验证RNPEP在HCC肿瘤和细胞系中的高表达
确认RNPEP在HCC中的表达水平及其与转移的关系
使用TIMER2.0数据库和TNM plot数据库分析RNPEP表达;用实时PCR检测HCC细胞系中RNPEP mRNA水平;用ELISA检测细胞上清中RNPEP浓度。
Tumor exosomal RNPEP promotes lung metastasis of liver cancer via inducing cancer-associated fibroblast activation.
包括体外细胞实验、外泌体功能验证、体内异种移植和肺转移模型、mRNA-seq及机制验证等多层级验证。
MHCC-97L细胞 HCC-LM3和MHCC-97H细胞 MRC-5成纤维细胞 裸鼠皮下移植和原位肝移植模型
高转移性HCC细胞系(HCC-LM3, MHCC-97H)的外泌体中RNPEP高表达 外泌体处理MRC-5细胞(20μg/mL,24小时)诱导CAF活化 RNPEP敲低后外泌体对MRC-5细胞CAF标志物表达和迁移的影响 体内实验中MRC-5细胞与MHCC-97L细胞按1:4比例混合皮下注射 NF-κB信号通路在MRC-5细胞中的激活情况
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认RNPEP在HCC中的表达水平及其与转移的关系
使用TIMER2.0数据库和TNM plot数据库分析RNPEP表达;用实时PCR检测HCC细胞系中RNPEP mRNA水平;用ELISA检测细胞上清中RNPEP浓度。
检测外泌体中RNPEP水平,并确认其来源
从HCC细胞和血浆中分离外泌体,通过TEM和外泌体标志物(CD63、TSG101)鉴定,Western blot检测RNPEP水平。
评估外泌体RNPEP是否诱导MRC-5成纤维细胞向CAF样细胞转化
用慢病毒敲低RNPEP,分离外泌体处理MRC-5细胞,通过Western blot检测α-SMA和vimentin表达,实时PCR检测TGFB2, COL4A1, COL12A1基因表达,Transwell实验检测迁移。
测试活化成纤维细胞的条件培养基是否促进MHCC-97L细胞的干性和EMT
收集处理后的MRC-5条件培养基(CM),处理MHCC-97L细胞,进行球体形成实验、实时PCR检测干性基因(OCT4, NANOG, LGR5)和EMT基因(E-cadherin, snail, vimentin),Transwell检测迁移。
在动物模型中证实外泌体RNPEP通过CAF活化促进MHCC-97L细胞肿瘤生长和转移
将外泌体教育的MRC-5细胞与MHCC-97L-mCherry细胞混合后皮下注射裸鼠,监测肿瘤生长;将肿瘤组织原位移植到肝脏,观察肺转移。
通过mRNA测序分析外泌体RNPEP对成纤维细胞基因表达谱的影响
对外泌体教育的MRC-5细胞进行mRNA-seq,分析差异表达基因并进行KEGG通路富集,验证NF-κB信号通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| MEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 外泌体分离 | 超速离心机 | Hitachi, Ltd. | -- |
| 外泌体鉴定 | 醋酸双氧铀 | -- | -- |
| 外泌体示踪 | DiI荧光染料 | -- | -- |
| DiO荧光染料 | -- | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Proteintech | PR20001 |
| 核蛋白提取试剂盒 | Proteintech | PK10014 | |
| Western blot | PVDF膜 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 脱脂牛奶 | -- | -- | |
| ECL检测试剂盒 | Proteintech | PK10003 | |
| RNPEP抗体 | Proteintech | 14764-1-AP | |
| CD63抗体 | Proteintech | 25682-1-AP | |
| TSG101抗体 | Proteintech | 28283-1-AP | |
| IκBα抗体 | Abclonal | A19714 | |
| p-IκBα抗体 | Abclonal | AP0707 | |
| NF-κB p65抗体 | Abclonal | A2547 | |
| p-NF-κB p65抗体 | Abclonal | AP0124 | |
| Histone H3抗体 | Proteintech | 17168-1-AP | |
| β-Actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 山羊抗兔IgG (H+L) | Proteintech | SA00001-2 | |
| 山羊抗小鼠IgG (H+L) | Proteintech | SA00001-1 | |
| RNA提取 | TRIpure试剂 | BioTeke Corporation Co., Ltd. | -- |
| RT-qPCR | All-in-One第一链合成预混液 | Magen Biotech | MD80101 |
| SYBR Green Mix | Solarbio Life Science | SY1020 | |
| 实时荧光定量PCR系统 | Bioneer | -- | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | LABSELECT | 14341 |
| 结晶紫 | Amresco | 0528 | |
| 荧光显微镜 | 显微镜 | OLYMPUS | -- |
| 免疫荧光 | Ki67抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA1-38032 |
| 山羊抗兔IgG H&L (Cy3®) | Abcam | ab6939 | |
| DAPI染料 | Aladdin reagent | D106471-5mg | |
| H&E染色 | 伊红 | Sangon Biotech | A600190 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞和外泌体处理 | 外泌体处理MRC-5细胞的浓度和时间:20 μg/mL,24小时 阅读提示:见Materials and Methods 2.6 Exosome tracing experiments 及 3.3节 |
| RNPEP敲低 | 慢病毒MOI:HCC-LM3 20,MHCC-97H 30;polybrene 6 μg/mL;嘌呤霉素筛选浓度:HCC-LM3 2 μg/mL,MHCC-97H 2.5 μg/mL 阅读提示:见Materials and Methods 2.3 Lentivirus generation and infection |
| 体外功能实验 | Transwell实验中迁移细胞染色后用结晶紫染色,处理时间24小时;球体形成实验培养14天 阅读提示:见Materials and Methods 2.9 Transwell assay 和 2.10 Spheroid formation assay |
| 动物实验 | 皮下移植:MRC-5和MHCC-97L细胞比例1:4,每只裸鼠注射细胞总量(2.5×10^5 MRC-5和1×10^6 MHCC-97L);原位移植:1-mm3肿瘤块移植到肝脏;观察时间6周 阅读提示:见Materials and Methods 2.11 Animal studies |
| mRNA-seq分析 | 差异表达基因筛选标准:|log2Fold change|>1, p<0.05 阅读提示:见Materials and Methods 2.14 mRNA-seq analysis |