临床样本和生物信息学分析
评估胃癌组织中铁沉积、LCN2表达、内质网应激标志物及C5aR1表达水平及其与预后的关联。
对30例胃癌和癌旁组织进行Perls蓝染色、Western blot、免疫组化检测铁沉积、LCN2、CHOP、GRP78和C5aR1表达;利用TCGA数据和Kaplan-Meier Plotter分析差异表达和生存预后。
The role of the C5a-C5aR pathway in iron metabolism and gastric cancer progression.
研究包含临床样本检测、体外细胞实验、体内动物模型等多个独立证据层级,并通过抑制剂实验明确了C5a-C5aR通路对巨噬细胞极化和LCN2表达的调控作用。
THP-1人单核细胞系 RAW264.7小鼠巨噬细胞系 BGC-823胃癌细胞系 BALB/c裸鼠胃癌移植瘤模型
C5a刺激浓度为100 ng/mL,处理48小时 C5aRA预处理浓度为10 nM,处理3小时 BGC-823细胞皮下接种数量为2×10^6,每两天尾静脉注射C5aRA 1 mg/kg,共15天 临床胃癌及癌旁组织标本来源于2021至2023年30例胃切除患者
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估胃癌组织中铁沉积、LCN2表达、内质网应激标志物及C5aR1表达水平及其与预后的关联。
对30例胃癌和癌旁组织进行Perls蓝染色、Western blot、免疫组化检测铁沉积、LCN2、CHOP、GRP78和C5aR1表达;利用TCGA数据和Kaplan-Meier Plotter分析差异表达和生存预后。
验证C5a-C5aR通路是否通过巨噬细胞分泌的因子影响胃癌细胞活力和铁含量。
PMA诱导THP-1分化为巨噬细胞,用C5a、C5aRA、ZINC00640089处理,收集条件培养基培养BGC-823、HGC-27和AGS细胞,CCK-8检测细胞活力,铁含量检测试剂盒测铁含量。
验证C5a-C5aR通路对巨噬细胞M1/M2极化的影响。
THP-1和RAW264.7细胞经PMA诱导(THP-1)后,用C5a和C5aRA处理,通过RT-qPCR检测M1(CCR7,CCL3)和M2(CD206)标志物表达。
验证C5a-C5aR通路是否通过激活内质网应激上调LCN2表达。
THP-1和RAW264.7细胞经C5a、C5aRA或4-PBA处理后,用RT-qPCR和Western blot检测LCN2和内质网应激标志物(ATF4、CHOP、GRP78)的表达。
验证C5aR拮抗剂C5aRA对胃癌移植瘤生长及肿瘤微环境的影响。
BGC-823细胞皮下接种BALB/c裸鼠,成瘤后每两天尾静脉注射C5aRA或生理盐水,15天后处死,检测肿瘤体积、重量,并通过免疫组化、免疫荧光、流式细胞术和Western blot检测巨噬细胞极化、内质网应激标志物、LCN2表达及铁沉积。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞培养与分化 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Sigma | P1585-1MG |
| 细胞处理 | 重组人C5a蛋白 | Beyotime Biotechnology | -- |
| C5a受体拮抗剂 | GL Biochem | -- | |
| 4-苯基丁酸 | Abmole | M9638-100mg | |
| ZINC00640089 | MedChemExpress | HY-Q45780 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | KEYGEN biotech | -- |
| 铁含量检测 | 铁含量检测试剂盒 | Solarbio | -- |
| Western blot | 组织蛋白提取试剂 | Thermo Scientific | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | CW Biotech | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| C5aR抗体 | Proteintech | 21316-1-AP | |
| LCN2抗体 | Proteintech | 26991-1-AP | |
| GRP78抗体 | Beyotime Biotechnology | AF0171 | |
| CHOP抗体 | Beyotime Biotechnology | AF6684 | |
| β-actin抗体 | Beyotime Biotechnology | AF5003 | |
| α-tubulin抗体 | Beyotime Biotechnology | AF5012 | |
| HRP标记的二抗 | Beyotime Biotechnology | A0208 | |
| ECL检测试剂 | Advansta | -- | |
| 组织学分析 | Perls蓝染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| 免疫组织化学 | DAB显色试剂盒 | -- | -- |
| 多重免疫荧光 | CD206抗体 | Proteintech | 18704-1-AP |
| iNOS抗体 | Proteintech | 18985-1-AP | |
| Rhod B TSA Plus | -- | -- | |
| Alexa 488 TSA Plus | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| RT-qPCR | RNA easy™动物RNA提取试剂盒 | Beyotime Biotechnology | R0026 |
| Prime Script™ RT试剂盒和gDNA Eraser | Takara | RR047A | |
| TB Green® Premix Ex Taq™ II | Takara | RR820A | |
| 流式细胞术 | 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 |
| gentleMACS™ Octo解离器(带加热) | Miltenyi Biotec | -- | |
| Zombie NIR™染料 | BioLegend | B323327 | |
| 抗小鼠CD45抗体 | BioLegend | 103132 | |
| CD11b抗体 | BioLegend | 101263 | |
| F4/80抗体 | BioLegend | 123110 | |
| I-A/I-E抗体 | BioLegend | 107605 | |
| CD206抗体 | BioLegend | 141717 | |
| CytoFLEX™流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本来源(西南医院)、收集时间(2021-2023)、样本类型(胃癌组织和距肿瘤边缘5cm的癌旁组织)、患者例数(30例)、术前未接受放化疗 阅读提示:Methods 2.1 Patients and clinical specimens |
| 生物信息学分析 | 数据库(GEPIA2和Kaplan-Meier Plotter)、p值阈值(0.01) 阅读提示:Methods 2.2 Bioinformatic analysis |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(THP-1、RAW264.7、BGC-823、HGC-27、AGS)、培养基、血清浓度、PMA浓度(100 nM)和处理时间(24h)、C5a浓度(100 ng/mL)和处理时间(48h)、C5aRA浓度(10 nM)和预处理时间(3h)、4-PBA浓度(250 ng/mL)和预处理时间(3h)、LCN2抑制剂ZINC00640089浓度(10 μM) 阅读提示:Methods 2.4 Cell lines and cell culture |
| 体外功能实验 | CCK-8检测的细胞密度(1×10^4/孔)、处理时间(24h)、重复数(4次);铁含量检测试剂盒及重复数(3-5次) 阅读提示:Methods 2.5 CCK-8 assay 和 2.6 Iron content measurement |
| Western blot | 抗体列表及稀释比(C5aR 1:1000,LCN2 1:5000,GRP78 1:1000,CHOP 1:1000,β-actin 1:1000,α-tubulin 1:1000),内参(β-actin或α-tubulin) 阅读提示:Methods 2.7 Western blotting |
| 组织学分析与免疫组织化学 | 组织固定和切片流程、抗原修复液(柠檬酸盐缓冲液pH 6.0)、抗体稀释比(C5aR 1:200,LCN2 1:200,CHOP 1:200,CD206 1:200,iNOS 1:200)、DAB显色和复染 阅读提示:Methods 2.8 Histological, immunohistochemistry and multiplex immunofluorescence analysis |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒、逆转录试剂盒、qPCR试剂盒、检测系统(Bio-Rad CFX96)、内参基因(β-actin)、重复次数(3次) 阅读提示:Methods 2.9 Quantitative RT-PCR |
| 流式细胞术 | 肿瘤解离试剂盒、解离仪、抗体组合(CD45、CD11b、F4/80、I-A/I-E、CD206、Zombie NIR™) 阅读提示:Methods 2.10 Flow cytometry |
| 动物模型 | 动物品系(BALB/c雌性裸鼠)、周龄(6周)、细胞接种量(~2×10^6)、给药方案(C5aRA 1 mg/kg,尾静脉注射,每两天一次,共15天)、对照组(0.9% NaCl)、每组样本量(n=6) 阅读提示:Methods 2.3 Mouse model of GC |