生物信息学预测
预测COLEC12在骨肉瘤中的表达及其与TLR4的潜在关系。
使用GEPIA和TCGA系统分析COLEC12在SARC中的表达及预后,并利用String数据库进行蛋白互作分析及成对基因相关性分析。
COLEC12 regulates apoptosis of osteosarcoma through Toll-like receptor 4-activated inflammation.
包含生物信息学分析、体外细胞实验(增殖、迁移、凋亡)和体内动物模型验证,并进行了机制探究(TLR4敲低),但缺乏类器官或患者样本等额外验证。
Saos-2细胞(人骨肉瘤细胞系) Balb/c小鼠皮下移植瘤模型
细胞系选择:Saos-2(人骨肉瘤细胞系)作为主要体外模型 慢病毒敲低序列:sh-COLEC12和sh-TLR4的具体序列 体内模型:4周龄雄性Balb/c小鼠皮下接种骨肉瘤细胞 分组方案:Con、sh-COLEC12、control-shCOLEC12、sh-TLR4、control-shTLR4 关键检测指标:肿瘤体积、肿瘤重量、凋亡水平、炎症因子表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测COLEC12在骨肉瘤中的表达及其与TLR4的潜在关系。
使用GEPIA和TCGA系统分析COLEC12在SARC中的表达及预后,并利用String数据库进行蛋白互作分析及成对基因相关性分析。
验证COLEC12对骨肉瘤细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
在Saos-2细胞中通过慢病毒敲低COLEC12,检测细胞活力(MTT)、细胞周期、迁移和侵袭(Transwell)、凋亡(流式细胞术)和相关蛋白表达(Western blot)。
验证COLEC12敲低对体内骨肉瘤生长和凋亡的影响。
皮下注射稳定敲低COLEC12的Saos-2细胞至Balb/c小鼠,构建移植瘤模型,测量肿瘤体积和重量,通过TUNEL染色和Western blot检测凋亡。
探索COLEC12敲低对骨肉瘤炎症的影响。
通过免疫荧光检测MPO表达,Western blot检测TLR4、NF-κB、IL-1β、IL-18、TNF-α、C3等炎症相关蛋白水平。
验证TLR4是否介导COLEC12调节的炎症反应。
在COLEC12敲低基础上,使用TLR4敲低慢病毒,观察炎症相关蛋白(NF-κB、IL-1β、IL-18、TNF-α、C3)的表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | hFOB细胞 | Procell | CL-0353 |
| 143B细胞 | ATCC | CRL-8303 | |
| MG-63细胞 | Procell | CL-0157 | |
| Saos-2细胞 | Procell | CL-0202 | |
| HOS细胞 | Procell | CL-0360 | |
| Western blot | 抗COLEC12抗体 | Abcam | ab81136 |
| 抗BAX抗体 | Abcam | ab32503 | |
| 抗BCL-2抗体 | Abcam | ab182858 | |
| 抗裂解型caspase-3抗体 | Abcam | ab2302 | |
| 抗裂解型PARP1抗体 | Abcam | ab2302 | |
| 抗MPO抗体 | Abcam | ab9535 | |
| 抗TLR4抗体 | Abcam | ab13556 | |
| 抗NF-κB抗体 | Boster | BM3940 | |
| 抗IL-1β抗体 | Abcam | ab23437 | |
| 抗IL-18抗体 | Abcam | ab71495 | |
| 抗TNF-α抗体 | Abcam | ab1793 | |
| 抗C3抗体 | Abcam | ab200999 | |
| 抗β-actin抗体 | Boster | M01263-2 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG(H+L) | ABclonal | AS014 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗小鼠IgG(H+L) | ABclonal | AS003 | |
| 慢病毒敲低 | sh-COLEC12慢病毒 | GenePharma | -- |
| sh-TLR4慢病毒 | GenePharma | -- | |
| Western blot | ChemiDoc™ Touch成像系统 | Bio-Rad | -- |
| Image Lab 3.0软件 | Bio-Rad | -- | |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒 | TaKaRa | -- |
| 免疫荧光 | 抗MPO抗体(1:200,ab3683) | Abcam | ab3683 |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG(1:100; AS014) | ABclonal | AS014 | |
| Nikon EclipseNi倒置显微镜 | Nikon | TE2000 | |
| MTT实验 | 二甲基亚砜 | -- | -- |
| 统计 | GraphPad Prism 6.0 | GraphPad Software | -- |
| SPSS 19.0 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分(DMEM+10%FBS、抗生素、非必需氨基酸、MEM维生素) 阅读提示:见Methods 2.1 细胞系和细胞培养 |
| 慢病毒敲低 | 敲低序列(sh-COLEC12和sh-TLR4)的序列构成;慢病毒转染浓度和时间(10 μL/孔、6小时、72小时) 阅读提示:见Methods 2.4 和表1、表2 |
| 动物模型 | 小鼠品系(Balb/c)、性别(雄性)、周龄(4周)、细胞注射方式(皮下)、分组(5组)、模型周期(20天) 阅读提示:见Methods 2.5 骨肉瘤小鼠模型 |
| Western blot | 蛋白上样量(40 μg)、SDS-PAGE浓度(12%) 阅读提示:见Methods 2.6 Western blot |
| 免疫荧光 | 组织切片厚度(5 μm)、一抗稀释比例(anti-MPO 1:200)、孵育条件(4℃过夜) 阅读提示:见Methods 2.8 免疫荧光染色 |
| 流式细胞术 | 离心参数(1000 rpm,6分钟)、PBS清洗步骤 阅读提示:见Methods 2.10 流式细胞术 |
| MTT实验 | 细胞接种密度(4×10^4/mL,200 μL/孔)、MTT浓度(20 μL/well)、DMSO溶解、检测波长(490 nm) 阅读提示:见Methods 2.11 MTT |
| Transwell迁移和侵袭 | Matrigel预处理、孵育时间(37℃,1小时) 阅读提示:见Methods 2.12 Transwell迁移和侵袭实验 |