临床样本检测肠道YAP1激活
比较MAFLD患者与非MAFLD患者末端回肠YAP1激活情况
对MAFLD患者和非MAFLD患者的末端回肠组织进行免疫荧光和免疫组化检测pYAP1表达,分析YAP1靶基因CTGF/CYR61表达。
ABL1‒YAP1 axis in intestinal stem cell activated by deoxycholic acid contributes to hepatic steatosis.
包含患者样本、小鼠模型、类器官及体外组织/细胞培养等多层级实验,并进行了YAP1敲除等功能验证和机制研究。
C57BL/6J小鼠 Yap1fl/fl和Yap1fl/fl Vil1-Cre小鼠 人末端回肠组织 小鼠和人回肠类器官 HT-29细胞系
DCA浓度:100 μM HFD喂养:8周 YAP1敲除:Yap1fl/fl Vil1-Cre小鼠 DCA与CHO干预:HFD+6% CHO或LFD+0.2% DCA HT-29细胞DCA处理时间:15分钟
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较MAFLD患者与非MAFLD患者末端回肠YAP1激活情况
对MAFLD患者和非MAFLD患者的末端回肠组织进行免疫荧光和免疫组化检测pYAP1表达,分析YAP1靶基因CTGF/CYR61表达。
评估小肠上皮YAP1敲除是否改善HFD诱导的肝脂肪变性和炎症
对Yap1fl/fl和Yap1fl/fl Vil1-Cre小鼠喂食LFD或HFD 8周,检测肝脏LPS含量、炎症因子表达、脂滴沉积和F4/80表达。
评估YAP1对肠道炎症和肠道菌群组成的调节作用
检测肠道炎症因子表达,利用16S rDNA测序分析粪便菌群组成,比较不同组间门水平和科水平丰度差异。
验证YAP1是否影响ISCs向杯状细胞和潘氏细胞的分化
检测杯状细胞和潘氏细胞标记基因表达,进行PAS染色和免疫荧光,并培养回肠类器官观察出芽率。
探究DCA是否激活YAP1信号
检测粪便中胆汁酸谱,给予HFD小鼠CHO或LFD小鼠DCA,检测肠道YAP1靶基因表达,人回肠组织体外培养和类器官验证DCA效应。
验证DCA是否损害ISCs分化成杯状细胞和潘氏细胞
检测分化相关转录因子及功能基因表达,培养类器官,进行免疫荧光和PAS染色,使用YAP1抗体验证机制。
阐明DCA经肠肝轴引起肝脂肪变性的机制
检测四组小鼠的肠道炎症、血清D-乳酸、肝脏LPS、肝脏炎症因子及组织学染色。
验证DCA是否通过ABL1磷酸化激活YAP1
检测DNA损伤及ABL1相关基因表达,使用ABL1抑制剂伊马替尼,观察YAP1磷酸化水平变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 消胆胺 | MilliporeSigma | C4650 |
| 脱氧胆酸 | Sigma-Aldrich | D2510 | |
| Yap1fl/fl Vil1-Cre小鼠 | Cyagen Biosciences | -- | |
| Lgr5-EGFP-IRES-CreERT2小鼠 | The Jackson Laboratory | 008875 | |
| 高脂饮食 | Trophic Animal Feed High-Tech Co., Ltd. | -- | |
| 组织学分析 | 油红O染色液 | Sigma-Aldrich | -- |
| 免疫组化 | DAB显色液 | -- | -- |
| 免疫荧光 | 封闭液 | Beyotime | -- |
| 二抗 | Yeasen | 34206ES60 | |
| DAPI | Yeasen | -- | |
| 显微镜 | Leica DMI8显微镜 | Leica | -- |
| 共聚焦显微镜 | Leica TCS SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| ELISA | LPS ELISA试剂盒 | Abclonal | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Yeason | -- | |
| D-乳酸ELISA试剂盒 | BYabscience | -- | |
| 组织培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 两性霉素 | Beyotime | -- | |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| YAP1抗体 | CST | 14074 | |
| 伊马替尼 | MCE | HY-15463 | |
| 类器官培养 | EDTA溶液 | -- | -- |
| 基质胶 | Corning | 356231 | |
| IntestiCult类器官生长培养基 | STEMCELL Technologies | -- | |
| 细胞培养 | HT-29细胞系 | Pricella | CL0118 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Takara | -- |
| 逆转录 | HyperScript III RT SuperMix试剂盒 | EnzyArtisan | -- |
| RT-qPCR | Universal SYBR qPCR Mix试剂盒 | EnzyArtisan | -- |
| Western Blot | RIPA裂解液 | EpiZyme | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Beyotime | -- | |
| 5× SDS上样缓冲液 | EpiZyme | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 快速封闭液 | EpiZyme | -- | |
| 酶标山羊抗兔抗体 | Jackson ImmunoResearch | -- | |
| 数据分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、性别、体重;饮食类型(LFD/HFD)及脂肪含量;DCA浓度(0.2% w/w)、CHO浓度(6% w/w)、喂养周期(8周) 阅读提示:查看Materials and Methods中的“Mice and diets”部分 |
| 类器官培养 | EDTA浓度(小鼠5 mmol/L、人40 mmol/L)、孵育时间(4°C 1小时)、离心速度和时间(小鼠1200 rpm 5 min,人3000 rpm 5 min)、基质胶与隐窝体积比(1:1)、培养基类型(IntestiCult)、DCA处理浓度(100 μM)和处理时间(24, 48, 72, 96小时) 阅读提示:查看Materials and Methods中的“In vitro enteroid culture”部分 |
| 细胞实验 | HT-29细胞来源、培养基、DCA处理浓度(100 μM)、处理时间(15分钟)、伊马替尼预处理时间(2小时) 阅读提示:查看Materials and Methods中的“Intervention of HT-29 cell line”部分 |
| Western Blot | 蛋白提取方法(RIPA裂解、组织研磨参数)、上样量、SDS-PAGE浓度(7.5%)、转膜条件、抗体稀释比例(pYAP1 1:200等) 阅读提示:查看Materials and Methods中的“Western Blot analysis”部分 |
| RT-qPCR | RNA提取试剂(TRIzol)、逆转录试剂盒(HyperScript III)、qPCR试剂(Universal SYBR)、引物序列、内参基因(GAPDH) 阅读提示:查看Materials and Methods中的“RNA Extraction and RT‒qPCR”部分及Supplementary Table 2 |