临床样本收集和基因测序
鉴定CACNA1C变异体并关联临床表型。
从三位患者及父母收集血样,提取基因组DNA,进行全外显子组测序(WES),并用Sanger测序验证变异体的亲本来源。
Disruption of mitochondrial and lysosomal functions by human CACNA1C variants expressed in HEK 293 and CHO cells.
研究包含HEK 293和CHO细胞模型的电生理、分子表达、凋亡、线粒体功能(复合物活性、ATP、ROS、钙离子、融合/分裂)及溶酶体功能等多个证据层级,并包含功能验证。
HEK 293细胞 CHO细胞
使用Lipofectamine 2000转染,转染后48小时进行实验 电生理记录:HEK 293细胞共转染Cav1.2通道亚基(α1A + β3 + α2/δ1),比例1:1:1 蛋白质印迹:使用35 μg蛋白,12.5% SDS-PAGE,转膜至0.45 μm PVDF膜 凋亡检测:Annexin V-APC/7-AAD染色,流式细胞仪分析 线粒体钙离子检测:5 μM Rhod-2 AM染色,37°C孵育5分钟
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定CACNA1C变异体并关联临床表型。
从三位患者及父母收集血样,提取基因组DNA,进行全外显子组测序(WES),并用Sanger测序验证变异体的亲本来源。
在HEK 293和CHO细胞中表达野生型或变异体CACNA1C,用于功能实验。
HEK 293和CHO细胞分别培养于DMEM和DMEM/F12(含5% FBS和1%青霉素-链霉素),转染pcDNA3.1-t2A-EGFP2构建的质粒(WT或变异体)及辅助亚基(β3+α2/δ1)。
评估变异体对钙通道功能的影响。
通过全细胞膜片钳记录HEK 293细胞的钙电流密度。
检测变异体对mRNA和蛋白表达的影响。
通过RT-qPCR和Western blot测定CACNA1C和凋亡、自噬、线粒体自噬相关基因的表达。
评估变异体对细胞凋亡、增殖和线粒体功能的影响。
进行凋亡分析(Annexin V-APC/7-AAD染色)、细胞活力检测(CCK-8)、ROS水平、ATP水平、线粒体复合物I活性、线粒体DNA拷贝数、线粒体荧光(MitoTracker Red)和线粒体钙离子(Rhod-2 AM)测量。
评估变异体对线粒体动态和自噬通路的影响。
通过Western blot检测OPA1、DRP1(融合/分裂)和PINK1、PARKIN(线粒体自噬)蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM基础培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 灭活胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific Inc. | -- |
| 电生理 | Multiclamp 700B放大器 | Molecular Devices | -- |
| Axon™ Digidata® 1550B加HumSilencer® | Axon Instruments | -- | |
| RT-qPCR | E.Z.N.A总RNA提取试剂盒 | Omega | -- |
| Hifair II第一链cDNA合成预混液 | -- | -- | |
| SYBR绿色荧光染料 | Yeasen, China | -- | |
| ABI 7500实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 蛋白质提取 | 核蛋白和胞浆蛋白提取试剂盒 | Nanjing KeyGen Biotech. Co., Ltd. | KGP150/KGP1100 |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 无蛋白快速封闭液 | -- | 20B10 | |
| 新型超敏ECL检测试剂盒 | -- | KGP1127-KGP1128 | |
| ChemiDoc XRS+凝胶成像系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-APC/7-AAD凋亡检测试剂 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd | P-CA-208 |
| 流式细胞仪(FACScan) | BD Biosciences | -- | |
| ROS检测 | Ab113851DCFDA/H2DCFDA细胞ROS检测试剂盒 | -- | -- |
| 鲁米诺 | Sigma | -- | |
| ATP检测 | ATP生物发光检测试剂盒(CLS II试剂盒) | -- | -- |
| 线粒体复合物I活性 | 复合物I酶活性检测试剂盒(比色法) | Abcam | ab109721 |
| 线粒体拷贝数 | E.Z.NA组织DNA提取试剂盒 | Omega BIO-TEK | -- |
| MitoTracker染色 | MitoTracker Red CMXRos线粒体红色荧光探针 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| LysoTracker染色 | LysoTracker Red DND-99溶酶体红色荧光探针 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | 2204208 |
| 线粒体钙检测 | Rhod-2 AM线粒体钙荧光探针 | -- | -- |
| 细胞活力 | 增强型CCK-8细胞活力检测试剂盒 | Biosharp Life Sciences | -- |
| 荧光显微镜 | 倒置荧光显微镜 | ZEISS Technology Co. Ltd | -- |
| 数据采集 | 酶标仪 | Biotek Synergy H1, USA | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(HEK 293和CHO)来源、培养基(DMEM和DMEM/F12)、血清浓度(5%)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、转染后实验时间(48小时) 阅读提示:Methods: Cell culture, plasmid construction, and transfection |
| 电生理记录 | 共转染亚基及比例(α1A:β3:α2/δ1 = 1:1:1)、钳制电压(-80 mV)、测试电压范围(-60到+60 mV,步阶10 mV)、记录温度(20-22°C) 阅读提示:Methods: Electrophysiological studies |
| 蛋白表达分析 | 蛋白提取(全细胞、膜、核)、抗体信息(见补充表S2)、内参(actin和GAPDH)、上样量(35 μg) 阅读提示:Methods: Protein extraction and western blotting; Supplementary Table S2 |
| 凋亡检测 | 染色试剂(Annexin V-APC/7-AAD)、染色时间(15分钟)、流式细胞仪(FACScan)、分析软件(FlowJo) 阅读提示:Methods: Apoptosis assay |
| 线粒体功能检测 | 复合物I活性试剂盒(ab109721)、ATP检测试剂盒(CLS II)、ROS检测试剂盒、线粒体钙荧光探针(Rhod-2 AM)、线粒体DNA拷贝数检测 阅读提示:Methods: Determination of mitochondrial complex I activity, ATP, ROS, mitochondrial calcium, and copy numbers |
| 线粒体/溶酶体染色 | 细胞系(CHO)、染料稀释比例(1:10000)、染色时间(30分钟)、显微镜(ZEISS倒置荧光显微镜,63倍油镜) 阅读提示:Methods: Mito-tracker red staining; Lyso-tracker red staining |