靶点预测与验证
确定丁酸的潜在蛋白靶标并验证其直接结合。
通过SwissTargetPrediction数据库预测丁酸靶标,SPR实验验证与TGR5的结合及亲和力。
Sodium butyrate regulates macrophage polarization by TGR5/β-arrestin2 in vitro.
体外细胞实验(RAW264.7)结合靶点预测、SPR、LiP-MS、分子对接、分子动力学模拟等多层次验证,包含功能验证(极化标志物)和机制验证(激动剂/拮抗剂、siRNA)。
RAW264.7巨噬细胞系 LPS诱导的巨噬细胞极化模型
丁酸钠浓度50 μg/mL,LPS浓度100 ng/mL TGR5拮抗剂SBI-115浓度100 μM TGR5激动剂INT-777浓度3 μM siRNA-β-arrestin2敲低RAW264.7细胞 SPR亲和常数KD=13.2 μM
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定丁酸的潜在蛋白靶标并验证其直接结合。
通过SwissTargetPrediction数据库预测丁酸靶标,SPR实验验证与TGR5的结合及亲和力。
鉴定丁酸与TGR5的直接结合区域。
采用LiP-MS分析丁酸处理与对照的TGR5蛋白水解模式,鉴定差异肽段。
预测丁酸与TGR5的结合模式和相互作用键。
使用Schrödinger Maestro进行分子对接,Gromacs进行分子动力学模拟,分析结合自由能。
评估丁酸钠对LPS诱导的巨噬细胞极化的影响。
RAW264.7细胞分为对照组、LPS组、LPS+SB组,并加用TGR5激动剂/拮抗剂或siRNA干扰,检测TGR5、β-arrestin2表达和极化标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 靶蛋白获取 | TGR5蛋白 | Yangene Biotechnology Co., Ltd. | CSB-CF819471HU |
| SPR实验 | 丁酸 | Sigma-Aldrich | B103500 |
| EDC | Sigma-Aldrich | E1769-25G | |
| NHS | Sigma-Aldrich | 130672-25G | |
| CM5传感器芯片 | GE | 29149603 | |
| LiP-MS | 胰蛋白酶 | Promega | -- |
| Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清(FBS) | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 脂多糖(LPS) | Sigma-Aldrich | -- |
| 丁酸钠(SB) | -- | -- | |
| INT-777 | MCE | HY-15677 | |
| SBI-115 | MCE | HY-111534 | |
| siRNA转染 | opti-MEM培养基 | Gibco | 31985-070 |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668-019 | |
| siRNA-β-arrestin2 | Jintuosi Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| HiScript II Q Select RT SuperMix qPCR试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | R233 | |
| AceQ qPCR SYBR Green Master Mix试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | Q111-02 | |
| QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | ST795 |
| 正常山羊血清 | Wuhan Boster Biological Technology | AR1009 | |
| CD86抗体 | Proteintech | 13395-1-AP | |
| CD206抗体 | Proteintech | 18704-1-AP | |
| CY3标记山羊抗兔IgG | Wuhan Boster Biological Technology | BA1032 | |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| 荧光显微镜 | Olympus | -- | |
| Western blot | PMSF | Shanghai Aladdin Bio-Chem Technology Co., Ltd | P105539 |
| BCA试剂盒 | Beyotime | P0010 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| GAPDH抗体 | Hangzhou Goodhere Biotechnology Co., Ltd. | AB-P-R 001 | |
| TGR5抗体 | Abcam | ab72608 | |
| β-arrestin2抗体 | Abcam | ab54790 | |
| HRP标记山羊抗小鼠二抗 | Wuhan Boster Biological Technology | BA1051 | |
| HRP标记山羊抗兔二抗 | Wuhan Boster Biological Technology | BA1054 | |
| ECL试剂盒 | Beijing Applygen Technologies Inc. | P1050 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 靶点验证 | SPR固定TGR5蛋白水平(2400 RU)、丁酸浓度梯度(0-125 μM)、流速和结合/解离时间 阅读提示:参见Materials and methods中的Target prediction and validation部分及图1C |
| 细胞培养与处理 | RAW264.7细胞培养条件(DMEM、10% FBS、1%双抗)、LPS浓度(100 ng/mL)、SB浓度(50 μg/mL)、处理时间(24 h)、激动剂/拮抗剂浓度(INT-777 3 μM, SBI-115 100 μM) 阅读提示:参见Materials and methods中的Cells and preparation of medium部分 |
| siRNA转染 | siRNA-β-arrestin2序列、转染试剂(Lipofectamine 2000)、转染时间(6 h)、敲低效率验证(qRT-PCR) 阅读提示:参见Materials and methods中的Cells transfection with siRNA部分 |
| 基因表达检测 | qRT-PCR引物序列、反应条件(95℃变性、40循环)、Western blot抗体稀释度(未明确)、免疫荧光抗体浓度(未明确) 阅读提示:参见Materials and methods中的qRT-PCR、Western blot、Immunofluorescence staining部分及表1 |