生物信息学筛选炎症相关hub基因
从公共数据库中筛选影响胃癌进展的炎症相关关键基因。
从TCGA和GEO下载胃癌相关数据集,与MSigDB炎症相关基因取交集,进行差异分析、PPI分析、Lasso回归等,最终筛选出7个hub基因,包括ADH1A。
Inflammation-Related Gene ADH1A Regulates the Polarization of Macrophage M1 and Influences the Malignant Progression of Gastric Cancer.
包含生物信息学分析(差异分析、PPI、免疫浸润等)和细胞水平实验(qRT-PCR、WB、功能实验、共培养),但缺乏动物模型和临床样本验证。
胃癌细胞系AGS 胃癌细胞系HGC-27 人胃黏膜上皮细胞GES-1 单核细胞系THP-1分化而来的巨噬细胞
ADH1A在AGS和HGC-27细胞中的过表达 8-Br-cGMP(cGMP/PKG通路激动剂)处理HGC-27+oe-ADH1A细胞 THP-1细胞与GC细胞上清共培养以检测巨噬细胞极化 qRT-PCR验证hub基因表达 Western blot检测ADH1A及cGMP/PKG通路蛋白
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从公共数据库中筛选影响胃癌进展的炎症相关关键基因。
从TCGA和GEO下载胃癌相关数据集,与MSigDB炎症相关基因取交集,进行差异分析、PPI分析、Lasso回归等,最终筛选出7个hub基因,包括ADH1A。
验证筛选出的hub基因在胃癌细胞系中的表达水平。
通过qRT-PCR检测MYOC、ADH1A、NPY和GFRA2在胃癌细胞系AGS、HGC-27、SNU-16和正常胃上皮细胞GES-1中的表达,并用Western blot验证ADH1A蛋白水平。
探究ADH1A过表达对胃癌细胞活性、增殖、迁移、侵袭、凋亡及细胞因子分泌的影响。
在AGS和HGC-27细胞中过表达ADH1A,通过CCK-8、EdU、Transwell、划痕实验、TUNEL检测细胞功能,并通过ELISA检测IL-6、IFN-γ、CCL5和CSF2的分泌。
探究ADH1A过表达的胃癌细胞是否影响巨噬细胞向M1表型极化。
收集过表达ADH1A的胃癌细胞上清,与THP-1来源的巨噬细胞共培养,通过流式细胞术和qRT-PCR检测M1巨噬细胞标志物CD86的比例和表达。
验证ADH1A是否通过cGMP/PKG信号通路发挥作用。
用8-Br-cGMP处理ADH1A过表达的HGC-27细胞,检测cGMP/PKG通路蛋白表达、细胞功能及巨噬细胞极化情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Ham's F-12培养基 | Pricella | PM150810 |
| RPMI-1640培养基 | Pricella | PM150110 | |
| 胎牛血清 | Pricella | 164210-50 | |
| 巨噬细胞诱导 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma | -- |
| 基因过表达 | ADH1A腺病毒 | Sangon Biotech | -- |
| qRT-PCR | SuperScript™ VILO™ cDNA合成试剂盒 | Invitrogen | 11754050 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012S |
| ADH1A抗体 | Invitrogen | PA5-78730 | |
| PKG1抗体 | Proteintech | 21646-1-AP | |
| PKG2抗体 | Proteintech | 55138-1-AP | |
| pVASP抗体 | Cell Signaling Technology | 3111 | |
| VASP抗体 | Cell Signaling Technology | 3132 | |
| GAPDH抗体 | -- | 5174 | |
| ELISA | 人IL-6 ELISA试剂盒 | Beyotime | PI325 |
| 人IFN-γ ELISA试剂盒 | Beyotime | PI511 | |
| 人cGMP ELISA试剂盒 | jonln | JL11898-96T | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Beyotime | C0037 |
| EdU试剂盒 | Beyotime | C0071S | |
| 凋亡检测 | TUNEL凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1091 |
| 流式细胞术 | 纯化抗人CD86抗体 | Biolegend | 374202 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养基条件,包括AGS、HGC-27、SNU-16、GES-1的培养基于血清浓度 阅读提示:Methods中的Cell Culture部分 |
| 基因过表达 | 细胞接种密度(1.2×10^5/孔)、腺病毒感染时间(24小时)和后续DMEM培养时间(12小时) 阅读提示:Methods中的Overexpression of ADH1A部分 |
| 巨噬细胞极化实验 | THP-1细胞用PMA浓度(100 ng/mL)处理时间(24小时),共培养使用GC细胞上清 阅读提示:Methods中的Macrophage Culture and Establishment of Co-Culture Systems部分 |
| cGMP/PKG通路验证 | cGMP/PKG通路激动剂8-Br-cGMP的处理浓度和时间,文中未明确说明 阅读提示:Results中ADH1A Affects the Malignant Progression of GC Through the cGMP-PKG Signaling Pathway部分 |