细胞活化的影响及其机制。
在不同浓度AP存在下进行OGD/R处理,检测ROS、增殖、迁移、M1标志物、炎症因子及Sorcs2/Lama1表达。
评估AP在RIR大鼠模型中对小胶质细胞活化及炎症损伤的改善作用。
RIR模型建立期间给予AP腹腔注射,检测视网膜组织中小胶质细胞比例、ROS、炎症因子和Sorcs2/Lama1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | PM150210 |
| 胎牛血清 | Procell | 164210-500 | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | PB180120 | |
| 无糖DMEM | Procell | PM150275 | |
| 药物处理 | 黄芪多糖 | MedChemExpress | HY-159066 |
| 动物实验 | 托吡卡胺滴眼液 | Santen Pharmaceutical Co., Ltd. | 230617 |
| 红霉素软膏 | Valeant Pharmaceuticals International | 1303791 | |
| RNA提取 | TRIzol提取试剂盒 | Vazyme | R401-01 |
| RNA测序 | Kapa链定向mRNA文库制备试剂盒 | Kapa Biosystems | KK8420 |
| Illumina HiSeq 2500平台 | Illumina | -- | |
| RT-qPCR | RNeasy迷你试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| PrimeScript™ RT试剂盒 | Takara | RR037A | |
| SYBR Green qPCR预混液 | MedChemExpress | HY-K0501 | |
| Western blot | RIPA裂解液(含蛋白酶抑制剂) | Zeye Biotech | ZP180201 |
| 抗CD11b抗体 | Abcam | ab128797 | |
| 抗F4/80抗体 | Abcam | ab100790 | |
| 抗CD68抗体 | Abcam | ab125212 | |
| 抗iNOS抗体 | Abcam | ab178954 | |
| 抗CD86抗体 | Abcam | ab238468 | |
| 抗Lama1抗体 | Invitrogen | PA5-119248 | |
| 抗Sorcs2抗体 | Proteintech | 55063-1-AP | |
| 抗肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8226 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Abcam | ab6721 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Abcam | ab205719 | |
| 增强化学发光试剂 | Zeye Biotech | ZP180301 | |
| 流式分析 | Fc受体封闭液(抗CD32) | BD Biosciences | 550270 |
| 别藻蓝蛋白偶联抗CD11b | BD Biosciences | 562102 | |
| 藻红蛋白偶联抗Iba-1 | Cell Signaling Technologies | 10513S | |
| LSRII流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | MedChemExpress | HY-K0301 |
| Synergy H1酶标仪 | BioTek Instruments | SH1-2024-BTK-0356 | |
| 炎症因子检测 | TNF-α、IL-1β、IL-6 ELISA试剂盒 | NeoBioscience | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering Institute | E004-1-1 |
| 2',7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯 | Sigma-Aldrich | D6883 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RIR动物模型 | 大鼠品系、年龄、体重;眼压升高持续时间;灌注液高度;麻醉方式 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - Animal model |
| OGD/R细胞模型 | 细胞系;无糖DMEM处理时间;再灌注时间;复氧条件 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - Cell culture and treatment |
| 慢病毒过表达 | 病毒滴度、注射途径、注射时间点 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - Animal model (Lentiviral treatment) |
| AP处理 | 体外浓度范围;体内剂量、给药途径、给药时长 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - Cell culture and treatment / Animal model (AP treatment) |
| 检测指标 | 小胶质细胞标志物(CD11b, Iba-1);M1标志物(iNOS, CD86, CD68);炎症因子(TNF-α, IL-1β, IL-6);ROS检测方法 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - Flow cytometry, Western blot, ELISA, ROS measurement |