KHSRP表达分析
确定KHSRP在胃癌组织和正常组织中的表达差异及其与临床特征的关系
使用TCGA数据库分析KHSRP表达,免疫组化检测80例胃癌和80例正常组织中的KHSRP表达,并通过Western blot验证。
KHSRP promotes cancer stem cell maintenance, tumorigenesis, and suppresses anti-tumor immunity in gastric cancer.
包含TCGA数据分析和临床组织芯片验证表达,体外功能获得/丧失实验,体内小鼠异种移植模型,并涉及机制验证(WNT通路)。
HGC-27细胞 MKN-45细胞 C3H/He小鼠异种移植模型 80例胃癌组织及配对正常组织
KHSRP过表达和敲低细胞系的构建:使用pLV3-CMV-3xFlag和pLKO.1-puro质粒转染,经嘌呤霉素筛选 细胞增殖检测:CCK8实验,每孔5000个细胞,连续检测4天 肿瘤球形成实验:2000-5000个细胞/孔,培养7-10天 迁移和侵袭实验:transwell实验,8μm孔径,迁移1×10^4细胞,侵袭2×10^4细胞,48小时 体内实验:C3H/He小鼠,皮下注射2×10^6个细胞/mL,共18只,观察2周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定KHSRP在胃癌组织和正常组织中的表达差异及其与临床特征的关系
使用TCGA数据库分析KHSRP表达,免疫组化检测80例胃癌和80例正常组织中的KHSRP表达,并通过Western blot验证。
评估KHSRP过表达对胃癌细胞增殖、干性和迁移的影响
构建KHSRP过表达的HGC27和MKN-45细胞系,通过CCK8、肿瘤球形成、Transwell实验和Western blot检测相关蛋白。
评估KHSRP敲低对胃癌细胞增殖、干性和迁移的影响
使用shRNA敲低KHSRP,检测细胞增殖、肿瘤球形成、迁移和侵袭能力,以及EMT和干性相关蛋白表达。
验证KHSRP是否通过WNT途径发挥作用
通过GSEA分析KHSRP相关通路,Western blot检测β-catenin和Cyclin D1表达,并敲低β-catenin观察迁移能力变化。
评估KHSRP敲低对肿瘤生长和免疫细胞浸润的影响
使用C3H/He小鼠皮下注射对照组和KHSRP敲低的HGC27细胞,监测肿瘤体积、重量,并进行IHC和流式分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875119 |
| DMEM高糖培养基 | Gibco | 11965 | |
| 胎牛血清 | Mikxlife | MK1123 | |
| 质粒构建与转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| 聚凝胺 | Santa Cruz | sc-134220 | |
| 嘌呤霉素 | Solarbio | P8230 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解缓冲液 | Beyotime | P0013B |
| 组织蛋白提取试剂 | ThermoFisher | 78510 | |
| Pierce BCA蛋白检测试剂盒 | ThermoFisher | 23227 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 牛血清白蛋白 | BioFroxx | 4240GR100 | |
| 增强化学发光试剂盒 | Millipore | WBULP-100 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Abbkine | KTA1020 |
| 肿瘤球形成实验 | 超低吸附培养板 | Corning | 3473 |
| Transwell迁移和侵袭实验 | 8μm孔径的Transwell板 | Corning | 354480 |
| Matrigel包被的膜 | Corning | 354603 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Biosharp | BL302A | |
| 0.5%结晶紫 | Beyotime | C0121 | |
| 组织学染色 | 苏木素染色液 | Solarbio | G1120 |
| 伊红染色液 | Solarbio | G1120 | |
| 免疫组织化学 | 柠檬酸盐-磷酸盐缓冲液 | Biosharp | BL619A |
| 3%过氧化氢 | G-clone | CS7730 | |
| DAB显色液 | Maxim | DAB-2031 | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | G-clone | CS9013 |
| Dylight 649标记的山羊抗小鼠IgG | Abbkine | A23610 | |
| 含DAPI的封片剂 | Beyotime | P0131 | |
| 流式细胞术 | CD44抗体 | ThermoFisher | 12-0441-82 |
| 流式细胞仪 | Beckman | cytoflex | |
| RT-qPCR | 组织总RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC112-01 |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher | 840-317400 | |
| HiScript IV逆转录预混液 | Vazyme | R433-01 | |
| SYBR Green预混液 | Vazyme | Q712 | |
| 实时PCR系统 | Bio-rad | 12011319 | |
| 质粒构建与转染 | pLV3-CMV-3xFlag过表达质粒 | Novopro | V015125 |
| pLKO.1-puro敲低质粒 | TranSheep | TV00431 | |
| pSPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| PDM2.0g包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| 0.45μm无菌过滤器 | MerckMillipore | SLHVR33RB | |
| 动物实验 | C3H/He小鼠 | GemPharmatech | -- |
| 免疫组织化学 | CD8抗体 | Santa Cruz | sc-1177 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(HGC-27, MKN-45, 293T),培养基类型(RPMI 1640, DMEM),血清浓度(10% FBS) 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and cell culture |
| 质粒构建与转染 | 质粒名称(pLV3-CMV-3xFlag, pLKO.1-puro),转染试剂(Lipofectamine 2000),筛选浓度(1 µg/mL puromycin),感染添加物(Polybrene 5 µg/mL) 阅读提示:Materials and Methods: Plasmid construction and transfection |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度(5000细胞/孔),检测时间(连续4天),CCK8试剂体积(10 µL) 阅读提示:Materials and Methods: Cell proliferation |
| 肿瘤球形成实验 | 细胞密度(2000-5000细胞/孔),培养时间(7-10天),培养板类型(超低吸附板) 阅读提示:Materials and Methods: Tumorsphere formation assay |
| 迁移和侵袭实验 | 细胞数量(迁移1×10^4,侵袭2×10^4),培养时间(48小时),基质胶(Matrigel) 阅读提示:Materials and Methods: Transwell migration and invasion assays |
| 体内实验 | 小鼠品系(C3H/He),周龄(4周),性别(雌性),数量(18只),注射细胞数(2×10^6个细胞/mL,80 μL),观察时间(2周) 阅读提示:Materials and Methods: Xenograft tumor model of GC cells |
| 免疫组化 | 抗原修复方法(柠檬酸盐-磷酸盐缓冲液,微波煮沸20分钟),封闭(5% BSA),一抗孵育(4°C过夜),DAB显色 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry (IHC) staining assay |
| 流式细胞术 | 细胞数量(约1×10^6),抗体(CD44, ThermoFisher 12-0441-82),孵育时间(30分钟,4°C,避光) 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry assay |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒(Vazyme RC112-01),逆转录试剂(HiScript IV All-in-One Ultra RT SuperMix),PCR条件(95°C 10分钟起始,40循环) 阅读提示:Materials and Methods: RT-qPCR Analysis |