差异表达基因筛选
鉴定EC与正常组织之间的差异表达基因。
使用TCGA-EC数据集,通过DESeq2包进行差异分析,设置adjusted p-value < 0.05和|log2FC| > 1.5,得到DEGs。
Identification and validation of glucose metabolism-related gene signature in endometrial cancer.
包含TCGA/GEO数据挖掘、临床样本RT-qPCR和IHC验证、体外细胞功能实验(CCK-8、Transwell、糖代谢检测)等多层级验证。
TCGA-EC数据集(554个EC样本和35个正常样本) GSE173682单细胞数据集 24对EC组织和癌旁组织 子宫内膜癌细胞系(Ishikawa、AN3CA、HEC-1A、KLE)及正常子宫内膜上皮细胞(EEC)
TCGA-EC数据集包含554个EC样本和35个正常样本,临床信息包含544个EC样本。 RT-qPCR验证使用24对EC组织和癌旁组织,每个样本4个复孔,实验重复3次。 SLC38A3敲低使用Ishikawa细胞,siRNA序列si#2和si#3;过表达使用EEC细胞,pcDNA3.1(+)质粒。 CCK-8实验:转染后24小时,每孔约2000细胞,培养72小时,在0、24、48、72小时检测。 Transwell实验:转染后24小时,3×10^5细胞置于8 μm孔径小室,培养24小时,每孔至少计数5个视野。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定EC与正常组织之间的差异表达基因。
使用TCGA-EC数据集,通过DESeq2包进行差异分析,设置adjusted p-value < 0.05和|log2FC| > 1.5,得到DEGs。
确定与EC预后相关的基因并构建风险模型。
对候选基因进行单变量Cox回归和LASSO回归分析,得到6个预后基因,构建风险评分模型,并在训练集和验证集中进行生存分析和ROC曲线评估。
分析预后基因在EC组织中的细胞类型特异性表达。
对GSE173682数据集进行质量控制、聚类分析、细胞通讯和伪时间轨迹分析。
验证候选基因在EC组织和正常组织中的表达水平。
使用RT-qPCR检测6个候选基因的表达,并使用IHC验证4个基因(SLC38A3、ALDH1B1、GAD1、GLYATL1)的蛋白表达。
探讨SLC38A3在EC细胞中的生物学功能。
在Ishikawa细胞中敲低SLC38A3,在EEC细胞中过表达SLC38A3,检测细胞增殖、迁移、葡萄糖摄取、乳酸产生和ATP生成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RT-qPCR | 组织/细胞提取试剂盒 | TIANGEN | -- |
| 逆转录试剂盒 | TaKaRa | -- | |
| PrimeScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | TaKaRa | -- | |
| 引物 | Sangon Biotech | -- | |
| 免疫组化 | 抗SLC38A3抗体 | Proteintech | 14315-1-AP |
| 抗GAD1抗体 | Proteintech | 10408-1-AP | |
| 抗ALDH1B1抗体 | Proteintech | 15560-1-AP | |
| 抗GLYATL1抗体 | Proteintech | 15717-1-AP | |
| 二抗 | Servicebio | G1213 | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Gibco | -- |
| 链霉素-青霉素 | Beyotime | -- | |
| DMEM培养基 | Wuhan Pricella Biotechnology Co. Ltd | -- | |
| McCoy's 5A培养基 | Wuhan Pricella Biotechnology Co. Ltd | -- | |
| MEM培养基 | Wuhan Pricella Biotechnology Co. Ltd | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗SLC38A3抗体 | -- | -- | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | -- | -- | |
| ECL试剂盒 | New cell & Molecular Biotech Co., Ltd. | -- | |
| ChemiDoc XRSVectorTM系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞转染 | siRNA-Mate Plus转染试剂 | -- | -- |
| pCDNA3.1(+)质粒 | -- | -- | |
| siRNA | Shanghai GenePharma Co., Ltd. | -- | |
| SLC38A3过表达质粒 | Shanghai GenePharma Co., Ltd. | -- | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂 | Beyotime | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | NEST | -- |
| 结晶紫 | Beyotime | -- | |
| 葡萄糖摄取 | 2-NBDG葡萄糖摄取细胞检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 乳酸检测 | L-乳酸比色检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| ATP检测 | ATP化学发光检测试剂盒 | Elabscience | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本类型:EC组织和癌旁组织;样本量:24对;收集时间:2023年4月至2024年5月;患者术前未接受放化疗 阅读提示:Materials and methods, EC tissues |
| RT-qPCR验证 | 内参基因:β-actin;每个样本4个复孔,实验重复3次;引物序列见补充表1 阅读提示:Materials and methods, Reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR); Figure 9a |
| 免疫组化验证 | 抗体:SLC38A3 (1:100, Cat#14315-1-AP), GAD1 (1:100, Cat#10408-1-AP), ALDH1B1 (1:100, Cat#15560-1-AP), GLYATL1 (1:100, Cat#15717-1-AP); 二抗稀释度1:200 (G1213) 阅读提示:Materials and methods, Immunohistochemistry (IHC) |
| 细胞培养 | 细胞系:Ishikawa, AN3CA, HEC-1A, KLE, EEC; 培养基:DMEM, McCoy's 5A, MEM;添加10% FBS和1% 双抗;培养条件:37°C, 5% CO2 阅读提示:Materials and methods, Cell lines and cell culture |
| SLC38A3功能实验 | 敲低:siRNA (si#2, si#3)转染Ishikawa细胞;过表达:pcDNA3.1(+)-SLC38A3转染EEC细胞;CCK-8:2000细胞/孔,检测0-72h;Transwell:3×10^5细胞/孔, 8μm孔径,培养24h 阅读提示:Materials and methods, Cell transfection, CCK-8 assay, Transwell assay; Figure 10 |
| 糖代谢检测 | 葡萄糖摄取:2-NBDG试剂盒;乳酸:L-乳酸比色试剂盒;ATP:ATP化学发光试剂盒 阅读提示:Materials and methods, Glucose uptake, lactate production, and ATP measurement |