表达分析
检测hSPAR及LINC00961在乳腺癌组织和细胞系中的表达水平及其与肿瘤的相关性。
使用TCGA数据库分析LINC00961在乳腺癌及亚型中的表达;qPCR检测乳腺癌细胞系中LINC00961 RNA水平;免疫印迹和免疫组化检测hSPAR蛋白表达。
Micropeptide hSPAR regulates glutamine levels and suppresses mammary tumor growth via a TRIM21-P27KIP1-mTOR axis.
包含细胞系实验、异种移植小鼠模型、临床样本分析、代谢组学及分子机制验证(Co-IP、免疫印迹、亚细胞分离)。
乳腺癌细胞系MDA-MB-231 乳腺癌细胞系MCF7和MDA-MB-468 非致瘤性乳腺上皮细胞MCF10A 异种移植小鼠模型(BALB/c裸鼠和C-NKG小鼠)
细胞系:MDA-MB-231、MCF7、MDA-MB-468、MCF10A及HEK293T 转染构建:pcDNA3.1-Flag-hSPAR、Flag-hSPAR-C、ΔATG1+2等 处理条件:谷氨酰胺缺乏培养基、TAT-hSPAR-C肽(150 nM)及雷帕霉素(10 μM, 12小时) 动物模型:BALB/c裸鼠皮下注射1×10^8 MDA-MB-231细胞;C-NKG小鼠尾静脉注射10 mg/kg TAT-hSPAR-C,每2天一次 检测指标:EdU增殖、细胞周期、免疫印迹(p-mTOR、p-S6K等)、谷氨酰胺水平测定
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测hSPAR及LINC00961在乳腺癌组织和细胞系中的表达水平及其与肿瘤的相关性。
使用TCGA数据库分析LINC00961在乳腺癌及亚型中的表达;qPCR检测乳腺癌细胞系中LINC00961 RNA水平;免疫印迹和免疫组化检测hSPAR蛋白表达。
验证hSPAR对乳腺癌细胞增殖和肿瘤生长的抑制作用及其独立性。
通过siRNA敲低LINC00961和过表达hSPAR,进行EdU增殖实验、细胞周期分析和异种移植实验。
探究hSPAR抑制mTOR信号和细胞增殖的分子机制。
进行Co-IP和质谱分析鉴定hSPAR相互作用蛋白TRIM21;检测hSPAR对TRIM21-P27KIP1相互作用和P27KIP1泛素化的影响;代谢组学分析hSPAR对氨基酸代谢的影响。
评估hSPAR-C在体内的抗肿瘤作用。
使用TAT-hSPAR-C肽处理异种移植瘤小鼠,检测肿瘤生长、谷氨酰胺水平、SLC38A2和P27KIP1表达以及mTOR信号通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良Eagle培养基 | vivacell | -- |
| 胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 细胞增殖检测 | Cell-Light EdU Apollo567体外试剂盒 | RIBOBIO | -- |
| 细胞周期分析 | Tali™细胞周期溶液 | Invitrogen | -- |
| 溶酶体标记 | LysoTracker™深红 | Invitrogen | -- |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz | -- |
| IP裂解缓冲液 | Thermo Scientific | -- | |
| 蛋白质印迹 | Immobilon-P PVDF膜 | Millipore | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | SYBR® Green预混液 | Vazyme | -- |
| 谷氨酰胺检测 | 谷氨酰胺检测试剂盒(比色法) | Abcam | -- |
| 亚细胞分离 | 核-胞质-膜制备试剂盒 | Applygen | -- |
| 溶酶体分离 | Minute™哺乳动物细胞/组织溶酶体分离试剂盒 | Invent | -- |
| 免疫组化 | 小鼠和兔特异性HRP/DAB(ABC)检测免疫组化试剂盒 | Abcam | -- |
| 药物处理 | MG132 | MCE | -- |
| 雷帕霉素 | -- | -- | |
| TAT-hSPAR-C肽 | QYAOBIO | -- | |
| 抗体 | 兔抗hSPAR抗体 | HUABIO | -- |
| 小鼠抗P27KIP1抗体 | CST | -- | |
| 兔抗TRIM21抗体 | Proteintech | -- | |
| 兔抗SLC38A2抗体 | ImmunoWay | -- | |
| 兔抗LAMTOR1抗体 | CST | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞来源:Procell提供细胞系;培养基配方:DMEM/10% FBS/1%双抗;MCF10A需专用培养基;谷氨酰胺缺乏实验使用无谷氨酰胺培养基 阅读提示:参照Methods中Cell culture |
| 质粒构建与转染 | 载体pcDNA3.1(+)、pEGFP-C1;突变位点ATG→ATT;转染试剂Lipofectamine 3000;siRNA序列来自RiboBio 阅读提示:参照Methods中Plasmid construction, RNA interference, and cell transfection |
| 蛋白检测 | 抗体稀释比未明确说明;内参GAPDH;免疫印迹检测磷酸化水平(p-mTOR、p-S6K等) 阅读提示:参照Methods中Immunoblotting及图例 |
| 动物实验 | 小鼠品系:BALB/c裸鼠(5-6周龄)、C-NKG小鼠;注射细胞数1×10^8;给药剂量10 mg/kg,每2天一次;实验周期32天 阅读提示:参照Methods中Animal experiments |