临床样本关联分析
探究SIRT7和RND3表达与膀胱癌患者铂类化疗疗效及预后的关系。
收集126例MIBC患者术后组织,进行IHC检测SIRT7和RND3表达,结合临床病理特征和生存数据进行统计分析。
Mechanistic insights into SIRT7 and EZH2 regulation of cisplatin resistance in bladder cancer cells.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、机制验证(ChIP、CO-IP)及体内动物模型,多层级验证。
膀胱癌组织样本(126例) UMUC3细胞系 TCCSUP细胞系 Balb/c裸鼠皮下移植瘤模型
SIRT7和EZH2表达水平与临床病理特征及预后的关系 SIRT7 siRNA和EZH2 siRNA敲低效率及对RND3表达的影响 CDDP处理浓度及时间(0-16μM, 72小时) RND3启动子区域H3K18ac和H3K27me3水平变化 体内实验中shRNA慢病毒及CDDP给药方案(3mg/kg)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究SIRT7和RND3表达与膀胱癌患者铂类化疗疗效及预后的关系。
收集126例MIBC患者术后组织,进行IHC检测SIRT7和RND3表达,结合临床病理特征和生存数据进行统计分析。
确定SIRT7和EZH2在膀胱癌细胞系中的基础表达水平及其与CDDP敏感性的关系。
通过WB检测多种膀胱癌细胞系中SIRT7和EZH2蛋白水平,并用CCK-8测定各细胞系对CDDP的IC50值,进行相关性分析。
验证SIRT7或EZH2敲低对膀胱癌细胞增殖、凋亡和CDDP敏感性的影响。
在UMUC3细胞中转染SIRT7 siRNA、EZH2 siRNA或RND3 siRNA,单独或联合CDDP处理,通过CCK-8、克隆形成和流式细胞术检测细胞活力、集落形成和凋亡。
阐明SIRT7和EZH2在RND3启动子区域的表观遗传修饰调控机制。
利用ChIP-qPCR检测SIRT7和EZH2在RND3启动子的富集及H3K18ac和H3K27me3水平;通过CO-IP和IP验证SIRT7与EZH2的相互作用及EZH2蛋白质琥珀酰化水平;并用succinyl-CoA处理验证其对修饰的调控。
在体内验证靶向SIRT7和EZH2对膀胱癌CDDP敏感性的增强作用。
将UMUC3细胞皮下注射入Balb/c裸鼠,成瘤后瘤内注射shRNA慢病毒(靶向SIRT7和/或EZH2)并腹腔注射CDDP,测量肿瘤体积和重量,并用IHC检测肿瘤组织中SIRT7、EZH2和RND3的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | SIRT7抗体 | Servicebio | GB11355-100 |
| EZH2抗体 | Servicebio | GB12272-100 | |
| RND3抗体 | Epigentek | A-6168-100 | |
| 山羊抗兔IgG (H+L) HRP | Affinity | S0001 | |
| DAB显色液 | Biosharp | BL732A | |
| Harris苏木素 | Biosharp | BL702B | |
| 显微镜 | Olympus | BX53 | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Procell | 164210-50 |
| 青霉素-链霉素 | Procell | PB180120 | |
| Ham's F-12K培养基 | Procell | PM150910 | |
| McCoy's 5A培养基 | Procell | PM150710 | |
| MEM培养基(含NEAA) | Procell | PM150410 | |
| Leibovitz's L-15培养基 | Procell | PM151010 | |
| RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000 | -- | -- |
| opti-MEM | -- | -- | |
| 细胞培养 | 胰蛋白酶 | -- | -- |
| 药物处理 | 顺铂 | Sigma | 232120 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | MCE | HY-K0301 |
| 酶标仪 | Thermo Fisher | Multiskan | |
| 克隆形成实验 | Wright-Giemsa复合染色液 | Solarbio | G1020 |
| 细胞凋亡检测 | AnnexinV-FITC/PI细胞凋亡检测试剂盒 | Nanjing KGA Biotech | KGA108 |
| 流式细胞仪 | BECKMAN | CytoFLEX | |
| RNA提取 | TRIzol | Thermo Fisher | -- |
| RNA质量和浓度检测 | NanoDrop ND-1000 | NanoDrop | -- |
| Bioanalyzer 2100 | Agilent | -- | |
| RNA测序 | Illumina Novaseq 6000 | Illumina | -- |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Beyotime | R0017S |
| cDNA合成 | RevertAid第一条链cDNA合成试剂盒 | Thermo | K1622 |
| qRT-PCR | SYBR Green qPCR Master | Roche | 4943914001-SR |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012S |
| Western blot | SIRT7抗体 | Abcam | ab259968 |
| EZH2抗体 | Abcam | ab191250 | |
| RND3抗体 | Abcam | ab171799 | |
| 抗乙酰赖氨酸抗体 | Abcam | ab21623 | |
| 抗琥珀酰赖氨酸抗体 | PTM | PTM-419 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| HRP标记的山羊抗兔二抗 | Boster | BA1054 | |
| ECL试剂盒 | Beyotime | P0018 | |
| ChIP实验 | ChIP检测试剂盒 | Beyotime | P2078 |
| IgG抗体 | Abcam | ab216352 | |
| SIRT7抗体 | Abcam | ab259968 | |
| H3K18ac抗体 | Abcam | ab40888 | |
| EZH2抗体 | Abcam | ab307646 | |
| H3K27me3抗体 | Abcam | ab6002 | |
| Co-IP实验 | 琼脂糖蛋白A+G珠子 | -- | -- |
| IP实验 | 蛋白A/G珠子 | -- | -- |
| succinyl-CoA处理 | 琥珀酰辅酶A | -- | -- |
| 动物实验 | Balb/c裸鼠 | Hubei Biont Biotechnology Co, Ltd | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 患者纳入标准(病理分期、化疗方案、随访信息)、SIRT7和RND3 IHC评分标准及分组阈值、生存分析统计方法 阅读提示:Methods: Clinical sample acquisition, Immunohistochemistry; Results: The sensitivity of BCa patients... |
| 细胞培养 | 细胞系来源及培养基条件、FBS和P/S浓度、培养温度、CO2浓度和传代比例 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 基因敲低/过表达 | siRNA序列、转染试剂及用量、细胞密度、转染时间(48小时)、质粒构建来源 阅读提示:Methods: Cell transfection |
| CDDP处理及细胞活力检测 | CDDP浓度系列、处理时间(72小时)、CCK-8孵育时间、检测波长(450 nm) 阅读提示:Methods: Cell Counting Kit-8 (CCK-8) |
| ChIP-qPCR | 细胞固定条件(甲醛浓度、时间)、染色质片段大小(200-500 bp)、抗体及用量、qPCR引物序列 阅读提示:Methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP) detection |
| 体内动物实验 | 小鼠品系、周龄、性别、饲养条件(光照周期、温度)、细胞注射数量及部位、给药方式(瘤内/腹腔)、CDDP剂量、实验终点(28天) 阅读提示:Methods: Animal tumorigenesis; Results: Inhibiting SIRT7 and EZH2 expression...in vivo |