数据获取与处理
获取PTC转录组和临床数据,为后续分析奠定基础。
从TCGA-THCA获取512个PTC样本和58个正常甲状腺组织的转录组和单核苷酸变异数据,临床数据从UCSC Xena浏览器获取;从GEO获取GSE33630数据集(49个PTC样本和45个癌旁样本)。
The Prognostic Value and Potential Immune Mechanisms of lncRNAs Related to Immunogenic Cell Death in Papillary Thyroid Carcinoma.
包含生物信息学分析和体外细胞实验,但缺少体内动物模型和机制深入研究,验证层级有限。
BCPAP细胞系 TPC1细胞系 TCGA-THCA队列 GSE33630数据集
LINC00924过表达质粒转染BCPAP和TPC1细胞 EdU实验检测细胞增殖 Transwell实验检测细胞侵袭 划痕实验检测细胞迁移 流式细胞术检测细胞凋亡
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取PTC转录组和临床数据,为后续分析奠定基础。
从TCGA-THCA获取512个PTC样本和58个正常甲状腺组织的转录组和单核苷酸变异数据,临床数据从UCSC Xena浏览器获取;从GEO获取GSE33630数据集(49个PTC样本和45个癌旁样本)。
鉴定与ICD相关的lncRNAs并基于其表达对PTC样本进行亚型分类。
通过文献综述获取34个ICD基因,利用limma包进行共表达分析(|相关系数|≥0.5,p<0.001),获得329个lncRNAs;通过单变量Cox分析筛选13个调控因子;使用ConsensusClusterPlus进行共识聚类,将TCGA-THCA队列分为两个亚型(C1和C2)。
比较两个亚型在功能富集、突变、免疫浸润等方面的差异。
进行GO和KEGG富集分析、TMB分析、免疫细胞浸润分析、HLA和免疫检查点基因表达分析。
构建基于ICD相关lncRNAs的预后模型并验证其预测PTC患者PFI的能力。
通过差异表达分析(P<0.05和|fold change|>1)和LASSO回归结合多变量Cox分析构建预后模型,包含7个lncRNAs。根据风险评分将患者分为高低风险组,并进行K-M生存分析、ROC曲线分析、临床亚组分析、列线图构建等验证。
验证LINC00924在PTC细胞系中的功能作用。
在BCPAP和TPC1细胞中转染LINC00924过表达质粒,通过qRT-PCR验证过表达效率,然后进行EdU实验、划痕实验、Transwell实验和流式细胞术检测细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipo3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| qRT-PCR | SevenFast总RNA提取试剂盒 | -- | SM132 |
| Takara ExTaq PCR试剂盒 | Takara | 639505 | |
| EdU实验 | EdU试剂盒 | ApexBio | K1075 |
| 细胞凋亡检测 | 细胞凋亡检测试剂盒 | MultiSciences | AT105 |
| 流式细胞术 | FACS C6流式细胞仪 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | BCPAP和TPC1细胞系来源;培养条件(1640培养基+10%FBS);转染试剂Lipo3000;LINC00924过表达质粒;细胞融合度约70%。 阅读提示:Materials and Methods: Cell Transfection |
| EdU实验 | 细胞接种密度3×10^4 cells/well;EdU浓度10μM;孵育时间5小时;固定和透化时间;Click反应时间;Hoechst染色时间。 阅读提示:Materials and Methods: EdU Assay |
| 划痕实验 | 细胞培养至完全融合;划痕后0和24小时观察;ImageJ计算伤口闭合面积。 阅读提示:Materials and Methods: Wound Scratch Assay |
| Transwell实验 | 基质胶稀释倍数(10倍);细胞浓度90,000 cells/mL;上室300μL细胞悬液;下室含10%FBS培养基;孵育24小时;结晶紫染色。 阅读提示:Materials and Methods: Transwell Assay |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-APC 5μL和7-AAD 10μL;孵育条件(室温黑暗5分钟);流式细胞仪型号。 阅读提示:Materials and Methods: Cell Apoptosis Analysis |