生物信息学分析PTBP1表达及预后关联
分析PTBP1在胃癌患者中的表达水平及其与预后的相关性。
使用GEPIA分析TCGA数据库中PTBP1在胃癌和正常组织中的表达,并用Kaplan-Meier Plotter生成生存曲线,分析PTBP1与EMT和肌动蛋白骨架重塑相关基因的相关性。
PTBP1 plays an important role in the development of gastric cancer.
包含体外细胞实验、体内动物模型(PTBP1 Cas9-KO小鼠)及临床组织芯片验证,且有功能验证和机制验证。
胃癌细胞系AGS和MKN-28 PTBP1 Cas9-KO小鼠模型 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 胃癌患者组织芯片
PTBP1敲低序列及转染效率验证(Western blot和荧光显微镜) PTBP1 Cas9-KO小鼠模型构建及基因型验证(PCR和测序) 异种移植实验中细胞接种量(1.5×10^7/mL)及Matrigel比例(1:8) 细胞周期分析中G1期和S期细胞比例变化 免疫组化中Ki-67和F-actin的表达水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析PTBP1在胃癌患者中的表达水平及其与预后的相关性。
使用GEPIA分析TCGA数据库中PTBP1在胃癌和正常组织中的表达,并用Kaplan-Meier Plotter生成生存曲线,分析PTBP1与EMT和肌动蛋白骨架重塑相关基因的相关性。
验证PTBP1敲低是否抑制胃癌细胞增殖。
在AGS和MKN-28细胞中转染PTBP1 shRNA慢病毒,通过CCK-8、EdU、细胞周期分析、克隆形成和伤口愈合实验检测细胞增殖和迁移。
动态观察PTBP1敲低后胃癌细胞的分裂和运动能力变化。
使用PerkinElmer Operetta CLS高内涵成像系统,结合Harmony 4.1软件跟踪细胞分裂、面积、运动轨迹,分析累积距离、位移和平均速度。
验证PTBP1敲低是否影响肌动蛋白骨架重塑。
通过F-actin染色、扫描电子显微镜(SEM)和透射电子显微镜(TEM)观察细胞形态和微丝结构,并用Western blot和免疫荧光检测Paxillin表达。
检测PTBP1敲低对增殖和肌动蛋白骨架重塑信号通路的影响。
提取总蛋白和细胞骨架蛋白,通过Western blot检测增殖标志物(Ki-67, PCNA)、凋亡相关蛋白(Bcl-2, Bax, Cleaved-Caspase3)以及肌动蛋白重塑相关蛋白(ERM, VASP, Cofilin)的磷酸化水平。
在体内验证PTBP1敲低或敲除对胃癌细胞增殖的影响。
构建PTBP1 Cas9-KO小鼠模型,并利用该小鼠或裸鼠进行皮下异种移植实验,通过动物活体成像检测肿瘤荧光强度,称重肿瘤,并进行免疫组化检测Ki-67和F-actin。
在临床样本中验证PTBP1表达及其与预后的关系。
使用胃癌组织芯片(95例),通过多重免疫荧光染色检测PTBP1和CK表达,并基于临床数据做Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | HyClone | Cat. no. SH30809.01 |
| 胎牛血清 | TransGen Biotech | FS301 | |
| 胰酶消化液 | Beyotime Biotechnology | C0201 | |
| 培养皿 | Corning | 150,464 | |
| 细胞转染 | 编码靶向PTBP1 siRNA的慢病毒载体 | Shanghai Genechem Co., Ltd. | -- |
| 对照慢病毒CON207 | Shanghai Genechem Co., Ltd. | -- | |
| HitransG转染试剂 | Shanghai Genechem Co., Ltd. | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8细胞增殖检测试剂盒 | Abcam | ab228554 |
| BeyoClick™ EdU细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0078S | |
| 细胞周期分析 | 细胞周期检测试剂盒 | Servicebio | G1700 |
| 伤口愈合实验 | 磷酸盐缓冲液 | Beyotime Biotechnology | C0221A |
| 细胞骨架染色 | TRITC标记的鬼笔环肽 | Merck | FAK100 |
| Western blot | 细胞蛋白裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013 |
| 亚细胞结构蛋白提取试剂盒 | Sangon Biotech | C500073 | |
| 5×上样缓冲液 | Beyotime Biotechnology | P0015 | |
| PVDF膜 | Merck | ISEQ00010 | |
| Ki-67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| PCNA抗体 | CST | 13110 | |
| Bcl-2抗体 | CST | 4223 | |
| Bax抗体 | CST | 41162 | |
| Cleaved-Caspase3抗体 | CST | 9661 | |
| PTBP1抗体 | Invitrogen | 32-4800 | |
| 肌动蛋白重组抗体套装 | CST | 9967T | |
| Paxillin抗体 | Abcam | ab32084 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab8227 | |
| 抗兔IgG HRP标记二抗 | CST | 7074P2 | |
| 抗鼠IgG HRP标记二抗 | CST | 7076P2 | |
| 超敏ECL化学发光试剂盒 | NCM Biotech | P10100 | |
| Gel Doc XR+凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫荧光 | 山羊抗兔IgG H&L (Alexa Fluor® 488) | Abcam | ab150077 |
| 山羊抗小鼠IgG H&L (Alexa Fluor® 647) | Abcam | ab150115 | |
| Hoechst 33342染料 | Beyotime Biotechnology | C1025 | |
| 异种移植 | 基质胶 | Corning | 354262 |
| 免疫组化 | 免疫组化试剂盒 | Absin | abs996 |
| F-actin抗体 | Abcam | ab205 | |
| 组织芯片多重免疫荧光 | Opal染料稀释液 | PerkinElmer | NEL801001KT |
| CK抗体 | Abcarta | PA125 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(AGS和MKN-28)、培养基(RPMI 1640+10%FBS)、培养条件(5% CO2, 37℃) 阅读提示:Methods: Cell lines |
| 基因敲低 | 慢病毒载体序列(LV-PTBP1-RNAi)、转染试剂(HitransG)、转染时间(未明确) 阅读提示:Methods: Construction of lentiviral vector and lentiviral transfection |
| 细胞增殖实验 | CCK-8检测时间点(24,48,72,96,120h)、每孔细胞数(3000)、EdU标记时间(未明确) 阅读提示:Methods: CCK-8 assay, EdU cell proliferation assay |
| 细胞周期分析 | 细胞固定(75%乙醇,4℃ 30min)、染色液(G1700)、孵育条件(37℃ 30min 避光)、流式细胞仪激发波长(488nm) 阅读提示:Methods: Cell cycle analysis |
| 肌动蛋白骨架观察 | F-actin染色使用TRITC-鬼笔环肽(FAK100)、SEM和TEM样品制备步骤、Paxillin检测抗体(ab32084) 阅读提示:Methods: Cytoskeleton staining, Scanning electron microscopy, Transmission electron microscopy |
| 信号通路检测 | 总蛋白和骨架蛋白提取试剂盒、抗体列表(包括p-ERM、p-VASP、p-cofilin)、ECL试剂盒(P10100) 阅读提示:Methods: Western blot analysis and cytoskeletal protein extraction |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠、C57BL/6J)、细胞接种数(1.5×10^7/mL)和体积(0.2ml)、Matrigel比例(1:8)、观察时间(21天) 阅读提示:Methods: Xenograft assays and animal living imaging technology |
| 临床样本验证 | 组织芯片来源和编号(HStmA180Su17)、多重免疫荧光染色步骤、PTBP1和CK抗体(32-4800、PA125)、生存分析统计方法 阅读提示:Methods: Tissue microarray of GC |