建立SAH模型并评估BRD4表达
验证SAH后BRD4表达变化及其与神经元的共定位
采用改良单夹法建立小鼠SAH模型,通过Western blot和免疫荧光检测大脑皮层BRD4表达及与NeuN共定位。
Bromodomain-containing protein 4 knockdown promotes neuronal ferroptosis in a mouse model of subarachnoid hemorrhage.
包含体内小鼠SAH模型、体外HT-22细胞模型、神经元特异性敲低、CUT&Tag及ChIP-qPCR机制验证,并进行了功能及行为学验证(总计5个证据层级)。
C57BL/6小鼠蛛网膜下腔出血模型(血管内穿刺法) HT-22小鼠海马神经元细胞系 BRD4敲低的HT-22细胞系 神经元特异性BRD4敲低小鼠(AAV-hSyn-shRNA)
脑室内注射AAV(5 μL,1 μL/min)及SAH诱导时间(注射后3周) OxyHb处理浓度(10 μM)和时间(48小时) GW5074处理浓度(5 μM) Fer-1处理浓度(6 μM) BRD4 shRNA序列(shRNA1)及其敲低效率(约75%)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SAH后BRD4表达变化及其与神经元的共定位
采用改良单夹法建立小鼠SAH模型,通过Western blot和免疫荧光检测大脑皮层BRD4表达及与NeuN共定位。
评估SAH后铁死亡标志物的变化
检测大脑皮层中MDA、GPX4、SLC7A11、CoQ10B的表达水平。
验证OxyHb对BRD4表达和铁死亡的影响
用OxyHb处理HT-22细胞,检测细胞活力、铁死亡指标及BRD4表达。
验证铁死亡在OxyHb诱导的细胞死亡中的作用
用Fer-1处理OxyHb刺激的HT-22细胞,检测细胞活力和铁死亡指标。
验证BRD4敲低是否促进铁死亡
用shRNA慢病毒敲低HT-22细胞BRD4,经OxyHb处理,检测细胞活力、脂质过氧化及GPX4表达。
探究BRD4敲低促进铁死亡是否通过铁蛋白自噬
检测铁代谢和自噬相关基因及蛋白表达,并使用FerroOrange和Lyso-Tracker共定位观察Fe2+与溶酶体。
寻找BRD4调控铁蛋白自噬的分子靶点
通过CUT&Tag分析BRD4结合峰,结合GO/KEGG分析筛选关键基因,并用ChIP-qPCR验证BRD4在Raf-1启动子区域的结合。
验证BRD4通过Raf-1/ERK1/2通路调控铁死亡
检测Raf-1、p-ERK1/2、ERK1/2表达,并使用GW5074抑制Raf-1观察对铁死亡的影响。
验证神经元BRD4敲低对SAH后铁死亡和神经功能的影响
通过脑室内注射AAV-hSyn-shRNA敲低神经元BRD4,诱导SAH,检测铁死亡指标和行为学。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 异氟烷 | RWD Life Science | R510-22-10 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | AH30012053 |
| 胎牛血清 | VivaCell | C04001-500 | |
| 青霉素/链霉素 | Solarbio | P1400 | |
| 药物处理 | 氧合血红蛋白 | Jinpin Chemical Technology | JP020 |
| Ferrostatin-1 | MedChemExpress | HY-100579 | |
| GW5074 | MedChemExpress | HY-10542 | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8细胞增殖检测试剂盒 | Hanbio | HB-CCK8-4 |
| 蛋白质提取 | 胰蛋白酶-EDTA溶液 | Solarbio | T1300 |
| RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B | |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Beyotime | P1050 | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012S |
| Western blot | 一步法PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Vazyme | E302, E304 |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 高灵敏度ECL化学发光检测试剂盒 | Vazyme | E412-01 | |
| 抗BRD4抗体 | Abcam | ab243862 | |
| 抗GPX4抗体 | Proteintech | 67763-1-Ig | |
| 抗SLC7A11抗体 | Proteintech | 26864-1-AP | |
| 抗CoQ10B抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-90284 | |
| 抗SQSTM1/P62抗体 | Abclonal | A19700 | |
| 抗LC3B抗体 | Proteintech | 14600-1-AP | |
| 抗FTH1抗体 | Abmart | TD6278S | |
| 抗Raf-1抗体 | Cell Signaling Technology | 9422T | |
| 抗Erk1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695T | |
| 抗磷酸化Erk1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370S | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00001-2 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00001-1 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| HiScript III RT SuperMix for qPCR (+gDNA wiper) | Vazyme | R323 | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711 | |
| 透射电镜 | Epox 812树脂 | SPI Supplies | Spi-02660 |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Beyotime | S0033S |
| Hoechst染料 | Beyotime | C1025 | |
| MDA检测 | 脂质过氧化MDA检测试剂盒 | Beyotime | S0131S |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY 581/591 C11 | MedChemExpress | HY-D1301 |
| 铁离子染色 | Lyso-Tracker Green溶酶体探针 | Beyotime | C1047S |
| FerroOrange亚铁离子探针 | Dojindo | F374 | |
| Fe2+含量检测 | 亚铁离子比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K773-M |
| 亚铁离子比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K881-M | |
| 免疫荧光 | 抗NCOA4抗体 | Abmart | TD4255 |
| Alexa Fluor 488标记的山羊抗兔IgG | Abcam | ab150077 | |
| Alexa Fluor 594标记的山羊抗兔IgG | Abcam | 150080 | |
| DAPI | Abcam | ab104139 | |
| O.C.T.包埋剂 | SAKURA | 4853 | |
| 快速抗原修复液 | Beyotime | P0090 | |
| 抗NeuN抗体 | Abcam | ab104224 | |
| 抗GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| Alexa Fluor 594标记的山羊抗小鼠IgG | Abcam | ab150116 | |
| Alexa Fluor 647标记的山羊抗小鼠IgG | Abcam | ab150115 | |
| CUT&Tag | Hyperactive通用CUT&Tag检测试剂盒 | Vazyme | TD903 |
| 抗BRD4抗体 | Abcam | ab243862 | |
| 抗IgG抗体 | Abclonal | AC005 | |
| 山羊抗兔IgG | Abclonal | AS070 | |
| TruePrep Index Kit V2 for Illumina | Vazyme | TD202 | |
| ChIP-qPCR | ChIP检测试剂盒 | Beyotime | P2078 |
| DNA纯化离心柱 | Thermo Fisher Scientific | K0702 | |
| 动物实验 | 脑立体定位仪 | RWD Life Science | -- |
| 微量注射装置 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;SAH诱导方法(改良单夹法);麻醉条件;术后护理 阅读提示:Methods: Animals, Subarachnoid hemorrhage models |
| 神经元特异性BRD4敲低 | AAV载体信息(hSyn启动子、shRNA序列)、注射剂量、注射速度、注射位置、SAH诱导时间 阅读提示:Methods: Neuron-specific bromodomain-containing protein 4 knockdown in mice |
| 细胞模型 | HT-22细胞来源、培养条件、OxyHb处理浓度和时间 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment conditions |
| 药物处理 | Fer-1浓度、GW5074浓度、处理时间 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment conditions; Results Figure 4, Figure 8 |
| 铁死亡检测 | MDA检测试剂盒、BODIPY C11浓度、FerroOrange浓度、Fe2+检测方法 阅读提示:Methods: Malondialdehyde assay, Lipid peroxide detection, Ferrous iron staining, Measurement of Fe2+ content |
| 分子机制验证 | CUT&Tag实验条件、ChIP-qPCR引物序列、抗体信息 阅读提示:Methods: Cleavage under targets and tagmentation assay, Chromatin Immunoprecipitation-quantitative polymerase chain reaction |
| 行为学评估 | 评估时间点、各测试的具体参数(如水迷宫训练天数、转棒转速等) 阅读提示:Methods: Early neurological function evaluation, Evaluation of long-term neurological function |